의무임대기간이 끝나는 매입임대 아파트, 세입자와 2년 재계약하면 '말소일부터 1년'과 장기보유특별공제 50%는 어떻게 되나
8년 장기일반으로 등록한 매입임대 아파트의 의무임대기간이 곧 끝나는데 세입자는 2년 재계약을 원합니다. 이때 "의무기간이 끝나고 1년 안에 양도해야 장기보유특별공제 50%를 받는다는데 재계약해도 되느냐"고 묻는 경우가 있습니다. 그런데 '말소일부터 1년'은 다주택 중과배제의 양도기한이고, 장기보유특별공제 50%에는 현행 법령상 양도기한이 없습니다. 두 혜택은 근거 조문이 다릅니다. 어느 쪽도 임대차 만료일을 기준으로 삼지 않습니다. 장기보유특별공제 우대를 단계적으로 없애는 안은 법률 개정 사항이라 아직 확정 전입니다. 2026년 11월 현재 법령 기준입니다.
날짜 세 개를 먼저 적습니다
의무임대기간이 끝나는 매입임대 아파트는 날짜 세 개가 엇갈립니다.
| 날짜 | 무엇으로 확인하나 | 쓰이는 곳 |
|---|---|---|
| 임대의무기간 종료일(자동말소일) | 임대사업자 등록증·말소 통지 | 중과배제 기한·장기보유특별공제 특례 기간·거주주택 5년 기한 |
| 임대차 만료일 | 임대차계약서 | 세법 기한 계산에는 쓰지 않음 |
| 양도일 | 잔금일(잔금 전 등기하면 등기접수일) | 기한 안에 양도했는지 판정 |
2020년 8월 민간임대주택법 개정으로 아파트 장기일반 매입임대와 단기임대는 임대의무기간이 끝나는 날 등록이 자동으로 말소됩니다. 그래서 첫째 날짜가 곧 말소일입니다. 세입자와 재계약을 하면 둘째 날짜만 뒤로 갑니다. 중과배제 기한은 첫째 날짜와 제11항으로 정하고 장기보유특별공제 특례가 적용되는 임대기간도 첫째 날짜에서 끝납니다. 재계약을 해도 중과배제 기한은 늦어지지 않습니다.
'1년'은 다주택 중과배제의 기한입니다
2026년 10월 1일 시행된 소득세법 시행령 개정(대통령령 제36737호)으로 중과배제에 양도기한 요건이 추가됐습니다. 종전 장기일반·단기 아파트 매입임대주택은 정해진 기한까지 양도해야 중과배제를 받습니다(소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 가목 2)·마목 4)). 도시형 생활주택인 아파트는 대상이 아닙니다. 다주택 중과는 조정대상지역 주택에만 적용하므로 실제로 이 기한이 문제되는 것은 조정대상지역 아파트입니다. 기한은 같은 조 제11항이 정합니다.
제1항제2호가목2)ㆍ나목2)ㆍ라목8)ㆍ마목4) 및 같은 항 제3호 후단에 따른 기한은 2027년 12월 31일로 한다. 다만, 해당 주택이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택인 경우에는 2027년 12월 31일과 해당 호에서 정하는 날 중 가장 늦은 날을 그 기한으로 한다.
- 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조에 따른 임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후 종료되는 주택: 같은 법 제6조제5항에 따라 임대주택 등록이 말소되는 날부터 1년이 되는 날
원칙은 2027년 12월 31일입니다. 임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후 끝나는 주택만 자동말소일부터 1년이 되는 날과 비교해 늦은 날이 기한이 됩니다. 의무기간이 2026년 이전에 끝났다면 말소일부터 1년을 따지지 않고 2027년 12월 31일까지입니다. 같은 항 제2호(2027년 이후 조정대상지역 신규 지정 지역은 공고일부터 1년), 제3호(기한 전에 재건축 조합설립인가·재개발 관리처분계획인가 등을 받은 주택은 이전고시일부터 1년)에 해당하면 그중 가장 늦은 날을 씁니다. 부칙에는 이 조항의 별도 적용례나 경과규정이 없습니다. 정부 개정안 설명은 2026년 10월 1일 이후 양도분부터 적용한다고 적었습니다.
자진말소는 계산이 다릅니다. 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 뒤 자진말소했다면 2027년 12월 31일과 상관없이 말소 이후 1년 이내에 양도해야 합니다(같은 조 제1항 제2호 사목, 가목 2) 단서). 이때도 임대기간요건 외의 다른 요건은 갖추어야 합니다. 중과배제에서 '말소일부터 1년'은 이 자진말소 기한과 제11항 제1호 예외에서만 나옵니다.
자동말소된 주택은 의무기간이 끝난 날 임대기간요건을 갖춘 것으로 봅니다(같은 조 제1항 제2호 각 목 외의 부분 단서). 말소 뒤에도 임대를 이어 가야 하는지 묻는 질의에 국세청은 이렇게 회신했습니다.
「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 후 양도하는 경우, 등록이 말소된 후 양도일 현재까지 쟁점주택을 「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호 각목 외의 부분 본문과 해당 목에서 정하는 바에 따라 임대하지 않더라도 같은 법 제104조제7항에 따른 세율을 적용하지 않는 것입니다.
질의자는 2018년 1월 단기(4년)로 등록해 2022년 1월 자동말소된 주택을 양도하기 전에 말소 뒤에도 계속 임대해야 하는지, 임대료 5% 증액 상한을 지켜야 하는지, 세무서 사업자등록을 유지해야 하는지를 함께 물었습니다. 회신은 셋 다 지키지 않아도 중과세율을 적용하지 않는다고 답했습니다. 다만 이 회신은 기한 요건이 추가되기 전 해석입니다. 지금은 제11항의 기한 안에 양도하는 것을 전제로 읽습니다.
장기보유특별공제 50%는 근거 조문이 다릅니다
매입임대 아파트의 장기보유특별공제 50%는 조세특례제한법 제97조의3에서 나옵니다. 현행 조문은 민간건설임대만 대상으로 하고 10년 70%만 남겼습니다. 2020년 12월 31일까지 장기일반으로 등록한 매입임대주택에는 종전 규정(8년 이상 임대 50%)을 적용합니다. 아파트는 2020년 7월 11일 이후 등록을 신청했다면 제외됩니다. 종전 시행령은 자동말소된 아파트를 8년 동안 등록·임대한 것으로 보았습니다(종전 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제2항 제2호). 70%는 10년 이상 계속하여 등록되어 있어야 하므로 말소 뒤 2년을 더 임대해 10년을 채워도 70%가 되지 않습니다. 등록 시기별 대상과 공제율은 장기일반 임대주택 장기보유특별공제 50%·70%에서 확인합니다.
현행 조세특례제한법과 같은 법 시행령에는 이 특례를 받으려면 말소일부터 일정 기간 안에 양도해야 한다는 문언이 없습니다. 의무임대기간이 지난 뒤 등록·임대를 이어 가야 하는지에 대해서도 국세청은 필요 없다고 보았습니다.
「조세특례제한법」 제97조의3(이하 "쟁점특례"라 함) 제1항에 따른 장기일반민간임대주택등(이하 "쟁점주택"이라 함)을 같은 법 시행령 제97조의3제3항 각 호의 요건을 모두 충족하면서 의무임대기간동안 계속하여 임대한 후 양도하는 경우, 양도일 현재까지 쟁점주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 또는 제5호에 따른 임대주택으로 등록하여 임대하고 있지 않은 경우에도 쟁점특례를 적용받을 수 있는 것입니다.
대신 50%는 임대기간 중 발생한 양도차익에만 적용합니다(종전 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제5항). 정부 문답자료의 사례도 임대개시일부터 자동말소일까지의 기준시가 상승분으로 안분하고 말소 뒤 오른 부분에는 일반 장기보유특별공제를 적용합니다. 말소 뒤 오래 보유할수록 50%가 적용되는 비중은 줄어듭니다. 양도기한이 없어도 공제액은 양도 시기에 따라 달라집니다.
개정안이 확정되면 장기보유특별공제도 같은 날을 기준으로 줄어듭니다
장기보유특별공제 50%에도 기한이 있느냐는 질문은 개정안에서 나옵니다. 2026년 세법개정안은 자동말소된 조정대상지역 매입임대 아파트에 조세특례제한법 제97조의11을 새로 두는 안을 담았습니다. 정부 문답자료는 현행 제도를 "양도세 중과배제 및 장특공제 우대는 영구 적용 중"이라고 적고 개정안을 다음과 같이 설명합니다.
| 양도 시기 | 다주택 중과 | 임대기간분 장기보유특별공제 우대 |
|---|---|---|
| 2027년 말까지 | 중과배제(시행령 개정, 시행 중) | 50%(현행) |
| 2028년 중 | 1/2 중과(2주택 +10%p, 3주택 이상 +15%p) | 30% |
| 2029년 이후 | 중과(2주택 +20%p, 3주택 이상 +30%p) | 우대 배제 |
의무임대기간이 2027년 1월 1일 기준으로 진행 중인 주택 등은 30%를 적용하는 기간이 따로 정해집니다. 의무임대 종료일·지정 공고일·이전고시일 중 가장 늦은 날부터 1년이 지나고 2년 이내인 기간입니다. 이 안이 그대로 확정되면 장기보유특별공제 50%도 중과배제와 같은 기한을 경계로 줄어듭니다. 그러나 이 부분은 시행령이 아니라 법률을 고쳐야 하는 사항입니다. 2026년 11월 현재 조세특례제한법에 제97조의11은 아직 없습니다. 지금 계산은 현행 규정으로 하되, 양도 시기는 개정안이 확정되는 내용을 보고 정합니다. 10월 1일부터 먼저 바뀐 시행령은 세제개편안 양도세, 10월 1일 먼저 바뀌는 것에 정리했습니다.
혜택별 비교와 가정 사례
| 구분 | 다주택 중과배제 | 장기보유특별공제 특례(종전 50%) |
|---|---|---|
| 근거 | 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호, 제11항 | 조세특례제한법 제97조의3, 같은 법 시행령 제97조의3(종전 규정 포함) |
| 기산일 | 자동말소일(의무기간 종료일) | 공제율 적용 기간이 자동말소일까지 |
| 현행 기한 | 2027.12.31., 의무기간이 2027년 이후 끝나면 말소일부터 1년이 되는 날과 비교해 늦은 날 | 법령상 양도기한 없음(개정안 확정 시 2028년 30%, 그 뒤 배제) |
| 말소 뒤 임대 유지 | 필요 없음(서면-2022-법규재산-0208) | 필요 없음(서면-2021-법규재산-8062) |
| 재계약의 영향 | 기한을 늦추지 않음 | 공제율이 늘지 않음 |
| 기한을 넘기면 | 중과세율(조정대상지역·다주택이면), 일반 장기보유특별공제도 배제 | 현행은 해당 없음 |
중과배제 기한을 넘겨 다주택 중과세율이 적용되면 소득세법 제95조 제2항에 따라 일반 장기보유특별공제도 적용하지 않습니다. 이때 조세특례제한법 제97조의3 공제율을 따로 적용할 수 있는지는 이 편에서 다루지 않습니다. 그런 상황이 예상되면 양도 전에 세액을 따로 계산합니다.
거주주택을 양도할 때는 기한이 또 다릅니다. 말소된 장기임대주택을 가진 세대는 최초 말소일부터 5년 안에 거주주택을 양도하면 거주주택 특례를 적용받습니다. 이번 개정의 양도기한 요건은 이 판정에 적용하지 않습니다(소득세법 시행령 제155조 제23항). 5년 기한의 계산은 자동말소 후 거주주택 비과세는 말소일부터 5년 편이 다룹니다.
가정 사례: 의무기간이 2026년에 끝나는 경우와 2027년에 끝나는 경우
아래 숫자와 날짜는 설명을 위해 만든 것입니다. 두 사례 모두 조정대상지역 아파트를 2018년 9월 13일 이전에 취득해 장기일반 매입임대로 등록했습니다. 다른 주택도 있는 다주택자입니다. 세입자가 원해 2년 재계약을 한다고 가정합니다.
| 항목 | 사례 1 | 사례 2 |
|---|---|---|
| 의무기간 종료·자동말소 | 2026년 2월 | 2027년 5월 |
| 임대차 만료 → 재계약 만료 | 2026년 6월 → 2028년 6월 | 2027년 8월 → 2029년 8월 |
| 중과배제 기한 | 2027.12.31.(제11항 제1호 해당 없음) | 2028년 5월 중 말소일부터 1년이 되는 날(2027.12.31.보다 늦음) |
| 장기보유특별공제 50% | 현행 규정상 양도 시기 제한 없음 | 현행 규정상 양도 시기 제한 없음 |
| 개정안 확정 시 | 2028년 양도 30%, 2029년 이후 배제 | 위 기한까지 현행 50%, 그 뒤 1년 30%, 그 뒤 배제 |
사례 1은 재계약 만료(2028년 6월)가 중과배제 기한(2027년 12월 31일)보다 늦습니다. 중과배제 기한 안에 양도하려면 재계약 기간 중 세입자가 있는 상태에서 양도하게 됩니다. 사례 2는 의무기간이 2027년에 끝나 기한이 2028년 5월로 늦어집니다. 재계약 만료는 그보다도 늦습니다. 세입자가 있는 주택을 양도할 때 매수인이 임대차를 넘겨받는 조건은 매매계약에서 정합니다.
중과배제를 받는 경우와 받지 못하는 경우의 세액 차이는 양도차익·보유기간에 따라 크게 달라집니다. 세율 차이는 다주택 중과 양도세 계산기로 미리 계산해 볼 수 있습니다.
재계약 전에 확인할 것
- 임대사업자 등록증과 말소 통지로 임대의무기간 종료일(자동말소일)을 확인합니다. 의무기간이 2027년 1월 1일 이후 끝나는지에 따라 중과배제 기한이 달라집니다.
- 자동말소인지 자진말소인지 확인합니다. 자진말소라면 말소 이후 1년 이내가 기한입니다.
- 등록 유형과 등록 신청일을 확인합니다. 아파트 장기일반 매입임대는 2020년 7월 11일 이후 등록을 신청했다면 중과배제 대상이 아닙니다(소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 마목 2)).
- 1주택 이상을 보유한 상태에서 조정대상지역 주택을 새로 취득해 장기일반으로 등록했는지 확인합니다. 2018년 9월 14일 이후 취득분이면 중과배제 대상에서 제외됩니다(같은 호 마목 1), 조정대상지역 공고 전 계약·계약금 지급분 제외). 이 경우 2027년 기한은 따질 필요가 없습니다.
- 장기보유특별공제 50%를 받으려면 2020년 12월 31일까지 장기일반으로 등록했는지(아파트는 2020년 7월 10일까지 등록 신청분), 국민주택규모 이하인지, 임대개시일 당시 기준시가 요건(2018년 9월 14일 이후 취득분)과 임대기간 중 임대료 증액 5% 이하를 지켰는지 확인합니다(조세특례제한법 시행령 제97조의3 제3항).
- 재계약 만료일이 중과배제 기한보다 늦다면 세입자가 있는 상태로 양도할지, 기한 뒤 양도할 때 세액이 얼마나 달라지는지 계산합니다.
- 거주주택을 함께 정리할 계획이면 최초 말소일부터 5년 기한을 따로 적습니다.
자주 묻는 질문
Q. 의무기간이 끝나고 1년 안에 양도해야 장기보유특별공제 50%를 받는 것 아닌가요?
A. 현행 법령에는 그런 기한이 없습니다. 말소일부터 1년은 다주택 중과배제 기한의 예외(소득세법 시행령 제167조의3 제11항 제1호)이거나 자진말소의 기한(같은 조 제1항 제2호 사목)입니다. 장기보유특별공제 우대를 2028년 30%로 줄이고 그 뒤 배제하는 안은 조세특례제한법 개정 사항이라 2026년 11월 현재 확정되지 않았습니다.
Q. 세입자와 2년 재계약하면 중과배제 기한이 재계약 만료일까지 늘어나나요?
A. 늘어나지 않습니다. 기한은 소득세법 시행령 제167조의3 제11항에 따라 2027년 12월 31일입니다. 의무기간이 2027년 이후 끝나는 등 제11항 각 호에 해당하면 그 호에서 정하는 날(자동말소일부터 1년이 되는 날 등)과 비교해 가장 늦은 날이 기한입니다. 임대차 만료일은 기한 계산에 들어가지 않습니다. 재계약 기간 중이라도 기한 안에 양도하면 중과배제를 적용합니다.
Q. 말소 뒤 재계약하면서 임대료를 5% 넘게 올리면 혜택이 없어지나요?
A. 국세청은 자동말소 뒤에는 계속 임대하지 않거나 증액 상한을 지키지 않아도 중과세율을 적용하지 않는다고 보았고(서면-2022-법규재산-0208), 장기보유특별공제 특례도 말소 뒤 임대를 이어 가지 않아도 적용한다고 보았습니다(서면-2021-법규재산-8062). 다만 의무기간 중에는 임대료 증액 제한을 지켰어야 합니다.
Q. 재계약 뒤 2년 더 임대하면 10년이 되는데 70%를 받을 수 있나요?
A. 받을 수 없습니다. 70%는 10년 이상 계속하여 등록되어 있어야 합니다(조세특례제한법 시행령 제97조의3 제2항). 자동말소된 아파트는 말소일에 등록이 끝나므로 50%가 상한이고, 말소 뒤 임대한 기간은 특례 임대기간에 들어가지 않습니다.
근거 법령
- 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항
- 소득세법 시행령 제155조 제23항, 제167조의3 제1항 제2호(각 목 외의 부분 단서, 가목 2), 마목 1)·2)·4), 사목), 제11항
- 대통령령 제36737호(2026.9.30.) 부칙 제1조
- 조세특례제한법 제97조의3, 같은 법 시행령 제97조의3 제2항·제3항·제5항(종전 규정 포함)
- 법률 제19199호(2022.12.31.) 부칙 제38조, 대통령령 제33264호(2023.2.28.) 부칙 제2조 제3항
- 서면-2022-법규재산-0208(2022.3.30.), 서면-2021-법규재산-8062(2022.3.16.)
- 2026년 세법개정안 조세특례제한법 제97조의11 신설안(확정 전)