장기임대주택이던 집을 마지막에 양도할 때, 과세되는 부분은 어떻게 계산하나
"거주주택은 비과세로 팔았고, 임대하던 집에 들어가 살다가 이 집도 비과세로 팔려고 합니다. 겹친 기간은 과세된다는데 얼마가 과세되나요?" 과세되는 부분은 보유기간이 아니라 기준시가 상승분의 비율로 정합니다. 기준시가 비율로 과세되는 그 부분의 장기보유특별공제는 1세대 1주택 공제율(표2)이 아니라 표1로 계산합니다(고가주택의 이후 보유기간분은 별도).
일부만 비과세되는 주택
장기임대주택과 거주주택을 가진 1세대가 거주주택을 특례로 비과세 양도하면 그 거주주택이 직전거주주택이 됩니다. 남은 임대주택에 들어가 살다가 1세대 1주택으로 양도하면 이 주택은 직전거주주택보유주택이 됩니다. 이 주택의 비과세는 직전거주주택을 양도한 날 후의 기간분에만 적용됩니다.
⑩ 제1항에 따른 1세대 1주택이 다음 각 호의 요건에 모두 해당하는 경우에는 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1주택을 보유한 것으로 보아 제1항을 적용한다.
- 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 임대주택으로 등록하거나 「영유아보육법」 제12조 또는 제13조에 따른 어린이집으로 설치ㆍ운영된 사실이 있을 것
- 해당 주택이 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택보유주택일 것
다른 장기임대주택이 남아 있는 상태에서 이 주택을 거주주택 특례로 양도할 때에도 이 제한이 적용됩니다(소득세법 시행령 제155조 제20항 후단). 거주주택 특례의 생애 1회 제한이 2025년 2월 28일 시행령 개정으로 없어진 뒤에도 이 규정은 바뀌지 않았습니다. 특례가 어떻게 적용되는지는 거주주택 비과세, 적용받으면 불리한 경우도 있습니다에서 다뤘습니다.
과세되는 부분은 기준시가 비율로 정합니다
과세되는 양도소득금액은 소득세법 시행령 제161조 제1항의 계산식으로 구합니다.
- 과세되는 양도소득금액 = 양도소득금액 × (직전거주주택 양도 당시 이 주택의 기준시가 − 취득 당시 기준시가) ÷ (양도 당시 기준시가 − 취득 당시 기준시가)
계산식의 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유특별공제액을 뺀 금액입니다(소득세법 제95조 제1항). 기준시가는 세 시점의 것을 씁니다. 이 주택을 취득한 날, 직전거주주택을 양도한 날, 이 주택을 양도한 날입니다.
계산 예시
설명을 위해 수치를 가정했습니다.
| 항목 | 금액 |
|---|---|
| 양도가액 | 10억원 |
| 취득가액 | 4억원 |
| 양도차익 | 6억원 |
| 보유기간 | 12년 |
| 기준시가(취득 당시) | 2억원 |
| 기준시가(직전거주주택 양도 당시) | 4억원 |
| 기준시가(양도 당시) | 6억원 |
- 장기보유특별공제는 표1을 적용합니다. 보유기간 12년의 공제율은 24%이므로 공제액은 6억원 × 24% = 1억 4,400만원입니다.
- 양도소득금액은 6억원 − 1억 4,400만원 = 4억 5,600만원입니다.
- 기준시가 비율은 (4억원 − 2억원) ÷ (6억원 − 2억원) = 50%입니다.
- 과세되는 양도소득금액은 4억 5,600만원 × 50% = 2억 2,800만원입니다. 이 금액에서 기본공제 250만원을 빼고 세율을 적용합니다.
위 예시에서 직전거주주택을 이 주택 취득 8년 뒤에 양도했더라도 과세되는 부분은 보유 12년 가운데 8년인 3분의 2가 아니라 50%입니다. 계산식에는 기간이 들어가지 않습니다. 그 8년 동안 오른 기준시가가 전체 상승분의 절반이기 때문입니다.
과세되는 부분의 장기보유특별공제는 표1입니다
④ 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조 제2항 표1을 적용하고, 제2항제2호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조제2항 표2를 적용한다.
1세대 1주택이라도 직전거주주택 양도일 이전 보유기간분으로 과세되는 부분은 표1(최대 30%)로 공제합니다. 표1의 보유기간은 직전거주주택 양도일부터가 아니라 이 주택의 취득일부터 양도일까지로 계산합니다(소득세법 제95조 제4항; 부동산거래관리과-0992, 2011.11.25.). 고가주택 사안에서도 국세청은 같은 기간으로 계산했습니다(서면-2017-법령해석재산-1577, 2019.1.31.). 소득세법 시행령 제161조 제4항은 2013년 2월 15일 이후 양도분부터 적용됩니다.
양도가액이 12억원을 넘으면 두 부분을 더합니다
고가주택이면 양도소득금액을 두 부분으로 나눠 계산한 뒤 더합니다(소득세법 시행령 제161조 제2항).
| 구분 | 계산 | 장기보유특별공제 |
|---|---|---|
| 직전거주주택 양도일 이전 보유기간분 | 양도소득금액 × 위와 같은 기준시가 비율 | 표1 |
| 직전거주주택 양도일 이후 보유기간분 | 양도소득금액 × (양도 당시 기준시가 − 직전거주주택 양도 당시 기준시가) ÷ (양도 당시 기준시가 − 취득 당시 기준시가) × (양도가액 − 12억원) ÷ 양도가액 | 표2 |
이후 보유기간분은 비과세 구간이라 12억원 초과분에 해당하는 금액만 과세됩니다. 두 부분은 공제율이 달라서 장기보유특별공제를 각각 계산합니다.
거주주택을 과세로 신고했다면
거주주택을 양도할 때 특례 요건을 갖췄는데도 과세로 신고하는 경우가 있습니다. 그러면 나중에 양도하는 임대주택은 전체 보유기간에 비과세를 받을 수 있는지가 문제 됩니다. 국세청은 이 질의에 기존 해석(사전-2019-법령해석재산-0201, 2019.9.23.)을 회신에서 제시했습니다(사전-2026-법규재산-0899, 2026.9.15.). 그 해석에 따르면 특례 요건을 갖춰 거주주택을 양도했을 때는 거주주택에 특례를 적용합니다. 임대주택은 거주주택 양도일 이후의 기간분만 비과세하는 방법으로 신고·납부합니다. 이 회신에 비추어 보면 신고 방법을 골라 임대주택의 비과세 구간을 늘리기는 어렵습니다.
신고 전에 확인할 것
- 세 시점(취득일, 직전거주주택 양도일, 양도일)의 기준시가를 공시가격 열람 이력으로 확인합니다.
- 장기보유특별공제는 과세되는 부분에 표1, 12억원 초과분의 이후 보유기간분에 표2를 적용했는지 확인합니다.
- 직전거주주택이 특례 요건을 갖춰 양도한 주택인지 확인합니다. 과세로 신고한 주택이어도 요건을 갖췄다면 직전거주주택으로 보아 계산하는 것이 위 회신의 취지입니다.
- 그런 거주주택이 둘 이상이면 가장 나중에 양도한 주택이 직전거주주택입니다.
자주 묻는 질문
Q. 임대주택에 들어가 2년을 살았으면 전부 비과세되지 않나요?
A. 되지 않습니다. 2년 거주는 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택에 필요한 비과세 요건일 뿐 비과세 범위를 넓히지 않습니다. 거주 기간과 관계없이 비과세 부분과 과세 부분은 제161조의 계산식으로 나뉩니다(소득세법 시행령 제154조 제10항·제161조).
Q. 직전거주주택을 양도한 뒤 기준시가가 떨어졌다면요?
A. 기준시가 비율이 100%를 넘습니다. 고가주택이 아니라면 계산한 금액 가운데 양도소득금액을 넘는 금액은 없는 것으로 보므로(소득세법 시행령 제161조 제3항) 양도소득금액 전체를 과세합니다.
Q. 임대주택이 자동말소된 뒤에 양도해도 같은가요?
A. 같습니다. 위 사전답변(사전-2026-법규재산-0899)이 바로 임대기간이 끝나 자동말소된 임대주택을 양도한 사안이었습니다.