매수인 철거 특약으로 건물가액 0원, 양도가액은 계약서대로 보고 건물 취득가액 공제는 따로 판단합니다
A씨는 10여 년 전 도심의 상가건물을 토지와 건물 합쳐 6억원에 취득했고, 취득 계약서에는 토지값과 건물값을 나눠 적지 않았습니다. 2026년에는 신축을 계획한 시행사와 20억원에 양도 계약을 맺으면서 매수인이 취득 후 건축물을 철거해 토지만 사용한다는 내용과 건축물 가액 0원을 특약에 적었습니다. 이 계약서의 건물 0원을 양도가액 계산에 그대로 적용하는지, 그리고 취득할 때 건물 몫으로 지급한 취득가액을 공제받는지를 차례로 봅니다.
건물 0원은 2025년 1월 1일 이후 양도분부터 계약서대로 인정됩니다. 건물 취득가액은 이 쟁점을 판단한 해석이 아직 확인되지 않아 공제하는 견해와 공제하지 않는 견해가 함께 있고, A씨 사례에서는 어느 쪽으로 신고하느냐에 따라 양도소득세가 7,200만원 달라집니다. 2026년 10월 현재 법령 기준입니다.
계약서 금액이 안분가액과 30% 이상 차이 나면 다시 안분합니다
토지와 건물을 한 계약으로 양도해도 양도차익은 토지와 건물을 따로 계산하고, 가액은 계약서에 나눠 적은 금액을 기준으로 합니다. 나눠 적지 않았으면 감정가액 비율로, 감정가액이 없으면 매매계약일 현재 기준시가 비율로 안분합니다(소득세법 제100조 제2항, 시행령 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제64조 제1항). 감정가액은 부가가치세법 시행령이 정한 기간 안에 감정평가법인등이 평가한 가액으로 한정됩니다.
다만 계약서에 나눠 적었더라도 그 금액을 인정받지 못하는 경우가 있습니다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.
건물을 0원으로 적으면 기준시가로 안분한 건물가액과의 차이가 100%여서 30% 기준을 넘고, 본문만 적용하면 계약서 금액 대신 기준시가 등으로 다시 안분합니다. 2024년 양도분까지는 실제로 이렇게 계산했습니다. 2021년에 "철거할 예정이므로 건물가액은 없는 것으로 한다"고 특약하고 2022년에 숙박시설과 그 토지를 일괄 양도한 사안에서, 기획재정부는 부가가치세법 시행령의 철거 예외 규정(제64조 제2항 제2호)을 양도소득세 안분에는 적용하지 않는다고 회신했습니다(재산세제과-506, 2023.3.30.). 부가가치세에는 2022년부터 철거 예외가 있었지만 소득세법에는 없던 시기입니다.
2025년부터 매수인 철거·토지만 사용은 30% 규정의 예외
2024년 12월 소득세법 제100조 제3항에 단서가 추가됐고, 2025년 2월 28일 시행령에 그 사유가 신설됐습니다.
⑧ 법 제100조제3항 단서에서 "다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
- 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우
- 토지와 건물 등을 함께 취득한 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우
단서는 2025년 1월 1일 시행 이후 양도분부터 적용합니다.
제9조(양도차익의 산정에 관한 적용례) 제100조제3항 단서의 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다.
A씨는 2026년에 양도하고 매수인은 취득한 뒤 건물을 철거해 토지만 사용하므로 제2호에 해당합니다. 30% 규정을 적용하지 않으니 기준시가로 다시 안분하지 않고 계약서의 토지 20억원, 건물 0원을 그대로 양도가액으로 합니다.
제2호는 건물을 실제로 철거한 뒤 토지만 사용하는 경우로 정해져 있는데, 계약 뒤 매수인이 계획을 바꿔 건물을 그대로 사용하면 어떻게 처리하는지는 정한 규정이 없습니다. 그래서 신고할 때 매수인의 철거 계획과 철거 진행을 확인할 자료를 함께 갖춥니다.
감정평가를 받아도 토지·건물 구분은 계약서를 따릅니다
감정평가를 받아 두었으니 계약서와 상관없이 감정가액 비율로 토지와 건물을 다시 나눠야 한다고 보는 경우가 있습니다. 그러나 감정가액 안분은 가액 구분이 불분명할 때 적용하므로, 계약서 금액이 30% 규정에 걸리지 않거나 제166조 제8항에 해당하면 감정가액은 계약서 금액이 안분가액과 30% 이상 차이 나는지 비교하는 기준으로만 쓰입니다.
법정 방법으로는 계약서가 나누지 않은 부분만 안분합니다. 상가주택이라면 토지 20억원을 다시 주택 부분과 상가 부분으로 나눠야 하는데, 계약서가 이 구분을 정하지 않았으면 그 부분만 감정가액이나 기준시가로 나눕니다. 상가주택의 주택분 계산은 고가 겸용주택, 12억원 초과분 계산은 주택분 양도가액으로 합니다에 정리했습니다.
건물 취득가액 공제는 두 견해로 나뉩니다
A씨는 토지와 건물을 함께 6억원에 취득했고 취득 계약서에 구분이 없으므로 취득가액도 안분합니다. 취득 계약일 현재 기준시가가 토지 3억3천만원, 건물 1억2천만원이었다고 하겠습니다(가상 예시).
- 건물분 취득가액: 6억원 × 1억2천만원 ÷ 4억5천만원 = 1억6천만원
- 토지분 취득가액: 6억원 × 3억3천만원 ÷ 4억5천만원 = 4억4천만원
건물 기준시가는 취득한 해에 고시된 산정 기준으로 계산하며, 양도가액이 0원인 건물에 이 1억6천만원을 공제할 수 있는지가 남은 쟁점입니다.
공제하지 않는 견해. 건물가액 0원은 가치 없는 물건을 인도했거나 무상으로 이전한 것이어서 양도로 보기 어렵다고 봅니다. 양도가 없으면 건물 취득가액을 공제할 대상도 없습니다.
공제하는 견해. 건물도 매매목적물에 적혀 소유권이 매수인에게 이전됐고, 0원은 매매대금을 토지와 건물에 그렇게 배분한 결과일 뿐이라고 봅니다. 취득할 때는 건물 몫까지 대가를 지급했으므로 건물분 취득가액 1억6천만원을 필요경비로 넣고, 건물에서 발생한 1억6천만원의 양도차손은 같은 해 토지의 양도소득금액에서 공제합니다.
② 제1항에 따라 양도소득금액을 계산할 때 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각 호별로 해당 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 고려하여 대통령령으로 정한다.
2025년 단서가 신설된 뒤 양도인의 건물 취득가액 공제를 판단한 해석이나 결정은 2026년 10월 현재 확인되지 않습니다.
양도인이 잔금 전에 철거하면
공제하는 견해도 건물을 매매목적물로 양도한다는 사실을 전제로 하므로, 양도인이 먼저 건물을 철거하고 토지만 양도하면 공제 근거가 없어집니다. 조세심판원은 양도인이 20여 년 임대에 사용한 건물을 잔금 전에 철거해 멸실등기한 뒤 토지만 매매목적물로 양도한 사안에서 건물 취득가액을 토지 양도가액에서 공제할 수 없다고 보았습니다(조심2019서0160, 2019.6.13.). 심판원은 건물이 토지와 별개의 자산이라는 점을 근거로 들었고, 처음부터 토지만 쓰려고 함께 취득해 곧바로 철거한 경우도 아니라고 보았습니다. 철거는 소유권이 이전된 뒤 매수인이 하는 것으로 정합니다. 주택이면 잔금 전 철거가 비과세 판정에도 영향을 주므로 건물가액 0원·매수인 철거 조건 매매, 부수토지만 양도한 것으로 보지 않습니다를 함께 봅니다.
공제 여부에 따라 양도소득세가 7,200만원 달라집니다
A씨 사례를 가상 숫자로 계산하되 보유기간 12년(장기보유특별공제 24%)이고 다른 필요경비와 같은 해 다른 양도는 없다고 가정합니다.
토지 부분(두 경우 같음)
- 양도차익: 20억원 − 4억4천만원 = 15억6천만원
- 장기보유특별공제(24%): 3억7,440만원
- 양도소득금액: 11억8,560만원
건물 취득가액을 공제하지 않으면
- 건물: 양도가액 0원, 취득가액 공제 없음
- 과세표준: 11억8,560만원 − 기본공제 250만원 = 11억8,310만원
- 산출세액: 3억8,406만원 + (1억8,310만원 × 45%) = 4억6,645만5천원
건물 취득가액을 공제하면
- 건물 양도차손: 0원 − 1억6천만원 = −1억6천만원
- 토지 양도소득금액에서 차손 공제: 11억8,560만원 − 1억6천만원 = 10억2,560만원
- 과세표준: 10억2,560만원 − 250만원 = 10억2,310만원
- 산출세액: 3억8,406만원 + (2,310만원 × 45%) = 3억9,445만5천원
차이 7,200만원은 두 경우 모두 과세표준이 10억원을 넘는 45% 구간이어서 1억6천만원에 45%를 곱한 금액과 같고, 지방소득세 10%를 더하면 7,920만원입니다.
불공제로 신고할지 공제로 신고할지는 계약 단계에서 정합니다
불공제로 신고하고 공제는 경정청구로 다투는 방식
공제 부인에 따른 가산세는 발생하지 않지만 그 차액만큼 세액을 먼저 납부합니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 할 수 있고(국세기본법 제45조의2 제1항), 거부되면 이의신청·심사청구·심판청구로 다툽니다.
공제로 신고하는 방식
처음부터 세액은 적지만, 과세관청이 공제를 부인하면 차액과 함께 과소신고가산세 10%(국세기본법 제47조의3 제1항 제2호)와 납부지연가산세를 납부합니다.
양도 전이라면 서면질의로 회신을 받아 신고 방식을 정하는 방법도 있고 어느 방식이든 아래 자료는 똑같이 갖춥니다.
계약서와 자료로 확인할 것
- 특약 문구: 매수인이 취득 후 건축물을 철거하고 토지만 사용한다는 내용과 건물가액 0원을 함께 적습니다. 건물은 매매목적물에서 제외하지 않습니다.
- 철거 주체와 시기: 철거는 소유권이전등기를 마친 뒤 매수인이 맡는다고 적습니다. 양도인이 잔금 전에 철거하면 토지만 양도한 거래가 되어 건물 취득가액을 공제할 근거가 없어집니다.
- 매수인의 철거·신축 자료: 건축허가 신청 내역, 철거공사 계약서, 건축물 멸실신고 내역을 매수인에게서 받아 둡니다. 제166조 제8항 제2호에 해당한다는 사실을 이 자료로 입증합니다.
- 취득 계약서: 토지·건물 구분이 있으면 그 금액을 적용하되, 취득 때 안분가액과 30% 이상 차이 나는지 함께 대조합니다. 구분이 없으면 취득 계약일 현재 기준시가로 안분하고, 건물 기준시가는 취득 연도 고시 기준으로 계산합니다. 취득 계약서가 없으면 환산취득가액을 검토합니다.
- 기준시가 자료: 양도 계약일 현재 토지·건물 기준시가도 조회해 둡니다. 건물 0원 예외가 부인될 경우 안분할 금액을 미리 계산해 두는 용도입니다.
자주 묻는 질문
Q. 2024년에 계약하고 2025년에 잔금을 받았습니다. 건물 0원이 인정되나요?
A. 부칙은 단서를 "이 법 시행 이후 양도하는 경우부터" 적용합니다. 양도시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날이므로(소득세법 제98조) 잔금일이 2025년 1월 1일 이후면 제166조 제8항 제2호를 적용합니다. 잔금일이 2024년 12월 31일 이전이면 30% 규정에 따라 기준시가 등으로 다시 안분합니다(재산세제과-506).
Q. 매수인은 나중에 토지를 양도할 때 철거한 건물값을 공제받나요?
A. 토지만 이용하려고 토지와 건물을 함께 취득해 건물을 철거한 경우의 규정이 있습니다(소득세법 기본통칙 97-0…8). 나중에 토지를 양도할 때 철거된 건물의 취득가액과 철거비용을 토지의 필요경비로 넣습니다. 철거 후 남은 시설물을 처분한 가액은 뺍니다. A씨 거래에서 매수인이 건물에 지급한 대가는 0원이므로 매수인은 철거비용(남은 시설물 처분가액 차감)만 필요경비로 넣습니다.
Q. 양도 무렵 받은 감정평가액이 계약서 금액과 다르면 감정가액으로 신고해야 하나요?
A. 감정가액은 계약서 금액이 30% 이상 차이 나는지 비교하는 기준이고, 매수인 철거로 제166조 제8항 제2호에 해당하면 그 비교도 하지 않으므로 신고는 계약서 금액으로 합니다. 감정가액은 계약서가 나누지 않은 구분이 따로 필요할 때 그 부분에 적용합니다.
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근거 법령·해석
- 소득세법 제55조 제1항, 제95조 제2항, 제98조, 제100조 제2항·제3항, 제102조 제2항, 제103조 제1항
- 소득세법 부칙(법률 제20615호, 2024.12.31.) 제9조
- 소득세법 시행령 제166조 제6항·제8항(2025.2.28. 신설), 제167조의2 제1항
- 부가가치세법 시행령 제64조 제1항·제2항
- 국세기본법 제45조의2 제1항, 제47조의3 제1항
- 소득세법 기본통칙 97-0…8
- 기획재정부 재산세제과-506(2023.3.30.)
- 조심2019서0160(2019.6.13.)