장기일반 임대주택 장기보유특별공제 50%·70%, 자동말소 아파트는 50%가 상한입니다
장기일반민간임대주택으로 등록해 오래 임대하면 양도할 때 장기보유특별공제를 50%나 70% 받는다고 알려져 있습니다. 두 가지를 확인해야 합니다. 이 공제율은 양도차익 전체가 아니라 임대기간 중 발생한 양도차익에만 적용하고, 나머지에는 일반 장기보유특별공제를 적용합니다. 그리고 매입한 아파트를 장기일반으로 등록했다가 자동말소되면 8년 임대로 보아 50%가 상한이고, 말소 뒤 계속 임대해도 70%로 올라가지 않습니다. 2026년 10월 현재 법령 기준입니다.
누가 대상인지부터 확인합니다
| 구분 | 등록 기한 | 공제율 | 근거 |
|---|---|---|---|
| 민간건설임대(현행) | 2027년 12월 31일까지 등록 | 10년 이상 70% | 조세특례제한법 제97조의3 제1항 |
| 매입임대(종전 규정) | 2020년 12월 31일까지 등록 | 8년 이상 50%, 10년 이상 70% | 법률 제19199호(2022.12.31.) 부칙 제38조 |
2023년 1월 1일 시행 개정으로 현행 조문은 민간건설임대주택만 대상으로 하고, 10년 이상 70%만 남겼습니다. 개정 전에 등록한 매입임대는 부칙에 따라 종전 규정(8년 50%, 10년 70%)을 적용합니다. 2020년 7월 11일 이후 단기임대에서 장기일반으로 변경신고한 주택과, 그날 이후 등록을 신청한 아파트 매입임대는 제외됩니다.
공통 요건은 네 가지입니다(조세특례제한법 시행령 제97조의3 제3항).
- 국민주택규모 이하(다가구는 가구당)
- 임대개시일 당시 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하
- 임대료 증액 5% 이하, 증액 후 1년 안에 재증액 금지
- 8년(또는 10년) 이상 계속 임대
임대료 증액 제한을 한 번이라도 어기면 이 특례를 적용하지 않습니다. 증액제한의 계산 방식은 등록임대 임대료 5% 증액제한에 정리했습니다.
공제율은 임대기간 중 양도차익에만 적용합니다
시행령은 특례 공제율을 적용할 양도차익을 기준시가로 나눠 계산하도록 정합니다(조세특례제한법 시행령 제97조의3 제5항).
특례 적용 양도차익 = 양도차익 × (임대기간 마지막 날 기준시가 - 임대개시일 기준시가) ÷ (양도일 기준시가 - 취득일 기준시가) (요지)
나머지 양도차익에는 일반 장기보유특별공제(보유기간에 따라 연 2%)를 적용합니다. 나머지 부분에 제97조의4(장기임대주택 추가공제)를 함께 적용할 수는 없습니다.
가상 예시입니다. 양도차익 6억원 가운데 임대기간 중 발생분이 4억원, 나머지 2억원이고 보유기간 12년이며, 다주택 중과 대상이 아니어서 나머지 부분에 일반 공제율 24%를 적용한다고 가정합니다.
| 구분 | 임대기간 중 4억원 | 나머지 2억원 | 장기보유특별공제 합계 |
|---|---|---|---|
| 10년 임대(70%) | 2억 8,000만원 | 4,800만원(24%) | 3억 2,800만원 |
| 자동말소 아파트(50%) | 2억원 | 4,800만원(24%) | 2억 4,800만원 |
같은 주택이어도 70%와 50%의 차이로 공제액이 8,000만원 달라집니다.
매입 아파트가 자동말소되면 50%가 상한입니다
아파트 장기일반 매입임대는 2020년 8월 18일 민간임대주택법 개정으로 의무임대기간(8년)이 끝나면 자동말소됩니다. 이 경우 8년 동안 등록·임대한 것으로 보아 50%를 적용합니다(구 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제2항 제2호). 이 규정은 2020년 8월 18일 이후 자동말소되는 경우부터 적용하고(대통령령 제31086호 부칙 제2조), 2023년 개정 뒤에도 그 전에 등록한 주택에는 종전 규정을 적용합니다(법률 제19199호 부칙 제38조). 말소 뒤에 같은 임차인에게 계속 임대해도 70%로 올라가지 않습니다.
단기임대에서 장기일반으로 변경신고한 경우에는 임대개시일을 다시 계산합니다. 시행령은 변경신고한 주택의 임대개시일을 민간임대주택법 시행령 제34조 제1항 제3호의 시점으로 정하고 있어(조세특례제한법 시행령 제97조의3 제4항), 의무임대기간이 끝난 뒤 변경했다면 변경신고 수리일부터 의무임대기간을 거꾸로 계산한 날을 임대개시일로 봅니다. 2007년 단기로 등록하고 2018년 8월 장기일반으로 변경한 뒤 2021년 자동말소된 사안에서, 조세심판원은 변경 수리일에서 5년을 거꾸로 계산한 2013년 8월을 임대개시일로 보아 10년에 미달한다며 50%를 적용한 처분을 유지했습니다(조심2026소1625, 2026.7.22.).
단기임대 자동말소의 결과는 단기임대 4년 자동말소 후 계속 임대하면에 정리했습니다.
다른 특례와 함께 받지 못합니다
| 특례 | 내용 | 관계 |
|---|---|---|
| 제97조의3 | 장기보유특별공제 50%·70% | 기준 |
| 제97조의4 | 6년 이상 임대 시 장기보유특별공제 2~10% 추가 | 중복 적용 안 됨 |
| 제97조의5 | 2018년 말까지 취득한 장기일반 10년 임대 시 양도세 100% 감면 | 중복 적용 안 됨, 선택 |
제97조의5 감면 대상이라면 두 방식으로 세액을 모두 계산해 유리한 쪽을 선택합니다. 감면은 10년 임대 양도세 100% 감면에 정리했습니다.
개편안대로 확정되면 달라질 수 있습니다
2026 세제개편안에는 조정대상지역의 매입임대 아파트 등을 양도할 때 다주택 중과를 2028년에 일부만 적용하면서 임대기간분 장기보유특별공제 우대를 50%에서 30%로 낮추고, 2029년 이후에는 우대를 배제하는 안이 포함돼 있습니다. 국회 통과 전이므로 현행 규정으로 계산하되, 양도 시기를 정할 때는 개편안 확정 여부를 함께 확인합니다. 10월 1일부터 먼저 바뀐 시행령 내용은 세제개편안 양도세, 10월 1일 먼저 바뀌는 것에 정리했습니다.
자주 묻는 질문
Q. 장기일반으로 10년 임대했으면 양도차익 전체에 70%를 적용하나요?
A. 아닙니다. 임대기간 중 발생한 양도차익에만 70%를 적용하고, 등록 전·말소 후 보유기간분은 일반 장기보유특별공제를 적용합니다.
Q. 아파트가 8년 지나 자동말소됐는데 계속 임대하면 70%가 되나요?
A. 되지 않습니다. 자동말소된 아파트는 8년 임대한 것으로 보아 50%가 상한입니다.
Q. 임대료를 한 번 6% 올렸습니다. 특례를 받을 수 있나요?
A. 임대기간 중 5%를 넘겨 증액하면 이 특례를 적용하지 않는다는 것이 국세청 해석입니다.
근거 법령
- 조세특례제한법 제97조의3 (장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 과세특례), 시행령 제97조의3
- 조세특례제한법 제97조의4, 제97조의5
- 법률 제19199호 부칙 제38조, 대통령령 제31086호 부칙 제2조
- 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제5항 (자동말소), 시행령 제34조