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양도소득세최종 검토 2026-11-12

분양권만 보유한 세대가 조합원입주권을 추가로 취득하면, 완공된 두 주택 중 어느 쪽이 비과세 특례를 받나

"주택은 없고 분양권 하나만 있습니다. 분양 아파트에 들어간 뒤 옮겨 살 지역의 재개발 입주권을 하나 더 취득하려 합니다. 일시적 2⁠주택은 3⁠년 안에 처분하면 된다고 들었는데, 입주권 공사가 늦어지면 비과세를 놓치나요?" 이 질문에서 먼저 볼 것은 3⁠년이 아니라 두 권리를 취득한 순서⁠입니다. 조합원입주권 특례와 분양권 특례는 모두 1⁠주택을 가진 세대가 그 주택을 양도하기 전에 권리를 취득한 경우를 전제로 합니다. 분양 주택을 먼저 취득하고 1⁠년이 지난 뒤 입주권을 취득하면 조문의 순서에 맞게 됩니다⁠. 3⁠년 요건은 그다음에 봅니다.

먼저 적을 날짜 네 개

판정 전에 날짜 네 개를 적어 둡니다.

  • 분양권 취득일(당첨일 또는 분양계약일)
  • 조합원입주권 승계 취득일(잔금 청산일)
  • 분양 아파트 완공⁠·⁠잔금 예정일
  • 입주권 신축 아파트 완공 예정일

그리고 입주권을 취득하는 날 세대가 주택을 소유하고 있는지 확인합니다. 2021⁠년 1⁠월 1⁠일 이후 취득한 분양권은 주택 수 판정에 포함하지만 분양권은 아직 주택이 아닙니다. 그날 세대가 가진 것이 분양권뿐이라면 이 세대는 "1⁠주택을 소유한 1⁠세대"에 해당하지 않습니다.

입주권 특례는 '주택 먼저, 입주권 나중' 순서를 전제로 합니다

1⁠세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하면 1⁠세대 1⁠주택 비과세를 적용하지 않는 것이 원칙입니다(소득세법 제89⁠조 제2⁠항 본문). 예외는 시행령이 정한 경우뿐입니다. 이 글은 2026⁠년 11⁠월 현행 소득세법 시행령을 기준으로 합니다.

국내에 1⁠주택을 소유한 1⁠세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)⁠을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1⁠주택과 1⁠조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1⁠년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3⁠년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3⁠년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 재정경제부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)⁠에는 이를 1⁠세대1⁠주택으로 보아 제154⁠조제1⁠항을 적용한다.

소득세법 시행령 제156⁠조의2 제3⁠항(일부)

3⁠년이 지나 양도하는 경우의 특례(같은 조 제4⁠항)⁠도 "국내에 1⁠주택을 소유한 1⁠세대가 그 주택을 양도하기 전에" 입주권을 취득한 경우이고, 분양권 특례(같은 영 제156⁠조의3 제2⁠항⁠·⁠제3⁠항)⁠도 입주권 자리에 분양권이 들어갈 뿐 순서는 같습니다.

분양권만 있는 상태에서 입주권을 취득하면 두 특례 모두 맞지 않습니다

국세청은 이 순서를 그대로 다룬 질의에 회신했습니다. 2021⁠년 1⁠월 1⁠일 이후 분양권(A)⁠을 취득하고 조합원입주권(B)⁠을 추가로 취득한 세대가, 먼저 완공된 A 주택을 B 주택 완공 뒤에 양도하려던 사안입니다.

국세청은 이 세대가 "국내에 1⁠주택을 소유한 1⁠세대가 조합원입주권을 취득한 경우"에 해당하지 않으므로 입주권 특례를 적용받을 수 없다고 회신했습니다. "일시적으로 1⁠주택과 1⁠분양권을 소유하게 된 경우"에도 해당하지 않아 분양권 특례도 적용받을 수 없다고 했습니다(서면-2021-법규재산-8011, 2022.5.26.). 회신의 기준은 2022⁠년 2⁠월 15⁠일 개정 전 시행령이지만, 지금 조문도 1⁠주택 세대가 권리를 취득하는 순서로 같은 문언을 씁니다(제4⁠항의 '종전 주택 취득 후 1⁠년' 요건은 그 개정으로 들어갔고, 신축 주택 완성 후 기한은 그 뒤 2⁠년에서 3⁠년으로 늘었습니다).

두 권리가 모두 주택으로 완공된 뒤의 일시적 2⁠주택 특례(소득세법 시행령 제155⁠조 제1⁠항)⁠는 이 회신이 따로 다루지 않았습니다. 다만 권리 두 개에서 출발한 비슷한 구조에서는 일시적 2⁠주택 특례를 적용하지 않았습니다. 한 질의는 승계 취득한 조합원입주권 2⁠개가 차례로 주택으로 완공된 사안입니다. 국세청은 먼저 완공된 주택을 양도할 때 제155⁠조 제1⁠항과 제156⁠조의2 제3⁠항⁠·⁠제4⁠항을 적용할 수 없다고 회신했습니다(서면-2021-부동산-2376, 2021.9.3.). 다른 질의는 2021⁠년 이후 취득한 분양권 2⁠개로 주택 2⁠채를 취득한 사안입니다. 먼저 취득한 주택의 양도에 기획재정부는 제155⁠조 제1⁠항을 적용하지 않는 안이 타당하다고 했고(재산세제과-1181, 2022.9.20.), 국세청도 이 기획재정부 해석으로 답했습니다(서면-2021-법규재산-1891, 2022.10.6.). 분양권 1⁠개와 입주권 1⁠개가 섞인 이 글의 경우는 두 해석에서 유추해 판단합니다. 주택 없이 두 권리를 함께 보유한 상태에서 출발한 세대에 대해 일시적 2⁠주택 특례를 인정한 해석은 찾지 못했습니다.

어느 권리가 먼저 완공되든 순서는 같습니다

상황양도 대상조문상 판정
분양 주택 먼저 완공, 입주권 공사 중분양 주택입주권을 취득한 날 주택이 없었으므로 입주권 특례 순서에 맞지 않음(8011)
입주권 신축 먼저 완공, 분양권 그대로입주권 신축 주택분양권을 취득한 날 주택이 없었으므로 분양권 특례 순서에 맞지 않음
두 아파트 모두 완공먼저 완공된 주택권리 둘에서 출발한 구조, 일시적 2⁠주택 특례를 부정한 유사 해석(2376⁠·⁠1181)⁠에서 유추
완공 전 입주권 양도승계 조합원입주권관리처분계획인가일 현재 기존주택 소유 세대가 아니어서 입주권 비과세 요건에 맞지 않음

입주권 신축이 먼저 완공되는 경우를 직접 다룬 해석은 찾지 못했습니다. 가까운 해석은 세대가 2021⁠년 이후 분양권을 먼저 취득하고 그 뒤 다른 주택을 취득한 사안입니다. 분양 주택이 완공된 뒤 나중에 취득한 주택을 양도하려는 경우에도 국세청은 분양권 특례와 일시적 2⁠주택 특례를 모두 적용하지 않았습니다(서면-2021-법규재산-3071, 2023.2.23.). 입주권 신축 주택도 분양권보다 나중에 취득한 주택이라 이 해석과 같은 구조로 봅니다(유추).

승계 취득한 입주권을 완공 전에 양도하는 경우도 따로 봅니다. 조합원입주권 비과세는 관리처분계획인가일 현재 비과세 요건을 갖춘 기존주택을 소유한 세대가 대상입니다(소득세법 제89⁠조 제1⁠항 제4⁠호). 인가 뒤 입주권을 승계 취득한 세대는 이 요건에 해당하지 않습니다. 분양 아파트가 아직 완공되지 않아 분양권을 보유한 상태라면 가목("양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것")⁠과 나목("분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다")⁠에도 맞지 않습니다. 분양권은 같은 조 제1⁠항의 비과세 대상에 들어 있지 않습니다.

입주권 취득을 분양 주택 취득 1⁠년 뒤로 미루면

순서를 바꾸면 판정이 달라집니다. 분양 아파트가 완공되어 잔금을 치르면 세대는 1⁠주택을 소유하게 됩니다. 그 주택을 취득한 날부터 1⁠년 이상이 지난 뒤 입주권을 취득하면 문언상 "1⁠주택을 소유한 1⁠세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득"한 경우가 됩니다.

주택 쪽에는 이와 같은 순서를 인정한 해석이 있습니다. 무주택 세대가 분양권으로 분양 주택을 먼저 취득한 사안입니다. 국세청은 그날부터 1⁠년 이상 지나 다른 주택을 취득하고 3⁠년 이내에 분양 주택을 양도하면 일시적 2⁠주택 특례를 적용한다고 회신했습니다(서면-2023-부동산-0225, 2023.3.13.). 이 회신은 비조정대상지역 사안입니다. 2026⁠년 10⁠월 1⁠일 시행 개정으로 종전 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역 신규 주택을 2026⁠년 8⁠월 4⁠일 이후 취득하면 이 기간은 2⁠년입니다(소득세법 시행령 제155⁠조 제1⁠항 제1⁠호, 대통령령 제36737⁠호 부칙 제2⁠조). 입주권 특례(제156⁠조의2 제3⁠항)⁠의 3⁠년은 이 개정에서 바뀌지 않았습니다.

처음부터 주택을 가진 세대라면 그 주택이 조합원입주권으로 바뀐 뒤 분양권을 취득해도, 완성된 주택을 양도할 때 분양권 특례(제156⁠조의3 제2⁠항⁠·⁠제3⁠항)⁠로 판정한다는 회신이 있습니다(서면-2021-법규재산-7792, 2023.8.9.; 서면-2024-부동산-0168, 2024.9.25.). 두 해석에서 판정 기준은 세대가 종전 주택을 먼저 소유했는지입니다. 그 종전 주택이 재개발로 입주권이 된 뒤에 권리를 취득했어도 같습니다.

분양 주택의 취득일은 대금을 청산한 날이 원칙입니다. 대금 청산일까지 주택이 완성되지 않았다면 완성된 날(사용승인서 교부일 등)⁠을 취득일로 봅니다(소득세법 제98⁠조, 같은 법 시행령 제162⁠조 제1⁠항 제8⁠호). 이 날부터 1⁠년을 계산합니다.

공사가 늦어질 때의 3⁠년은 입주권 취득일부터 계산합니다

질문의 3⁠년은 주택을 먼저 취득한 세대에서 문제가 됩니다. 입주권 특례에서 3⁠년은 두 가지로 나뉩니다.

구분기산점요건
3⁠년 이내 양도(제156⁠조의2 제3⁠항)입주권 취득일종전 주택을 입주권 취득일부터 3⁠년 이내 양도
3⁠년 경과 후 양도(제156⁠조의2 제4⁠항)신축 주택 완성일완성 후 3⁠년 이내 세대전원 이사⁠·⁠1⁠년 이상 계속 거주, 완성 전 또는 완성 후 3⁠년 이내 종전 주택 양도

3⁠년 이내에 양도하지 못해도 특례를 유지하는 사유는 입주권 취득일부터 3⁠년이 되는 날 현재 한국자산관리공사에 매각을 의뢰한 경우, 법원에 경매를 신청한 경우, 국세징수법에 따른 공매가 진행 중인 경우이고, 그 방법으로 양도해야 합니다(소득세법 시행규칙 제75⁠조 제1⁠항). 공사 지연은 이 사유에 들어 있지 않습니다.

입주권 공사가 길어지면 제4⁠항으로 갑니다. 3⁠년이 지나 종전 주택을 양도해도 신축 주택이 완성되기 전이거나 완성 후 3⁠년 이내이면 양도 요건을 갖춥니다. 대신 신축 주택 완성 후 3⁠년 이내에 세대전원이 이사해 1⁠년 이상 계속 거주해야 합니다. 이 거주 요건을 채우지 못하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2⁠개월 이내에 특례를 적용받지 않았을 경우의 세액을 신고⁠·⁠납부해야 합니다(소득세법 시행령 제156⁠조의2 제13⁠항).

가정 사례로 보면

주택이 없는 세대가 분양권과 입주권을 차례로 취득한다고 가정합니다. 날짜는 모두 가정입니다.

가정 사례 A, 분양권만 있는 상태에서 입주권 취득
  1. 2025.4.10.
    분양권 A 분양계약
    세대는 무주택, 분양권만 보유
  2. 2026.3.20.
    조합원입주권 B 승계 취득
    이날 주택이 없어 입주권 특례 순서에 맞지 않음
  3. 2027.9.30.
    분양 아파트 A 완공⁠·⁠잔금
    A 주택 취득, B는 공사 중
  4. 2030.6.30.
    입주권 신축 B 완공
    주택 2⁠채
  5. 2031.3.
    A 주택 양도
    입주권 특례⁠·⁠분양권 특례 적용 안 함(8011)

사례 A는 입주권 취득일에 분양권뿐이었으므로 B의 공사 기간과 관계없이 A 주택 양도에 입주권 특례와 분양권 특례가 적용되지 않습니다. A 주택 양도는 과세 대상으로 판정하고 세율은 양도일 현재 주택 수와 조정대상지역 여부로 다시 판정합니다.

사례 B는 같은 세대가 입주권 취득을 미룬 경우입니다. 2027⁠년 9⁠월 30⁠일 A 주택을 취득한 뒤 1⁠년 이상이 지난 2028⁠년 11⁠월 15⁠일에 입주권을 승계 취득합니다. 이 세대는 조문상 1⁠주택 세대가 그 주택을 양도하기 전에 입주권을 취득한 구조가 됩니다. 입주권 취득일부터 3⁠년 이내에 A 주택을 양도하면 제3⁠항, 그 뒤라면 B 신축 완성 전이나 완성 후 3⁠년 이내에 A를 양도하고 B에 세대전원이 이사해 1⁠년 이상 거주하는 제4⁠항으로 판정합니다. 두 경우 모두 A 주택 자체가 1⁠세대 1⁠주택 비과세 요건(보유기간, 취득 당시 조정대상지역이면 거주기간)⁠을 갖추어야 합니다.

취득세는 별도 기준으로 봅니다. 조합원입주권 또는 주택분양권을 1⁠개 소유한 세대가 그 상태에서 신규 주택을 취득하면, 취득세 일시적 2⁠주택 기간은 그 권리에 의한 주택을 취득한 날부터 기산합니다(지방세법 시행령 제28⁠조의5 제2⁠항).

입주권을 취득하기 전에 확인할 것

  • 입주권 잔금일 현재 세대가 주택을 소유하고 있는지(분양권만 있으면 특례 적용 안 됨)
  • 분양권 취득일이 2021⁠년 1⁠월 1⁠일 이후인지(이전 취득분은 주택 수 판정이 다름)
  • 분양 아파트의 잔금일과 사용승인일 중 취득일이 언제인지, 그날부터 1⁠년이 지나는 날
  • 입주권 신축 아파트의 완공 예정일과 늦어질 경우 제4⁠항 거주 요건을 채울 수 있는지
  • 입주권이 관리처분계획인가 뒤 승계 취득분인지(입주권 자체 양도의 비과세 대상 여부)
  • 양도할 주택의 보유기간⁠·⁠거주기간, 양도 당시 실지거래가액이 12⁠억원을 넘는지
  • 특례를 적용받으려면 조합원입주권 소유자 1⁠세대1⁠주택 특례적용신고서를 양도소득세 과세표준 신고기한까지 제출(소득세법 시행령 제156⁠조의2 제12⁠항)

자주 묻는 질문

Q. 분양권만 있어도 2021⁠년 이후 취득분은 주택 수에 들어간다는데, 그럼 1⁠주택 세대가 아닌가요?

A. 분양권은 주택 수 판정에 포함하지만 주택은 아닙니다. 입주권 특례는 "1⁠주택을 소유한 1⁠세대"가 그 주택을 양도하기 전에 입주권을 취득한 경우이므로 분양권만 가진 세대가 입주권을 취득하면 이 문언에 해당하지 않는다는 해석이 있습니다(서면-2021-법규재산-8011).

Q. 입주권 공사가 늦어 3⁠년을 넘기면 비과세를 못 받나요?

A. 순서가 맞는 세대라면 3⁠년이 지나도 제4⁠항으로 판정할 수 있습니다. 신축 주택이 완성되기 전이나 완성 후 3⁠년 이내에 종전 주택을 양도하고 완성 후 3⁠년 이내에 세대전원이 이사해 1⁠년 이상 거주하는 요건입니다(소득세법 시행령 제156⁠조의2 제4⁠항). 공사 지연 자체는 3⁠년 연장 사유가 아닙니다(소득세법 시행규칙 제75⁠조 제1⁠항).

Q. 이미 분양권과 입주권을 함께 보유하고 있다면 방법이 없나요?

A. 특례를 적용하지 않으면 먼저 양도하는 쪽은 과세 대상으로 판정합니다. 한쪽을 양도해 1⁠주택만 남으면 남은 주택은 그 주택의 보유기간⁠·⁠거주기간으로 1⁠세대 1⁠주택 비과세를 다시 판정합니다. 어느 쪽을 먼저 양도할지는 두 아파트의 완공 시기와 양도차익을 함께 놓고 정합니다.

Q. 입주권 대신 일반 주택을 더 취득하면 다른가요?

A. 분양권만 가진 세대가 완공 전에 주택을 취득하면 분양권 특례와 일시적 2⁠주택 특례의 순서에 맞지 않습니다(서면-2021-법규재산-3071). 분양 주택을 취득한 날부터 1⁠년 이상 지나 주택을 취득하고 3⁠년(조정대상지역 간에는 2026⁠년 8⁠월 4⁠일 이후 신규 취득분부터 2⁠년) 이내에 분양 주택을 양도하면 일시적 2⁠주택 특례를 적용한다는 회신이 있습니다(서면-2023-부동산-0225).

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본 칼럼은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 작성일(2026-11-12) 기준 법령에 따른 것이며, 구체적인 판단은 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.
세무사 장민 · 와이제이 택스 라운지
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