일시적 2주택인데 종전 주택을 처분하지 않고 두 채를 계속 보유하면, 취득세·종부세·양도세는 각각 어떻게 되나
"일시적 2주택인데 종전 집을 양도하고 옮기자니 양도세와 취득세가 부담입니다. 비과세를 포기하고 두 채를 그대로 보유하면 어떻게 되나요?" 일시적 2주택 특례는 세 세목에 따로 있습니다. 처분하지 않기로 하면 비과세 하나만 놓치는 것이 아니라 취득세 추징, 종부세 1세대 1주택자 특례, 이후 양도세 판정까지 영향을 받습니다. 처분기한은 2026년 10월 1일 시행된 시행령 개정으로 종전 주택과 신규 주택이 모두 조정대상지역이면 2년, 그 밖에는 3년입니다. 2026년 11월 현행 조문으로 세목별 결과를 정리했습니다.
먼저 확인할 사실은 네 가지입니다
두 채를 계속 보유했을 때의 결과는 다음 사실로 정해집니다.
- 신규 주택 취득일(잔금일, 그 전에 등기했다면 등기일)
- 신규 주택 매매계약일과 계약금 지급일(경과규정 기준일 2026.8.3. 또는 8.26. 이전인지)
- 신규 주택 취득세를 일시적 2주택으로 보고 1주택 세율로 신고·납부했는지
- 신규 주택 취득일 현재 종전 주택과 신규 주택이 각각 조정대상지역인지
처분기한은 세 세목 모두 신규 주택 취득일부터 계산합니다(취득세는 종전 주택등이 조합원입주권·주택분양권이면 그 권리로 주택을 취득한 날부터 기산, 지방세법 시행령 제28조의5 제2항). 연수는 같아졌지만 적용 시점과 경과규정 기준일은 세목마다 다릅니다.
| 세목 | 처분기한 | 2년이 적용되는 거래 | 3년이 유지되는 거래 |
|---|---|---|---|
| 취득세 | 3년, 두 집 모두 조정대상지역이면 2년 | 2026.10.1. 이후 신규 주택 취득분 | 2026.8.26. 이전 매매계약(공동주택 분양계약 포함)·계약금 지급이 증명되는 경우 |
| 종합부동산세 | 3년, 두 집 모두 조정대상지역이면 2년 | 2026.8.4. 이후 조정대상지역 신규주택 취득분 | 2026.8.3. 이전 취득(권리 포함) 또는 매매계약·계약금 지급이 증명되는 경우 |
| 양도소득세 | 3년, 두 집 모두 조정대상지역이면 2년 | 2026.8.4. 이후 조정대상지역 신규 주택 취득 + 2026.10.1. 이후 종전 주택 양도분 | 2026.8.3. 이전 취득(권리 포함) 또는 매매계약·계약금 지급이 증명되는 경우 |
종부세·양도세는 신규 주택 소재지가 조정대상지역으로 공고되기 전에 신규 주택을 취득했거나 매매계약·계약금 지급이 증명되면 두 집이 모두 조정대상지역이어도 3년입니다.
근거는 지방세법 시행령 제28조의5 제1항과 부칙(대통령령 제36736호) 제2조, 종합부동산세법 시행령 제4조의2 제1항과 부칙(대통령령 제36739호) 제2조, 소득세법 시행령 제155조 제1항과 부칙(대통령령 제36737호) 제2조입니다. 세 시행령 모두 2026년 9월 30일 공포, 10월 1일 시행입니다. 기한이 2년으로 줄어든 경위는 조정대상지역 취득세 일시적 2주택도 2년으로와 조정대상지역 일시적 2주택, 8월 4일 이후 취득분부터 처분기한 2년에 있습니다.
취득세는 기간이 지난 날부터 60일 안에 차액을 신고합니다
1주택을 가진 세대가 조정대상지역 주택을 취득해 2주택이 되면 중과세율을 적용합니다. 일시적 2주택은 중과 대상에서 제외합니다.
1세대 2주택(대통령령으로 정하는 일시적 2주택은 제외한다)에 해당하는 주택으로서 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 장에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 3주택에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우: 제11조제1항제7호나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율
이 세율은 1천분의 40에 중과기준세율 1천분의 20의 100분의 200을 더한 8%입니다. 일시적 2주택은 시행령이 정한 기간 안에 종전 주택을 처분하는 경우의 신규 주택입니다(지방세법 시행령 제28조의5 제1항). 이사·학업·취업·직장이전이나 이와 유사한 사유로 취득해야 합니다.
처분하지 않고 기간을 넘기면 그 신규 주택은 중과 대상이 됩니다. 2026년 1월 1일 시행 개정 이후에는 납세자가 직접 신고·납부합니다.
취득세 과세물건을 취득한 후에 그 과세물건이 제13조제1항부터 제7항까지의 세율 또는 제13조의2제1항의 세율의 적용대상이 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 날부터 60일 이내에 … 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.
"대통령령으로 정하는 날"은 일시적 2주택 기간이 경과한 날입니다(지방세법 시행령 제34조 제9호). 그날부터 60일 안에 8%로 다시 계산한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제하고 신고·납부하면 가산세 부과 대상이 아닙니다. 60일 안에 하지 않으면 신고·납부 의무를 다하지 않은 것으로 보아 가산세를 더해 보통징수합니다(지방세법 제21조 제1항 제1호). 개정 전에는 별도 조항(개정 전 제21조 제1항 제3호)이 있어 기간 안에 처분하지 못하면 가산세까지 합해 징수했습니다. 이 조항은 2025년 12월 31일 개정으로 삭제됐습니다.
추징 세액을 계산하는 방법은 일시적 2주택인데 종전 주택을 처분하지 못하면 취득세를 얼마나 더 내나요?에서 다뤘습니다. 가산세 문제는 취득세 일시적 2주택 처분기한이 지나면, 60일 안에 신고·납부해야 가산세가 없습니다를 함께 봅니다.
종전 주택을 처분하지 못한 사정이 있어도 추징을 유지한 결정이 있습니다. 매도 노력과 부모 봉양 같은 사정을 든 청구였습니다. 조세심판원은 "정당한 사유 등을 별도로 규정하고 있지 아니하므로, 설령 청구인이 외부적인 사유로 인하여 종전주택을 매각하지 못하였다 하더라도 추징에서 제외된다고 볼 수 없"다고 하며 기각했습니다(조심 2025지1166, 2025.10.10.). 그 사건의 신규 주택 소재지는 취득 뒤 조정대상지역에서 해제됐지만, 이 점은 쟁점이 되지 않았고 결정문도 따로 판단하지 않았습니다. 중과 대상 여부는 조문 문언대로 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 때를 기준으로 정합니다(지방세법 제13조의2 제1항 제2호).
개정 전 조항이 적용된 사건이지만 현행 조문에도 처분하지 못한 사정을 고려하는 일반 규정은 없습니다. 다만 종전 주택등이 관리처분계획인가(소규모주택정비사업은 사업시행계획인가)를 받은 주택이면 예외가 있습니다. 인가 당시 그 사업구역에 거주하던 세대가 신규 주택을 취득해 그 신규 주택으로 이주했다면, 이주한 날에 종전 주택등을 처분한 것으로 봅니다(지방세법 시행령 제28조의5 제3항).
신규 주택이 취득 당시 조정대상지역이 아니었다면 처분 여부와 관계없이 취득세 추징이 없습니다. 비조정대상지역 주택을 취득해 2주택이 되는 경우는 지방세법 제13조의2 제1항 제2호의 중과 대상이 아니므로 처음부터 1주택 세율(1~3%)을 적용하고 추징할 차액이 발생하지 않습니다.
종부세 특례를 받은 연도의 세액도 추징 대상
종합부동산세는 대체취득으로 일시적 2주택이 된 경우 1세대 1주택자로 봅니다.
법 제8조제4항제2호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 1세대 1주택자가 보유하고 있는 주택(이하 "종전주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 1주택(이하 이 항에서 "신규주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득하는 경우를 포함한다)하여 2주택이 된 경우로서 과세기준일 현재 신규주택을 취득한 날부터 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 경과하지 않은 경우를 말한다.
- 신규주택의 취득일 현재 종전주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규주택을 취득[…]하는 경우: 2년
- 제1호 외의 경우: 3년
판정 기준은 매년 6월 1일 과세기준일입니다. 그날 현재 신규 주택 취득일부터 기간이 지나지 않았으면 1세대 1주택자로 보아 공시가격 합계에서 12억원을 공제하고(종합부동산세법 제8조 제1항 제1호), 고령자·장기보유 세액공제를 공제율 합계 80% 범위에서 적용합니다(같은 법 제9조 제5항). 다만 세액공제를 계산할 때 대체취득한 주택분 산출세액은 빼고 계산합니다(종합부동산세법 제9조 제7항 제2호·제9항). 이 특례는 매년 9월 16일부터 9월 30일까지 신청해야 적용됩니다(종합부동산세법 제8조 제5항). 최초 신청 뒤 신청 사항에 변동이 없으면 다음 연도부터 신청하지 않을 수 있습니다(종합부동산세법 시행령 제4조의2 제5항).
기간이 지난 뒤 도래하는 과세기준일부터는 1세대 1주택자가 아니므로 공제액이 9억원이 되고(종합부동산세법 제8조 제1항 제3호) 1세대 1주택자 세액공제도 적용하지 않습니다. 세율은 2주택 이하 세율표(같은 법 제9조 제1항 제1호)를 그대로 씁니다. 이미 특례를 적용받은 연도의 세액도 다시 계산해 추징합니다.
관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하여야 한다.
- 제8조제4항제2호에 따라 1세대 1주택자로 본 납세의무자가 추후 그 요건을 충족하지 아니하게 된 경우
추징 세액은 1세대 1주택자로 보아 온 매 과세연도마다 1세대 1주택자가 아닌 것으로 보고 계산한 세액에서 1세대 1주택자로 보고 계산한 세액을 뺀 금액입니다. 이자상당가산액은 그 금액에 각 연도 납부기한 다음 날부터 추징 세액 고지일까지의 기간과 1일 10만분의 22를 곱해 계산합니다(종합부동산세법 시행령 제10조 제5항·제6항). 특례를 신청하지 않았지만 시행령 제4조의2 제5항에 따라 신청한 것으로 본 연도도 이 기간 계산에 들어갑니다. 1주택자 세액공제는 1세대 1주택자 종합부동산세 세액공제는 얼마인가요?에 따로 정리했습니다.
양도세는 종전 주택 비과세를 놓치고, 이후 양도를 2주택 상태로 판정합니다
양도소득세 일시적 2주택은 종전 주택을 취득한 날부터 1년 이상 지난 뒤 신규 주택을 취득하고, 처분기한 안에 종전 주택을 양도하는 경우에 1세대 1주택으로 봅니다(소득세법 시행령 제155조 제1항). 처분기한을 넘겨 두 채를 보유하면 그 뒤에는 어느 한 채를 양도하더라도 1세대 2주택 상태의 양도입니다.
- 먼저 양도하는 주택은 일시적 2주택 특례로는 비과세를 받지 못합니다. 1세대 1주택 비과세(양도가액 12억원 이하분)를 이 특례로 적용받을 수 없고, 다른 1세대 1주택 특례 요건을 갖춘 경우는 그 특례로 따로 판정합니다.
- 조정대상지역 주택이면 중과 여부를 판정합니다. 조정대상지역에 있는 1세대 2주택 주택을 양도하면 기본세율에 100분의 20을 더합니다(소득세법 제104조 제7항 제1호). 제외 주택은 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 각 호로 판정하고, 중과 대상이면 장기보유특별공제도 적용하지 않습니다(소득세법 제95조 제2항). 2년 이상 보유 주택의 한시 중과 배제는 2026년 5월 9일까지 양도분이었습니다(소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제12호의2 가목, 토지거래허가 대상 주택 등은 같은 호 나목·다목의 별도 요건). 중과의 현재 적용 여부는 다주택 양도세 중과, 지금도 적용되나요?에서, 한시 완화 개편안은 다주택 중과 한시완화, 올해 양도한 주택도 2027년 5월 확정신고에서 완화에서 다룹니다.
- 남은 한 채는 다시 1세대 1주택 비과세를 판정합니다. 한 채를 양도해 1주택이 된 뒤 남은 주택을 양도하면 그 주택의 보유기간(취득일부터 양도일까지, 소득세법 제95조 제4항·같은 법 시행령 제154조 제5항)과 거주기간 요건으로 판정합니다.
세 세목을 나란히 보면
| 구분 | 취득세 | 종합부동산세 | 양도소득세 |
|---|---|---|---|
| 근거 | 지방세법 §13의2①2호, 시행령 §28의5① | 종부세법 §8④2호, 시행령 §4의2① | 소득세법 시행령 §155① |
| 특례 내용 | 신규 주택에 1주택 세율(1~3%) | 1세대 1주택자로 봄(12억원 공제·세액공제) | 종전 주택 양도를 1세대 1주택으로 봄(비과세) |
| 기간 계산 | 신규 주택 취득일부터 3년, 두 집 모두 조정대상지역이면 2년(2026.10.1. 이후 취득분) | 6월 1일 현재 신규주택 취득일부터 3년, 두 집 모두 조정대상지역이면 2년(2026.8.4. 이후 취득분) | 신규 주택 취득일부터 3년, 두 집 모두 조정대상지역이면 2년(2026.8.4. 이후 취득 + 2026.10.1. 이후 양도분) |
| 신청 | 없음(취득 때 1주택 세율로 신고) | 매년 9.16.~9.30. 신청 | 없음(양도 때 비과세로 신고) |
| 처분하지 않으면 | 기간 경과일부터 60일 안에 8%와의 차액 신고·납부, 넘기면 가산세 | 특례 받은 연도 경감세액·이자상당가산액 추징, 이후 9억원 공제·세액공제 없음 | 종전 주택 일시적 2주택 비과세 없음, 조정대상지역이면 중과 판정 |
| 신규 주택이 비조정대상지역이면 | 처음부터 중과 대상 아님 | 같은 규정(3년) | 같은 규정(3년) |
가정 사례: 기간 안에 양도할 때와 계속 보유할 때
종전 주택 A(서울, 오래전 취득·거주)를 가진 세대가 2026년 9월 15일 서울의 신규 주택 B를 계약하고 계약금을 지급했습니다. 잔금은 2026년 11월 20일에 치러 취득했다고 하겠습니다. B는 5억원이고 일시적 2주택으로 1% 세율을 적용해 취득세 500만원을 납부했습니다.
계약이 2026년 8월 26일 이후이고 취득이 10월 1일 이후이며 두 집 모두 조정대상지역이므로 취득세 기간은 2년입니다. 양도세·종부세도 2026년 8월 4일 이후 취득이라 2년입니다. 세 세목 모두 기간은 2028년 11월 무렵 끝납니다(정확한 말일은 실제 취득일을 기준으로 세목별 기간 계산 규정에 따라 확정).
| 시점 | 기간 안에 A를 양도한 경우 | A·B를 계속 보유한 경우 |
|---|---|---|
| 2027.6.1. / 2028.6.1. 종부세 | 1세대 1주택자 특례(신청) | 같음(기간 안이라 특례, 신청). 다만 기간이 지나면 두 해분 경감세액을 추징 |
| 2028.11. 기간 말일 | A 양도(비과세 요건 충족 시 비과세) | 기간 경과 |
| 기간 경과일부터 60일 | 해당 없음 | B 취득세 8%(4,000만원)와 납부한 세액 500만원의 차액 3,500만원 신고·납부(지방교육세 등 부가세목은 별도) |
| 기간 경과 후 고지 | 해당 없음 | 2027·2028년 종부세 경감세액과 이자상당가산액 추징 |
| 2029.6.1. 이후 종부세 | 1주택 B로 1세대 1주택자 판정 | 2주택, 9억원 공제·세액공제 없음 |
| 나중에 한 채 양도 | 해당 없음 | 2주택 상태 양도로 판정, 조정대상지역이면 중과 판정 |
같은 사례에서 B가 비조정대상지역이었다면 취득 때부터 1% 세율이 확정이라 추징이 없고 종부세·양도세 기간은 3년이 됩니다. 어느 쪽이 유리한지는 A의 양도차익, 두 집의 공시가격, 양도 예정 시점, 중과 제외 사유를 반영해 세대별로 계산해 비교합니다.
처분하지 않기로 정하기 전에 확인할 것
- 신규 주택 취득일(잔금일·등기일 중 빠른 날)과 기간 말일
- 신규 주택 계약일·계약금 지급일이 2026.8.3.·8.26. 이전인지와 그 증빙
- 신규 주택 취득일 현재 두 집의 조정대상지역 여부(조정대상지역 확인)
- 신규 주택 취득세를 1주택 세율로 납부했는지, 납부했다면 기간 경과일부터 60일 신고 기한
- 종부세 1세대 1주택자 특례를 신청했는지, 기간 뒤 첫 과세기준일이 언제인지
- 종전 주택의 양도차익과 비과세 요건(1년 경과 후 신규 취득, 2년 보유, 취득 당시 조정대상지역이면 2년 거주)
- 나중에 양도할 주택이 조정대상지역인지와 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제외 사유
자주 묻는 질문
Q. 종전 주택을 처분하지 못한 사정이 있으면 취득세 추징이 빠지나요?
A. 추징 대상에서 제외되지 않습니다. 조문에 처분하지 못한 사정을 고려하는 일반 규정이 없고, 매도 노력이나 가족 사정을 든 청구도 기각됐습니다(조심 2025지1166). 예외로, 종전 주택이 관리처분계획인가 등을 받은 주택이고 인가 당시 그 사업구역에 거주하던 세대가 신규 주택을 취득해 그 신규 주택으로 이주했다면 이주한 날에 종전 주택을 처분한 것으로 봅니다(지방세법 시행령 제28조의5 제3항). 다만 기간이 지난 날부터 60일 안에 신고·납부하면 가산세는 부과하지 않습니다(지방세법 제20조 제2항·제21조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제34조 제9호).
Q. 종부세 특례를 받은 해의 세금도 나중에 다시 납부해야 하나요?
A. 네. 기간 안에 종전 주택을 처분하지 않아 요건을 충족하지 못하게 되면 1세대 1주택자로 보아 온 매 과세연도의 경감세액과 이자상당가산액을 추징합니다(종합부동산세법 제17조 제5항 제2호, 같은 법 시행령 제10조 제5항·제6항).
Q. 2026년 9월 30일 이전에 신규 주택을 취득했다면 기간은 몇 년인가요?
A. 취득세는 2026년 10월 1일 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 2년을 적용하므로 그 전 취득분은 3년입니다(지방세법 시행령 부칙(대통령령 제36736호) 제2조 제1항). 양도세·종부세는 2026년 8월 4일 이후 조정대상지역 신규 주택 취득분부터 2년입니다. 8월 4일부터 9월 30일 사이에 조정대상지역끼리 갈아탔다면 취득세는 3년, 양도세·종부세는 2년이 됩니다(8월 3일 이전 계약·계약금 지급이 증명되면 3년).
Q. 두 채를 보유하다 나중에 한 채를 양도하면 남은 집은 비과세가 되나요?
A. 한 채를 양도해 1주택이 된 뒤 남은 주택을 양도할 때 1세대 1주택 비과세를 다시 판정합니다. 보유기간은 그 주택의 취득일부터 계산하고(소득세법 제95조 제4항), 취득 당시 조정대상지역이었다면 거주기간 요건도 봅니다. 먼저 양도한 주택은 일시적 2주택 특례 없이 2주택 상태의 양도로 판정합니다.
처분하지 않기로 정하기 전에 기간 말일과 세목별 신고·신청 기한부터 확인합니다. 개별 사안의 판정은 유료 상담으로 진행합니다.