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양도소득세최종 검토 2026-10-08

건물가액 0원·매수인 철거 조건 매매, 부수토지만 양도한 것으로 보지 않습니다(비과세는 잔금일 주택 현황으로 판정)

주택 부분 연면적이 상가보다 큰 서울 도심의 오래된 상가주택으로, A씨는 다른 주택 없이 10⁠년 넘게 이 건물에 살았습니다. 오피스텔 신축을 계획한 시행사와 약 20⁠억원에 매매계약을 맺었습니다. 특약 문구는 "매수인이 매입 후 건축물을 철거하고 토지만 사용하며, 건축물 가액은 0⁠원으로 한다"입니다. A씨는 건물이 0⁠원이면 부수토지만 양도한 것이 되어 1⁠세대 1⁠주택 비과세를 받지 못하는지 물어 왔습니다.

건물가액 0⁠원 철거 조건 매매는 토지와 건물을 같은 계약으로 함께 넘기므로 부수토지만 양도한 경우에 해당하지 않고, 주택과 부수토지의 양도로 비과세를 판정합니다. 비과세 여부는 계약서의 건물 가격이 아니라 잔금일에 주택이 남아 있었는지⁠를 보고 정합니다(2026⁠년 10⁠월 현재 법령 기준).

주택은 남기고 부수토지만 양도하면 비과세를 받지 못합니다

1⁠세대 1⁠주택 비과세는 주택과 그 주택에 딸린 토지(주택부수토지)⁠를 양도해 발생한 소득에 적용하므로 토지는 주택에 딸려 있어야 비과세됩니다(소득세법 제89⁠조 제1⁠항 제3⁠호). 주택과 떼어 토지만 따로 양도하면 그 토지는 1⁠세대 1⁠주택의 부수토지로 보지 않습니다.

②영 제154⁠조제1⁠항을 적용할 때 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154⁠조제1⁠항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)⁠하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89⁠조제1⁠항제3⁠호가목에 따른 1⁠세대1⁠주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 (후략)

소득세법 시행규칙 제72⁠조 제2⁠항 (앞부분)

조세심판원은 조심2023⁠서7707(2023.12.13.)⁠에서 이 규정을 적용했는데, 청구인이 단독주택과 부수토지를 정비사업을 준비하던 법인에 넘기기로 약정한 사건입니다.

날짜거래 경과
2018.10.30.부수토지 일부를 제1⁠매수법인과 매매계약, 주택 등은 같은 법인과 일괄 매매약정
2018.11.8.잔금 일부만 받은 상태에서 그 토지만 소유권이전등기
2021.4.9.제1⁠매수법인의 잔금 지연으로 주택 등을 제2⁠매수법인과 다시 계약
2021.4.19.남은 대금 청산
2021.5.31.주택 등 소유권이전

청구인은 대금을 모두 받은 2021⁠년 4⁠월 19⁠일이 양도일이고 주택과 함께 넘긴 거래라고 주장했습니다. 심판원은 대금 청산 전에 소유권이전등기를 했으므로 그 토지의 양도시기를 등기접수일인 2018⁠년 11⁠월 8⁠일로 보았습니다(소득세법 시행령 제162⁠조 제1⁠항 제2⁠호). 주택은 2021⁠년에 따로 이전됐으므로 심판원은 비과세가 "주택(건물)⁠과 그 부수토지를 같이 양도하는 경우에 한하여" 적용된다고 보고, 주택과 분리해 먼저 양도한 토지에 과세한 처분을 유지했습니다.

부수토지만 따로 이전돼 비과세를 받지 못한 결정은 이 밖에도 있습니다.

사안판단
주택이 사업지구에 편입돼 보상 협의 중, 토지만 사업시행자가 아닌 자에게 양도부수토지 아님
토지만 먼저 경매로 이전되고 주택은 2⁠년 뒤 같은 사람에게 양도부수토지 아님
주택이 멸실되고 약 4⁠년 뒤 토지만 양도(조심2015⁠서4675)나대지 양도로 과세

공익사업으로 주택과 부수토지 일부가 수용되는 경우는 시행규칙이 예외로 둡니다. 이 예외와 부수토지만 먼저 수용되는 경우는 주택 부수토지 일부가 도로로 수용되면 비과세⁠에 정리했습니다.

건물가액 0⁠원 철거 조건 매매도 주택과 부수토지를 함께 양도합니다

위 결정들에서는 주택과 토지가 다른 날 다른 사람에게 이전됐는데 A씨의 계약은 구조가 다릅니다. 매매목적물에 토지와 건물이 함께 적혀 있고 같은 잔금일에 건물 소유권도 매수인에게 이전됩니다. 대금을 토지 20⁠억원과 건물 0⁠원으로 배분했으므로 건물에서는 양도차익이 발생하지 않고 양도 대상은 그대로 주택과 부수토지입니다.

가액 배분에 관해서는 2025⁠년 1⁠월 1⁠일 이후 양도분부터 적용하는 규정이 있습니다. 토지와 건물을 함께 취득한 매수인이 건물을 철거하고 토지만 사용하면 계약서에 나눈 가액이 기준시가 등으로 안분한 가액과 30% 이상 차이 나도 구분이 불분명한 것으로 보지 않습니다(소득세법 제100⁠조 제3⁠항 단서, 시행령 제166⁠조 제8⁠항 제2⁠호). 양도가액 안분과 건물 취득가액은 비과세 판정과 별도로 계산합니다(매수인 철거 특약으로 건물가액 0⁠원, 양도가액은 계약서대로 보고 건물 취득가액 공제는 따로 판단합니다⁠).

국세청도 오래전부터 같은 취지로 회신해 왔습니다. 비과세 요건을 갖춘 주택과 그 부수토지를 동시에 양도했으나 매수인이 주택을 멸실하고 부수토지만 소유권을 이전한 사안에서, 그 토지를 1⁠세대 1⁠주택에 부수되는 토지로 보아 비과세한다고 회신했습니다(재일46014-1811, 1997.7.24.). 매매특약에 따라 잔금을 받은 뒤 주택을 멸실하고 부수토지만 이전등기해 준 사안도 1⁠세대 1⁠주택의 양도로 보아 비과세했습니다(재일46014-2010, 1995.8.8.). 이 사안은 잔금 지급 뒤에 매수인이 멸실신고를 했으므로 판정기준일을 양도일로 보는 지금의 해석으로 판정해도 결론이 같습니다.

계약서에서 주택을 아예 뺀 사안에 대한 국세청 심사청구 결정도 같은 방향입니다. 40⁠여 년 된 주택이라 경제적 가치가 없었고 매수인이 주택분 취득세를 부담하지 않도록 계약서에서 주택을 뺐다는 주장에 신빙성이 있었습니다. 결정은 양도할 때 주택이 멸실되지 않았다⁠는 점을 근거로 그 토지를 1⁠세대 1⁠주택의 부수토지로 보았습니다. 다툼을 줄이려면 0⁠원이라도 건물을 매매목적물에 적어 둡니다.

잔금 전에 철거하면 나대지 양도로 봅니다

양도시기는 대금을 청산한 날로 하고(소득세법 제98⁠조), 대금 청산 전에 소유권이전등기를 하면 등기접수일이 양도시기가 됩니다(시행령 제162⁠조 제1⁠항 제2⁠호).

기획재정부는 매매특약에 따라 잔금청산 전에 주택을 멸실한 경우 양도물건을 양도일(잔금청산일) 현황으로 판정한다고 회신했습니다(재산세제과-1543). 2022⁠년 12⁠월 20⁠일 이후 매매계약을 체결한 분부터 적용하므로 잔금일에 건물이 없으면 과세관청은 나대지 양도로 보아 비과세를 적용하지 않습니다. 조세심판원은 계약 당시 비과세 요건을 갖췄으면 비과세로 본 결정(조심2025⁠부2842)⁠을 내 과세관청 해석과 결론이 다릅니다.

2025⁠년 2⁠월 28⁠일 시행령 개정으로 매매계약일 기준이 조문에 들어갔지만 대상은 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하는 경우뿐입니다(소득세법 시행령 제154⁠조 제1⁠항 괄호). 멸실은 개정 대상이 아니어서 기준일이 바뀌지 않았습니다. 계약 시기별 판정기준일과 심판례는 잔금 전 멸실⁠·⁠용도변경 특약, 양도물건 판정기준일⁠에 정리했습니다.

A씨는 2026⁠년 상반기에 계약했으므로 잔금일에 상가주택이 서 있는지를 봅니다. 상가주택이 서 있으면 주택과 부수토지를 양도한 것으로 보아 비과세 요건을 따집니다. 매수인이 잔금 전에 철거하면 나대지 양도가 되어 비과세 대상에서 제외되고 비사업용 토지 해당 여부까지 따집니다(건물을 철거하고 나대지로 양도할 때⁠).

상가주택이면 상가 부분은 따로 과세됩니다

2022⁠년 1⁠월 1⁠일 이후 양도분부터 실지거래가액 12⁠억원을 넘는 겸용주택은 주택 연면적이 상가보다 커도 주택 부분만 주택으로 보고 상가 부분은 따로 과세하므로 비과세 대상이 되어도 20⁠억원 전액이 비과세되지는 않습니다. 고가주택 판정은 상가까지 합친 금액으로 하지만 12⁠억원 초과분 계산은 주택분 양도가액⁠을 기준으로 합니다(소득세법 시행령 제160⁠조 제1⁠항, 2022⁠년 1⁠월 1⁠일 이후 양도분). 주택분 양도가액이 12⁠억원 이하면 주택 부분에서는 과세 양도차익이 나오지 않습니다. 이 계산은 고가 겸용주택, 12⁠억원 초과분 계산은 주택분 양도가액으로 합니다⁠에, 겸용주택 판정 구조는 상가주택(겸용주택) 양도세⁠에 정리했습니다.

특약 문구와 남겨 둘 자료

  1. 매매목적물⁠에 토지와 건물을 함께 적습니다. 건물가액란에 0⁠원을 적어도 목적물에서 빼지 않고 건물 소유권도 함께 이전합니다.
  2. 철거 시기⁠를 "잔금 지급과 소유권이전등기를 마친 뒤 매수인이 매수인 비용으로 철거한다"로 씁니다.
  3. 토지와 건물의 이전등기⁠는 같은 날 함께 접수합니다. 잔금 전에 토지만 먼저 이전등기하면 조심2023⁠서7707⁠처럼 그 등기접수일이 토지의 양도시기가 됩니다.
  4. 철거 공사 착수⁠는 잔금일 뒤로 잡습니다. 매수인이 일정 때문에 잔금 전 철거를 요청하면 잔금일을 앞당기는 쪽으로 조정합니다.
  5. 날짜 자료⁠를 모아 둡니다. 잔금 영수증과 이전등기 접수일을 보관하고 매수인에게서 철거 착공일과 멸실신고일 자료를 받아 둡니다. 건축물대장 말소일은 신고 전에 대장으로 대조합니다.

자주 묻는 질문

Q. 계약서에 건물가액을 0⁠원으로 적으면 건물은 양도하지 않은 것이 되나요?

A. 아닙니다. 건물도 매매목적물로 넘기고 소유권을 이전하면 주택과 부수토지를 함께 양도한 거래로 봅니다. 0⁠원은 건물분 양도가액 배분이어서 건물에서는 양도차익이 발생하지 않습니다.

Q. 매수인이 잔금 전에 철거를 시작하자고 합니다. 비과세에 영향이 있나요?

A. 2022⁠년 12⁠월 20⁠일 이후 계약분은 잔금 전에 멸실되면 과세관청이 나대지 양도로 봅니다(재산세제과-1543). 조심2025⁠부2842⁠처럼 비과세를 인정한 결정도 있지만 그 결론은 경정청구와 심판청구를 거쳐 나왔습니다. 철거 착수는 잔금 뒤로 정합니다.

Q. 마당 일부를 먼저 양도하고 집은 나중에 양도하면 어떻게 되나요?

A. 집보다 일찍 양도한 토지는 1⁠세대 1⁠주택의 부수토지로 보지 않아 과세합니다(소득세법 시행규칙 제72⁠조 제2⁠항). 공익사업으로 주택과 부수토지 일부가 수용되는 경우는 예외로 둡니다.

Q. 2025⁠년 2⁠월 28⁠일 개정으로 멸실도 매매계약일 기준이 되었나요?

A. 아닙니다. 개정 조문은 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하는 경우만 매매계약일로 판정하고 매매특약에 따른 멸실은 종전처럼 양도일을 기준으로 합니다.

근거 법령

  • 소득세법 제89⁠조 제1⁠항 제3⁠호, 제98⁠조, 제100⁠조 제3⁠항
  • 소득세법 시행령 제154⁠조 제1⁠항, 제160⁠조 제1⁠항, 제162⁠조 제1⁠항 제2⁠호, 제166⁠조 제8⁠항 제2⁠호
  • 소득세법 시행규칙 제72⁠조 제2⁠항
  • 기획재정부 재산세제과-1543(2022.12.20.)
  • 재일46014-1811(1997.7.24.), 재일46014-2010(1995.8.8.)
  • 조심2023⁠서7707(2023.12.13.), 조심2015⁠서4675(2015.11.9.), 조심2025⁠부2842(2025.11.24.)
본 칼럼은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 작성일(2026-10-08) 기준 법령에 따른 것이며, 구체적인 판단은 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.
세무사 장민 · 와이제이 택스 라운지
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