거주주택 비과세, 받으면 손해인 경우도 있습니다

임대사업자 등록이 자동말소되면 5⁠년이라는 기한이 생깁니다. 그 안에 거주주택을 팔면 비과세라는 설명은 맞습니다. 그 비과세를 받으면 임대주택 세액이 늘어납니다. 거주주택에서 덜 낸 세액보다 임대주택에서 더 내는 세액이 클 때가 있습니다.

자동말소되어도 5⁠년 안에 팔면 거주주택은 비과세됩니다

폐지된 유형인 단기민간임대주택과 아파트 장기일반민간임대주택이 의무임대기간 종료로 말소된 경우, 말소일부터 5⁠년 이내에 거주주택을 양도하면 임대기간요건을 갖춘 것으로 봅니다(소득세법 시행령 제155⁠조 제23⁠항 제2⁠호).

임대주택 자동말소 후 거주주택 비과세 기한

거주주택 비과세를 판단할 때는 말소 뒤의 임대료 5% 증액 여부를 따지지 않습니다. 자동말소된 이후 증액 상한을 준수하지 않더라도 5⁠년 안에 거주주택을 양도하면 임대요건을 갖춘 것으로 본다고 예규에서 밝히고 있습니다(사전-2025-법규재산-0542, 2025.7.16. 생산). 말소 뒤에 계속 임대하지 않거나 사업자등록을 유지하지 않은 경우도 같습니다(기획재정부 재산세제과-151, 2022.1.24.).

이 비과세는 골라 받을 수 없습니다

거주주택 비과세는 납세자가 신청해서 받는 혜택이 아닙니다. 요건을 채우면 소득세법 시행령 제154⁠조 제1⁠항에 따라 그대로 비과세됩니다. 신고서를 내지 않는 방법으로 적용을 미뤄 두고, 나중에 다른 주택에 쓰겠다고 고를 수 없습니다.

같은 조 제24⁠항의 신고서 제출은 특례를 받으려는 사람이 밟는 절차입니다. 이 서류를 내지 않았다고 해서 특례를 포기한 것이 되지는 않습니다.

이 예규는 생애 1⁠회 제한이 있던 시절에 어느 주택으로 특례를 쓸지를 다뤘습니다. 생애 1⁠회 제한은 2025⁠년 2⁠월 28⁠일 시행령 개정으로 없어졌습니다(대통령령 제35349⁠호). 당연 비과세라 임의로 선택할 수 없다는 판단은 횟수 제한과 상관없이 그대로 남아 있습니다.

비과세를 받는 순간 임대주택의 비과세 기간이 줄어듭니다

거주주택이 비과세를 받으면 그 주택은 직전거주주택이 됩니다. 임대등록 이력이 있어 마지막에 남은 임대주택은 직전거주주택보유주택이 됩니다. 이름이 비슷하지만 서로 다른 주택을 가리킵니다. 나중에 이 임대주택을 1⁠세대 1⁠주택으로 팔 때, 비과세는 직전거주주택을 양도한 날 이후의 기간분에만 적용됩니다.

직전거주주택보유주택 뜻

임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택이 마지막 1⁠주택으로 남았고, 그 보유기간 중에 비과세로 판 다른 거주주택이 있는 경우를 말합니다. 같은 내용을 소득세법 시행령 제154⁠조 제10⁠항에서도 정하고 있습니다. 이때 비과세되는 구간은 전체 보유기간이 아닙니다. 직전거주주택 양도일 이후⁠로 줄어듭니다. 주택을 기간별로 나눠 파는 것이 아니라, 전체 양도차익을 보유기간에 따라 나누어 계산합니다(소득세법 시행령 제161⁠조 제1⁠항). 17⁠년을 보유한 주택인데 마지막 몇 달만 비과세 구간으로 남는 결과도 나옵니다.

5⁠년이 지나면 특례 자체가 적용되지 않습니다

특례를 피하려면 양도 시점에 요건을 갖추지 않은 상태여야 합니다. 자동말소된 임대주택은 민간임대주택법상 등록이 이미 사라졌으므로, 소득세법 시행령 제155⁠조 제20⁠항 제2⁠호의 '양도일 현재 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것'을 그 자체로는 채우지 못합니다. 이 요건을 갖춘 것으로 보아 주는 규정이 같은 조 제23⁠항인데, 말소일부터 5⁠년까지만 적용됩니다.

5⁠년이 지나면 제23⁠항이 적용되지 않습니다. 특례가 성립하지 않으므로 거주주택은 2⁠주택 상태의 일반과세로 정리됩니다.

다만 5⁠년이 지난 뒤 과세로 판 거주주택이 나중에 직전거주주택으로 잡히는지는 이 쟁점을 직접 다룬 선례를 확인하지 못했습니다. 조문 문언상으로는 특례를 적용받지 않은 주택을 제155⁠조 제20⁠항의 거주주택으로 보기 어렵습니다. 실제 처분 전에 확인이 필요합니다.

처분 시기로 세부담이 갈립니다

상담에서 나온 구조를 각색한 보유 현황입니다. 지역과 금액, 연도는 모두 바꿨고 법리 구조만 남겼습니다.

A주택은 재건축 조합원분양 물건이라 취득가액을 종전주택 취득가액에 추가분담금을 더해 산정하고, 관리처분계획인가일 전후로 차익을 나눠야 합니다. 자료 없이는 세액을 산정할 수 없어 숫자를 적지 않았습니다. 시세가 12⁠억원을 크게 넘고 보유기간이 17⁠년을 지났으므로, 비과세 구간이 몇 달로 줄면 A주택의 양도소득세 부담이 크게 늘어납니다.

B주택을 과세로 파는 경우의 세액입니다. 취득 관련 필요경비 500⁠만원, 보유 15⁠년, 비조정대상지역을 전제로 계산했습니다.

산출세액은 1⁠억 6,900⁠만원 × 38% − 1,994⁠만원으로 계산했습니다. 각색 사례의 금액과 연도는 임의로 설정한 값입니다.

자동말소 임대주택 거주주택 언제 파는 게 유리한가

5⁠년 경과 후 양도한 거주주택이 직전거주주택에 해당하는지는 이 쟁점을 직접 다룬 선례를 확인하지 못했습니다. 1⁠세대 1⁠주택이라도 양도가액 12⁠억원을 넘는 부분은 과세되므로 전액 비과세가 되지는 않습니다(소득세법 제89⁠조 제1⁠항 제3⁠호). 조합원분양 물건의 취득시기와 취득가액 산정은 별도로 검토합니다.

임대주택을 팔 계획이 아예 없다면 5⁠년 안에 파는 쪽이 맞습니다. 임대주택도 언젠가 정리한다면, 거주주택에서 내는 약 4,870⁠만원과 5⁠년 안에 팔았을 때 임대주택에서 늘어나는 세액의 크기에 따라 결론이 달라집니다.

실무에서 주의해야 할 점

임대주택이 두 채 이상이면 5⁠년의 기산일이 달라집니다. 소득세법 시행령 제155⁠조 제23⁠항 괄호에서 장기임대주택을 2⁠호 이상 임대하는 경우 최초로 등록이 말소되는 주택의 말소 이후를 기준으로 한다고 정하고 있습니다. 기산일은 가장 먼저 말소된 한 채⁠로 정해집니다. 나중에 말소된 주택의 날짜로 세면 이미 지난 기한이 남아 있는 것처럼 보입니다.

양도 시기도 확인해야 합니다. 계약일이 아니라 대금을 청산한 날이 기준입니다(소득세법 제98⁠조). 대금 청산 전에 소유권이전등기를 마쳤다면 등기접수일이 됩니다(같은 법 시행령 제162⁠조 제1⁠항 제2⁠호). 5⁠년 기한이 임박한 사안에서는 잔금일 하루로 결과가 달라질 수 있어서 주의해야 합니다.

자주 하는 오해 바로잡기

다주택자 양도세 중과 한시 배제는 2026⁠년 5⁠월 9⁠일 양도분까지 적용되었고, 2026⁠년 5⁠월 10⁠일 양도분부터 조정대상지역 소재 주택에 중과세율이 다시 적용됩니다. 다만 2026⁠년 시행령의 계약일⁠·⁠잔금 기한에 관한 경과규정은 따로 확인해야 합니다. 비조정대상지역 주택에는 기본세율이 적용됩니다.

정리하면

자동말소일부터 5⁠년 이내에 거주주택을 양도하면 비과세가 적용됩니다. 이 비과세는 신청해서 받는 것이 아니라 요건만 채우면 적용되므로, 신고서를 내지 않는 방법으로 미뤄 둘 수 없습니다. 비과세를 받는 순간 임대주택은 직전거주주택보유주택이 되고, 그 임대주택의 비과세 구간은 거주주택 양도일 이후⁠로 줄어듭니다. 임대주택 시세가 12⁠억원을 넘고 보유기간이 길수록 줄어드는 폭이 커집니다. 5⁠년이라는 기한이 늘 유리하게 끝나지는 않습니다.

보유하신 주택의 임대등록일과 말소일, 거주 이력, 각 주택의 취득시기와 시세를 알려 주시면 어느 순서로 정리하는 쪽이 세부담이 작은지 함께 짚어 드리겠습니다.

자주 묻는 질문