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양도소득세최종 검토 2026-10-08

고가 겸용주택, 12억원 초과분 계산은 주택분 양도가액으로 합니다

1⁠층은 상가, 위층은 주택인 상가주택을 20⁠억원에 양도하면 고가주택이어서 주택 부분에도 양도세가 나온다고 보기 쉽지만, 계산은 다르게 합니다. 고가주택 판정은 상가까지 합친 전체 양도가액으로 하고, 12⁠억원 초과분 산식에 넣는 양도가액은 주택분⁠입니다. 그래서 주택분이 12⁠억원 이하라면 주택 부분 과세 양도차익은 0⁠원이 됩니다. 2022⁠년 1⁠월 1⁠일 이후 양도분에 현행(시행 2026.7.1.) 법령을 적용했습니다.

고가주택 여부는 상가까지 합친 금액으로 판정합니다

주택 연면적이 상가 연면적보다 크면 시행령 제154⁠조 제3⁠항 본문에 따라 건물 전부를 주택으로 보는데, 이렇게 주택으로 보는 상가 부분의 실지거래가액도 고가주택 여부를 따지는 금액에 넣습니다.

② 법 제89⁠조제1⁠항제3⁠호 각 목 외의 부분에 따른 고가주택의 실지거래가액을 계산하는 경우에는 제154⁠조제3⁠항 본문에 따라 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)⁠에 해당하는 실지거래가액을 포함한다.

소득세법 시행령 제156⁠조 제2⁠항

A씨는 1⁠세대 1⁠주택으로 서울의 상가주택에서 15⁠년 동안 거주했고, 이 건물을 20⁠억원에 양도합니다. 주택분이 얼마로 나뉘든 전체 20⁠억원이 12⁠억원을 넘어 고가주택에 해당하고, 2022⁠년 1⁠월 1⁠일 이후 양도분이므로 상가 부분은 주택으로 보지 않고 따로 과세합니다. 면적 판정과 분리 과세의 기본 구조는 상가주택(겸용주택) 양도세⁠에 정리했습니다.

12⁠억원 초과분을 계산할 때는 주택분 양도가액만 넣습니다

A씨처럼 고가주택에 해당하면 양도차익은 시행령 제160⁠조 제1⁠항의 산식으로 계산합니다.

① 법 제95⁠조제3⁠항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)⁠에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 12⁠억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

소득세법 시행령 제160⁠조 제1⁠항

제1⁠호 산식은 과세 양도차익 = 양도차익 × (양도가액 − 12⁠억원) ÷ 양도가액이고, 이 양도가액 자리에 20⁠억원과 주택분 중 무엇을 넣는지에 따라 결과가 달라집니다.

본문 괄호에서 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다고 정하므로, 산식을 적용하는 "고가주택에 해당하는 자산"에는 처음부터 상가 부분이 들어가지 않습니다. 산식의 양도차익이 주택분 양도차익인 만큼 같은 산식의 양도가액에도 주택분 양도가액을 넣습니다. 후단 역시 12⁠억원을 나눌 때 쓰는 합계를 "그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액"으로 정해 상가 양도가액을 넣지 않았습니다.

단계넣는 양도가액
고가주택 판정(시행령 제156⁠조 제2⁠항)주택분과 상가분을 합친 20⁠억원
12⁠억원 초과분 계산(시행령 제160⁠조 제1⁠항)주택분 양도가액

A씨 상가주택으로 계산해 보면

예시(가상)⁠입니다. 실제 세액은 사안마다 다릅니다.

  • 1⁠세대 1⁠주택, 15⁠년 보유하며 같은 기간 거주
  • 주택 연면적이 상가 연면적보다 큼
  • 양도가액 20⁠억원: 주택분 11⁠억원, 상가분 9⁠억원
  • 취득가액 8⁠억원: 주택분 4⁠억 4⁠천만원, 상가분 3⁠억 6⁠천만원(양도가액과 같은 비율로 나뉜다고 가정)

주택 부분은 이렇게 계산합니다.

  • 양도차익: 11⁠억원 − 4⁠억 4⁠천만원 = 6⁠억 6⁠천만원
  • 과세 양도차익: 6⁠억 6⁠천만원 × (11⁠억원 − 12⁠억원) ÷ 11⁠억원 → 음수이므로 0⁠원

상가 부분은 비과세 대상이 아니어서 양도차익 전부가 과세 대상이 됩니다.

  • 양도차익: 9⁠억원 − 3⁠억 6⁠천만원 = 5⁠억 4⁠천만원
  • 장기보유특별공제 표1 30%(15⁠년 이상 보유): 1⁠억 6,200⁠만원
  • 양도소득금액: 3⁠억 7,800⁠만원

A씨의 양도세는 상가 부분 3⁠억 7,800⁠만원에서만 나옵니다. 상가 부분에는 1⁠세대 1⁠주택 공제율(표2)⁠을 적용하지 않는데, 고가 겸용주택의 표2⁠는 상가를 뺀 주택 부분 건물과 부수토지에만 적용한다는 사전답변이 있습니다(사전-2022-법규재산-0427, 2022.5.12.). 공제율 표는 장기보유특별공제 완전정리⁠에 정리했습니다.

전체 양도가액으로 나누면 주택분에도 과세 양도차익이 발생합니다

같은 사례에서 산식의 양도가액 자리에 전체 20⁠억원을 넣으면 주택 부분 결과가 바뀝니다.

  • 주택 과세 양도차익: 6⁠억 6⁠천만원 × (20⁠억원 − 12⁠억원) ÷ 20⁠억원 = 2⁠억 6,400⁠만원
  • 장기보유특별공제 표2 80%(보유 10⁠년 이상 40% + 거주 10⁠년 이상 40%): 2⁠억 1,120⁠만원
  • 주택 부분 양도소득금액: 5,280⁠만원
  • 상가 부분 3⁠억 7,800⁠만원과 합친 양도소득금액: 4⁠억 3,080⁠만원

이 방식이면 주택분 양도가액이 12⁠억원에 못 미치는데도 주택 부분에서 양도소득금액 5,280⁠만원이 발생합니다. 조문은 상가를 뺀 자산에 산식을 적용하도록 정했고, 전체 양도가액으로 나눠 계산한 국세청 해석이나 조세심판원 결정은 확인되지 않습니다. 이미 이 방식으로 신고했다면 주택분 기준으로 다시 계산해 경정청구 대상인지 확인합니다. 12⁠억원 초과분 계산의 기본 구조는 12⁠억원 초과 1⁠주택 양도세 계산⁠에 있습니다.

환산취득가액 가산세는 전체 양도가액 기준

상가주택 건물을 신축하고 5⁠년 안에 양도하면서 건물 취득가액을 감정가액이나 환산취득가액으로 신고하면, 그 금액의 5%⁠를 결정세액에 더합니다(소득세법 제114⁠조의2). 주택분 양도가액이 12⁠억원 이하라는 전제로 질의한 겸용주택(전체 13⁠억 2⁠천만원, 건물 신축)⁠에 대해서도, 고가주택이므로 전체 양도가액으로 계산한 환산취득가액의 5%⁠를 더한다는 회신이 있습니다(서면-2023-법규재산-2584, 2023.12.19.). 회신은 가산세 계산만 판단했습니다. 주택 부분 과세 양도차익이 0⁠원이어도 A씨의 상가주택은 전체 양도가액으로 고가주택에 해당하므로, 주택분이 12⁠억원 이하라는 이유로 고가주택이 아니라고 신고하면 이 가산세가 누락됩니다. 증축 부분 가산세는 주택을 증축한 뒤 양도하면⁠에 정리했습니다.

주택분과 상가분은 감정가액이나 기준시가 비율로 나눕니다

계약서에 주택분과 상가분 가액을 나눠 적지 않았다면 감정가액이 있으면 그 비율로, 없으면 매매계약일 현재 기준시가 비율로 나눕니다(소득세법 시행령 제166⁠조 제6⁠항, 부가가치세법 시행령 제64⁠조 제1⁠항). 이 비율에 따라 주택분이 12⁠억원을 넘는지가 달라져서, A씨 사례에서 주택분이 11⁠억원이 아니라 13⁠억원으로 나뉘면 주택 부분에도 (13⁠억원 − 12⁠억원) ÷ 13⁠억원 비율만큼 과세 양도차익이 발생합니다. 양도 전에 주택분과 상가분의 기준시가를 먼저 뽑아 주택분이 12⁠억원 안쪽인지 확인합니다. 계약서에 적은 구분가액을 그대로 인정받는지는 매수인 철거 특약으로 건물가액 0⁠원, 양도가액은 계약서대로 보고 건물 취득가액 공제는 따로 판단합니다⁠에 정리했습니다.

자주 묻는 질문

Q. 상가주택 전체 양도가액이 12⁠억원 이하면 어떻게 되나요?

A. 고가주택이 아니므로 상가와 주택을 나누지 않습니다. 주택 연면적이 상가보다 크면 상가 부분까지 전부 주택으로 보아 1⁠세대 1⁠주택 비과세를 적용합니다(소득세법 시행령 제154⁠조 제3⁠항). 주택이 1⁠세대 1⁠주택 비과세 요건을 갖춘 경우입니다.

Q. 주택분이 12⁠억원을 넘으면 비율은 어떻게 잡나요?

A. 분자와 분모 모두 주택분 양도가액을 넣습니다. 주택분이 14⁠억원이면 주택 부분 양도차익에 (14⁠억원 − 12⁠억원) ÷ 14⁠억원을 곱합니다. 상가 부분은 이와 별개로 양도차익 전부를 과세합니다.

Q. 주택 면적이 상가 면적보다 작거나 같으면 판정도 달라지나요?

A. 달라집니다. 이때는 처음부터 주택 부분만 주택으로 보므로, 고가주택 판정에도 상가 부분 가액을 넣지 않습니다. 시행령 제156⁠조 제2⁠항은 주택 연면적이 더 커서 전부를 주택으로 보는 경우에만 상가 가액을 넣도록 정했습니다.

근거 법령

  • 소득세법 제89⁠조 제1⁠항 제3⁠호(1⁠세대 1⁠주택 비과세, 실지거래가액 12⁠억원 초과 고가주택 제외)·⁠제95⁠조 제3⁠항(고가주택 양도차익 계산 위임)
  • 소득세법 시행령 제156⁠조 제2⁠항(겸용주택 고가주택 판정 시 주택으로 보는 부분의 실지거래가액 포함)
  • 소득세법 시행령 제160⁠조 제1⁠항(고가주택 주택 외 부분 제외, 12⁠억원 초과분 산식, 12⁠억원 안분), 2022.1.1. 이후 양도분부터 적용(대통령령 제30395⁠호 부칙)
  • 소득세법 시행령 제166⁠조 제6⁠항, 부가가치세법 시행령 제64⁠조 제1⁠항(가액 구분이 불분명할 때 안분)
  • 소득세법 제114⁠조의2(환산취득가액 적용에 따른 가산세)
  • 사전-2022-법규재산-0427(2022.5.12.), 서면-2023-법규재산-2584(2023.12.19.)
본 칼럼은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 작성일(2026-10-08) 기준 법령에 따른 것이며, 구체적인 판단은 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.
세무사 장민 · 와이제이 택스 라운지
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