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양도소득세최종 검토 2026-11-10

등록 임대주택 임대기간이 며칠 모자라면, 양도세·종부세·재산세 공실 기준은 각각 다른가

"장기임대로 등록한 집의 의무기간이 몇 달 뒤 끝나는데, 지금 임차인 계약이 그보다 열흘쯤 먼저 끝납니다. 재산세 감면, 종부세 합산배제, 양도세 특례를 받아 왔는데 열흘 모자라서 문제가 되나요?" 하나의 '의무기간'처럼 보여도 세법은 혜택마다 임대기간을 따로 계산⁠합니다. 공실을 임대기간에 넣어 주는 기간도 3⁠개월⁠·⁠6⁠개월⁠·⁠2⁠년⁠으로 서로 다릅니다.

민간임대주택법 의무기간과 세법 임대기간은 다릅니다

임대사업자 등록의 임대의무기간은 민간임대주택에 관한 특별법이 정합니다. 그 기간을 지키지 않았을 때의 과태료나 등록 말소는 등록관청(시⁠·⁠군⁠·⁠구)⁠이 판단합니다. 세법은 혜택별로 임대기간을 어떻게 계산할지 따로 정하고, 공실을 얼마까지 인정할지도 혜택마다 따로 정합니다.

혜택공실 인정근거
양도세 중과배제의 장기임대주택퇴거일~다음 임차인 입주일 3⁠개월 이내는 임대기간에 산입소득세법 시행령 제167⁠조의3 제3⁠항, 조세특례제한법 시행령 제97⁠조 제5⁠항 제5⁠호, 같은 법 시행규칙 제44⁠조
장기보유특별공제 특례(장기일반민간임대주택등, 등록 시기 요건 있음)위와 같음(등록 기간 중 통산 임대)조세특례제한법 시행령 제97⁠조의3 제2⁠항⁠·⁠제4⁠항
거주주택 특례의 임대기간공실 산입 규정 없음(공실 기간만큼 더 임대해 기간을 채움)소득세법 시행령 제155⁠조 제20⁠항
양도세 100% 감면(2018⁠년 12⁠월 31⁠일까지 취득분)퇴거일~다음 임차인 전입일 6⁠개월 이내는 계속 임대한 것으로 봄같은 영 제97⁠조의5 제1⁠항 제1⁠호
거주주택 특례 적용 뒤 사후관리임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6⁠개월을 지나면 추징소득세법 시행령 제155⁠조 제22⁠항
종부세 합산배제퇴거일~다음 임차인 입주일 2⁠년 이내는 계속 임대로 봄종합부동산세법 시행령 제3⁠조 제7⁠항 제4⁠호
재산세 감면임대의무기간 중 등록 말소⁠·⁠매각⁠·⁠증여 시 추징, 의무기간 경과 뒤 말소는 추징 제외지방세특례제한법 제31⁠조의3 제5⁠항

양도세는 '산입'과 '계속 임대 간주'가 다릅니다

중과배제 대상 장기임대주택은 임대기간 계산에 조세특례제한법 시행령 제97⁠조를 준용합니다(소득세법 시행령 제167⁠조의3 제3⁠항). 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지 3⁠월 이내의 기간은 주택임대기간에 산입합니다(조세특례제한법 시행령 제97⁠조 제5⁠항 제5⁠호, 같은 법 시행규칙 제44⁠조). 공실이 3⁠개월 이내면 그 기간도 임대한 기간으로 봅니다. 3⁠개월을 넘으면 그 공실 기간은 임대기간에서 제외됩니다.

양도세 100% 감면은 문구가 따로 있습니다. 10⁠년 이상 계속 등록하고 그 기간 동안 계속 10⁠년 이상 임대해야 하며, 퇴거일부터 다음 임차인 전입일까지 6⁠개월 이내의 기간은 계속 임대한 것으로 봅니다(조세특례제한법 시행령 제97⁠조의5 제1⁠항). 이 조의 임대기간 계산은 제97⁠조 제5⁠항 제1⁠호⁠·⁠제3⁠호만 준용하고 3⁠개월 산입을 정한 제5⁠호는 준용하지 않습니다(같은 조 제3⁠항). 그래서 6⁠개월 이내 공실은 '계속'이 끊기지 않은 것으로 볼 뿐 10⁠년에 더해 주지는 않는다고 읽을 수 있습니다. 이 점을 직접 다룬 해석은 찾지 못했습니다.

거주주택 특례는 장기임대주택의 범위를 제167⁠조의3 제1⁠항 제2⁠호에서 가져옵니다(소득세법 시행령 제155⁠조 제20⁠항). 그러나 같은 조 제3⁠항의 임대기간 계산 규정을 준용한다는 문구는 없습니다. 거주주택 특례에서 공실을 임대기간에 산입한 해석도 찾지 못했습니다. 100% 감면과 거주주택 특례는 공실 기간만큼 더 임대해 기간을 채운다고 보고 계산합니다.

세 혜택이 한 주택에 모두 걸리지는 않습니다. 100% 감면은 2018⁠년 12⁠월 31⁠일까지 취득해 3⁠개월 안에 등록한 주택만 대상입니다(조세특례제한법 제97⁠조의5 제1⁠항 제1⁠호). 장기보유특별공제 특례와 중복 적용하지 않습니다(같은 조 제2⁠항). 장기보유특별공제 특례도 등록 시기 요건이 있습니다(같은 법 제97⁠조의3 제1⁠항).

의무기간 끝 무렵 공실

임대기간이 끝나기 직전에 임차인이 나가고 다음 임차인 없이 기간이 끝나면 계산이 애매해집니다. 3⁠개월 산입, 6⁠개월 계속 임대 간주, 종부세 2⁠년 규정은 모두 '다음 임차인의 입주일(전입일)⁠까지'의 기간을 정합니다. 다음 임차인이 없을 때 그 공실을 어떻게 보는지 직접 다룬 해석은 찾지 못했습니다. 공실이 짧아도 계산상 임대기간이 며칠 모자랄 수 있습니다.

국세청은 종전 민간임대주택법의 의무임대기간(8⁠년)⁠을 채워 임대사업자 등록이 자동말소되는 경우, 그 기간 중 3⁠개월을 넘는 공실이 있었어도 장기보유특별공제 특례(조세특례제한법 제97⁠조의3)⁠를 적용할 수 있다고 회신했습니다(서면-2020-법령해석재산-4341, 2021.5.11.). 단기임대에서 장기일반으로 바꾼 주택에서 임차인 교체 사이 공실이 113⁠일 발생한 사안입니다. 2020⁠년 민간임대주택법 개정에 따른 자동말소 체계에서 나온 해석입니다.

자동말소 대상이 아니라면 기간을 직접 채워야 합니다. 다음 임차인을 들여 부족한 기간만큼 더 임대하는 것이 가장 분명합니다. 공실이 3⁠개월 이내였던 구간과 넘었던 구간을 임대차계약서⁠·⁠전입 기록으로 구분해 두어야 모자라는 날수를 계산할 수 있습니다.

거주주택 특례를 이미 받았다면

임대기간을 채우기 전에 거주주택을 양도해 비과세를 받았다면 사후관리를 받습니다. 그 뒤 임대기간요건을 충족하지 못하게 되면 그 사유가 발생한 달의 말일부터 2⁠개월 이내에 계산한 세액을 신고⁠·⁠납부합니다. 장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6⁠개월을 지난 경우도 같습니다(소득세법 시행령 제155⁠조 제22⁠항). 열흘 공실은 6⁠개월에 이르지 않습니다. 다만 임대기간이 모자라 요건을 충족하지 못하면 추징 대상이 됩니다.

거주주택 특례의 요건 전체는 살던 집이 있는데 새로 취득한 빌라를 임대 등록하면, 거주주택 비과세 특례를 받을 수 있나⁠에 정리했습니다.

종부세와 재산세

종부세 합산배제 임대주택은 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지 2⁠년 이내면 계속 임대하는 것으로 봅니다(종합부동산세법 시행령 제3⁠조 제7⁠항 제4⁠호). 합산배제를 받은 주택이 나중에 요건을 충족하지 못하게 되면 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징합니다(종합부동산세법 제17⁠조 제5⁠항 제1⁠호). 합산배제 신고 절차는 종합부동산세 합산배제, 어떤 주택이 제외되고 언제 신고하나요?⁠에서 다뤘습니다.

재산세 감면(지방세특례제한법 제31⁠조의3 제4⁠항)⁠은 임대의무기간 중 임대사업자 등록이 말소되거나 매각⁠·⁠증여하면 추징합니다. 임대의무기간이 지난 뒤 등록이 말소되면 추징하지 않습니다(같은 조 제5⁠항). 공실을 추징 사유로 정한 문구는 없습니다. 다만 재산세 감면은 과세기준일 현재 임대 목적으로 직접 사용하는 주택에 적용합니다. 과세기준일에 공실이었던 해의 감면 여부는 관할 시⁠·⁠군⁠·⁠구에 확인합니다. 감면 추징 전반은 등록 임대주택 취득세⁠·⁠재산세 감면, 신축⁠·⁠최초분양만 감면되고 매각⁠·⁠말소하면 추징⁠에 있습니다.

건강보험료의 임대소득 관련 경감은 세법이 아니라 국민건강보험공단 기준이므로 공단에 확인합니다.

사례로 보면

10⁠년 장기일반으로 등록한 빌라의 임대차계약이 임대기간 만료일보다 10⁠일 먼저 끝나 임차인이 퇴거한다고 가정하겠습니다. 다음 임차인은 아직 없습니다.

  • 종부세 합산배제: 다음 임차인이 2⁠년 안에 입주하면 계속 임대로 봅니다. 다음 임차인 없이 기간이 끝나는 경우를 다룬 해석은 찾지 못했습니다.
  • 양도세 중과배제⁠·⁠장기보유특별공제 특례(해당하는 경우): 다음 임차인이 입주하지 않고 기간이 끝나면 그 10⁠일을 임대기간에 산입하는지 직접 다룬 해석은 찾지 못했습니다. 다음 임차인을 들여 10⁠일 이상 더 임대하면 계산상 모자람이 없습니다.
  • 거주주택 특례: 공실 산입 규정이 없으므로 모자라는 10⁠일을 더 임대해 기간을 채웁니다.
  • 재산세 감면: 의무기간이 지난 뒤 말소하면 추징하지 않으므로 매각⁠·⁠증여⁠·⁠말소는 만료 뒤로 미룹니다.

만료 전에 확인할 것

  • 등록 유형과 등록일⁠·⁠임대개시일, 혜택별 임대기간 기산일
  • 지금까지의 임차인별 계약 기간과 퇴거일⁠·⁠입주일(전입일), 3⁠개월⁠·⁠6⁠개월을 넘은 공실 구간
  • 자동말소 대상인지, 의무기간 만료 뒤 말소 예정일
  • 다음 임차인을 들일 수 있는 시점과 그때 임대료 증가율 5% 제한
  • 거주주택 특례를 이미 받았는지(사후관리 대상인지)

자주 묻는 질문

Q. 공실 3⁠개월까지는 괜찮다고 들었는데 모든 혜택에 같은가요?

A. 아닙니다. 3⁠개월 산입은 양도세 중과배제⁠·⁠장기보유특별공제 특례의 임대기간 계산 규정입니다(조세특례제한법 시행규칙 제44⁠조). 거주주택 특례에는 산입 규정이 없습니다. 100% 감면은 6⁠개월 이내를 계속 임대로 보고(같은 법 시행령 제97⁠조의5 제1⁠항), 종부세 합산배제는 2⁠년 이내를 계속 임대로 봅니다(종합부동산세법 시행령 제3⁠조 제7⁠항 제4⁠호).

Q. 자동말소되면 장기보유특별공제 특례는 공실이 있어도 받을 수 있나요?

A. 국세청은 종전 8⁠년 의무임대기간을 채워 자동말소된 경우 3⁠개월을 넘는 공실이 있었어도 장기보유특별공제 특례를 적용할 수 있다고 회신했습니다(서면-2020-법령해석재산-4341). 다른 혜택은 각 조문의 임대기간 요건으로 따로 봅니다.

본 칼럼은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 작성일(2026-11-10) 기준 법령에 따른 것이며, 구체적인 판단은 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.
세무사 장민 · 와이제이 택스 라운지
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