질병으로 거주 2년을 채우지 못했다면, 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있나요?
취득 당시 조정대상지역에 있던 1주택은 2년을 거주해야 비과세됩니다. 투병 때문에 2년을 채우지 못했다면 질병의 요양 등 부득이한 사유 규정을 먼저 확인하게 되는데 이 규정은 1년 이상 거주, 1년 이상 치료·요양이 필요한 질병, 세대전원의 다른 시·군 이전, 그 사유로 한 양도를 함께 요구합니다. 질병으로 2년을 거주하지 못했다는 사정만으로는 적용되지 않습니다. 조문은 2026년 10월 1일 시행 소득세법 시행령 기준입니다.
거주 2년이 필요한 주택인지부터
거주 2년 요건은 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택에만 적용됩니다(소득세법 시행령 제154조 제1항). 조정대상지역 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급했으며 계약금 지급일 현재 세대가 무주택이었다면 거주기간 제한을 받지 않습니다(같은 항 제5호). 이 두 가지를 확인한 뒤에도 거주 2년이 필요하다면 부득이한 사유 요건을 봅니다. 취득 시점별 판정은 조정대상지역 주택, 2년을 거주해야 비과세되나요?와 조정대상지역 공고 전 분양계약, 계약금 낸 날 다른 집이 있었다면 거주 2년이 필요합니다에 정리했습니다.
부득이한 사유 비과세의 조문 구조
1년이상 거주한 주택을 재정경제부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우
이 호에 해당하면 보유기간과 거주기간의 제한을 모두 받지 않습니다(같은 항 단서). 재정경제부령인 소득세법 시행규칙 제71조 제3항은 부득이한 사유를 세대전원이 취학, 근무상의 형편, 질병 등의 사유로 다른 시·군으로 주거를 이전하는 경우로 정합니다. 질병 사유는 제3호입니다.
1년이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양
조문과 해석을 합치면 네 요건을 모두 갖춰야 합니다.
| 요건 | 확인 기준 |
|---|---|
| 1년 이상 거주 | 취득일부터 양도일까지 사이에 주민등록상 1년 이상 거주 |
| 질병 | 1년 이상 치료나 요양이 필요한 질병 |
| 주거 이전 | 세대전원이 다른 시(특별시·광역시·특별자치시 등 포함)·군으로 이전 |
| 양도 | 그 질병의 치료·요양을 사유로 한 양도 |
1년 거주와 1년 치료는 따로 봅니다
1년 이상 거주했는지는 그 주택의 취득일부터 부득이한 사유로 양도한 날까지의 기간으로 계산합니다(서면4팀-932, 2007.3.20.). 거주기간은 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지입니다(소득세법 시행령 제154조 제6항).
질병은 진단명이 아니라 1년 이상 치료나 요양이 필요한지입니다. 몇 달 통원치료를 받고 끝난 경우 법원은 1년 이상의 치료나 요양이 필요한 질병으로 보지 않았습니다(수원지법 2011구합10271, 2012.5.11.). 진단서와 요양증명서에 예상 치료기간이 적혀 있는지 확인합니다.
세대전원의 다른 시·군 이전
같은 시 안에서 병원 가까운 아파트로 옮긴 것은 다른 시·군 이전이 아닙니다. 다만 광역시 안에서 구 지역과 읍·면 지역 사이를 옮기거나, 도농복합형태의 시 등에서 동 지역과 읍·면 지역 사이를 옮긴 경우는 포함합니다(소득세법 시행규칙 제71조 제3항).
이전은 세대전원이 해야 합니다. 함께 옮기지 못한 세대원이 있더라도 그 이유가 취학, 근무 또는 사업상의 형편 등이면 세대전원이 이전한 것으로 봅니다(같은 조 제5항). 이 간주는 사유가 발생한 당사자 외의 세대원에 관한 것이므로 환자 본인은 주거를 이전해야 합니다.
주거환경을 이유로 옮긴 경우에는 요건이 더 엄격합니다. 국세청은 기존 주거환경에서는 치료나 요양이 불가능하고 새 주거환경에서만 가능해야 한다고 회신했습니다.
'질병의 요양 기타 부득이한 사유로 양도하는 경우'라 함은 같은 법 시행규칙 제71조 제3항의 규정에 따라 1년 이상의 치료 또는 요양을 위한 부득이한 경우만을 말하는 것으로 주거환경을 이유로 한 거주이전이 부득이한 사유에 해당되기 위해서는 기존 주거환경에서는 질병의 치료나 요양이 불가능하고 새로운 주거환경에서만 비로소 치료나 요양이 가능한 특별한 사정이 있어야 하는 것임
그 사유로 양도해야 합니다
질병 때문에 이사한 뒤 그 사유로 주택을 양도해야 적용됩니다. 앞의 수원지법 사건에서 납세자는 배우자의 정신과 치료를 위해 다른 시로 이사했다고 주장했습니다. 법원은 주거만 옮긴 것은 이 규정이 정한 경우가 아니라고 보았습니다. 치료가 끝난 뒤 2년 넘게 지나 양도한 점을 들어 치료나 요양을 목적으로 양도한 것으로 보기도 어렵다고 판단했습니다. 항소와 상고는 기각되었습니다(서울고법 2012누16857, 대법원 2012두26739 심리불속행).
질병의 요양 등 부득이한 사유를 원인으로 주거를 이전하여 주택을 양도한 경우에 한하여 위와 같은 기간의 제한을 받지 않고 1세대 1주택으로 보아 양도소득세를 비과세한다는 것이지, 주택은 양도하지 않은 채 주거만을 이전한 경우까지 포함하는 의미는 아니라고 할 것이다.
이사한 뒤 주택을 임대하다가 몇 년 뒤 양도하는 경우가 여기에 해당합니다. 국세청은 양도일 현재 부득이한 사유가 해소된 상태에서 양도하면 이 규정을 적용받을 수 없고(재산세과-1141, 2009.6.9.), 해소되지 않은 상태에서 양도하면 적용한다고(재일46014-2211, 1995.9.1.) 회신했습니다. 두 회신은 근무상 형편 사안이지만 같은 제3호를 해석했습니다. 질병 사유라면 양도일 현재 치료·요양이 계속되고 있는지를 진료기록으로 확인합니다.
세대원 일부만 일시 퇴거했다면
환자 본인만 일시 퇴거해 입원·요양하고 배우자 등 나머지 세대원이 그 주택에 계속 거주했다면 부득이한 사유 규정을 쓸 필요가 없습니다. 나머지 세대원이 2년을 거주하면 거주요건을 갖춘 것으로 봅니다.
세대원의 일부가 취학・질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편의 부득이한 사유로 일시 퇴거하여 해당 주택에 거주하지 못한 경우에도 나머지 세대원이 위에서 정하는 기간을 거주하는 경우에는 거주기간에 관한 비과세요건을 갖춘 것으로 보는 것이나, 전세대원이 해당 주택에 거주하지 않는 경우에는 그렇지 않은 것입니다.
주택을 임대하고 세대전원이 전출했다면 이 해석은 적용되지 않습니다.
임대 중이라면 상생임대주택 특례
세대전원이 이사하고 그 주택을 임대하고 있다면 상생임대주택 특례로 거주기간 제한을 받지 않는지도 봅니다(소득세법 시행령 제155조의3). 네 요건을 모두 갖춰야 합니다.
- 주택을 취득한 뒤 직접 맺은 직전임대차계약으로 1년 6개월 이상 임대했을 것(매수하면서 승계한 임대차계약은 직전임대차계약이 아닙니다)
- 직전임대차계약 대비 보증금 또는 임대료 증가율이 5%를 초과하지 않는 상생임대차계약을 2026년 12월 31일까지 체결(계약금 수령 증빙)하고 임대를 개시했을 것
- 상생임대차계약으로 2년 이상 임대했을 것
- 상생 임대기간이 끝난 날부터 1년이 되는 날과 2029년 12월 31일 중 빠른 날까지 양도할 것(2026년 12월 31일 이전에 끝나면 2027년 12월 31일까지)
5% 요건은 "100분의 5를 초과하지 않는"이라는 문언으로 정해져 있고, 시행령에 소수점 처리 규정은 따로 없습니다. 보증금과 월세를 서로 전환했다면 민간임대주택법 제44조 제4항 기준으로 환산해 증가율을 계산합니다(같은 조 제2항). 특례를 적용받으려면 양도소득세 신고기한까지 특례적용신고서에 직전·상생 임대차계약서를 첨부해 제출합니다(같은 조 제5항). 경계값에 가까우면 환산에 쓴 전환율과 계산 결과를 계약서와 함께 보관합니다. 계산 방법은 계약 중 임대료 인하·보증금 반환·전월세 전환, 상생임대 5%는 어떻게 계산하나요?, 양도기한은 상생임대 양도기한과 유의점(2026년 10월 1일 시행)에 정리했습니다.
가정 사례로 순서를 맞춰 보면
갑과 배우자 을 2인 세대가 2023년 9월 취득 당시 조정대상지역인 A시 아파트를 취득해 전입했습니다. 2024년 12월 갑이 1년 이상 치료가 필요하다는 진단을 받았고, 2025년 1월 갑과 을이 B시 전문병원 근처 전셋집으로 함께 전입했습니다. A시 거주기간은 1년 4개월입니다. 2025년 2월부터 A시 아파트를 2년 계약으로 임대했습니다.
- 갑의 치료가 이어지는 중에 2026년 양도: 1년 이상 거주, 질병, 세대전원 다른 시 이전이 갖춰졌으므로 그 사유로 양도했는지를 증빙으로 입증할 수 있으면 부득이한 사유 비과세를 검토합니다.
- 을만 B시로 옮기고 갑은 A시 주소를 둔 채 입원한 경우: 세대전원 이전이 아닙니다. 다만 을이 A시 아파트에 계속 거주했다면 부동산거래관리과-1334에 따라 거주기간을 판정합니다.
- B시가 아니라 같은 A시 안의 병원 근처로 옮긴 경우: 다른 시·군 이전이 아니므로 적용되지 않습니다.
- 2025년 말 치료를 마치고 B시에서 계속 거주하며 임대하다가 2029년 양도: 양도일 현재 사유가 해소된 상태라 부득이한 사유 비과세는 적용받기 어렵습니다. 직전 계약(2025년 2월~2027년 2월)에 이어 2026년 12월 31일까지 상생임대차계약을 체결하고 2년 이상 임대했다면, 임대기간 종료일부터 1년과 2029년 12월 31일 중 빠른 날까지 양도할 때 상생임대주택 특례를 검토합니다. 상생임대차계약의 임대 개시가 2027년이면 그 기간 요건도 함께 확인합니다.
자주 묻는 질문
Q. 병원에 1년 넘게 입원했는데 주민등록은 집에 그대로 두었습니다. 주거를 이전한 것인가요?
시행규칙은 세대전원의 주거 이전을 요구하고, 거주기간은 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지로 계산합니다. 입원만으로 주거를 이전했다고 본 해석은 확인하지 못했습니다. 부득이한 사유는 요양증명서 등과 주민등록표등본으로 확인하므로(같은 규칙 제71조 제4항), 주민등록을 옮기지 않았다면 세대전원 이전을 입증하기 어렵습니다. 다른 세대원이 그 집에 계속 거주했다면 부동산거래관리과-1334를 먼저 검토합니다.
Q. 1년도 살지 못하고 투병을 시작했습니다.
제3호는 1년 이상 거주한 주택에만 적용됩니다. 1년 거주는 취득일부터 양도일까지 사이의 거주기간으로 따지므로, 이사 전 거주가 1년에 못 미치면 이 규정은 쓸 수 없습니다. 거주요건이 없는 다른 사유(공고 전 계약, 상생임대주택)를 확인합니다.
Q. 어떤 서류로 증명하나요?
요양증명서 등 해당 사실을 증명하는 서류와 주민등록표등본으로 확인합니다(소득세법 시행규칙 제71조 제4항). 진단일, 예상 치료기간, 입원·통원 기간이 드러나는 서류와 세대전원의 전출입이 나오는 등본을 함께 갖춥니다.
Q. 양도가액이 12억원을 넘으면요?
부득이한 사유로 비과세되더라도 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘는 고가주택은 12억원 초과분에 해당하는 양도차익에 과세합니다(소득세법 제89조 제1항 제3호, 제95조 제3항).
근거 법령·해석
- 소득세법 제89조 제1항 제3호, 제95조 제3항
- 소득세법 시행령 제154조 제1항 제3호·제5호·제6항, 제155조의3 제1항·제2항·제5항
- 소득세법 시행규칙 제71조 제3항·제4항·제5항
- 서면4팀-932(2007.3.20.), 재산세과-171(2009.9.10.), 부동산거래관리과-1334(2010.11.9.), 재산세과-1141(2009.6.9.), 재일46014-2211(1995.9.1.)
- 수원지방법원 2011구합10271(2012.5.11.), 서울고등법원 2012누16857(2012.11.9.), 대법원 2012두26739(2013.3.14.)