재건축 신축 아파트를 등기 직후 양도하면 단기 세율인가요?
재건축으로 받은 신축 아파트를 등기하자마자 양도하면 "보유기간 1년 미만이라 단기 세율"이라고 생각하기 쉽습니다. 기산일은 등기일이 아닙니다. 다른 주택이 있어 비과세가 안 되는 원조합원이라면 국세청은 입주권 양도의 세율, 신축주택의 비과세·장기보유특별공제에서 보유기간을 종전 주택 취득일부터 기산해 왔지만, 완공된 신축주택의 세율 보유기간을 정면으로 다룬 해석은 확인되지 않습니다. 늘어난 부수토지, 관리처분 뒤 승계한 경우 등은 사용승인일 등부터 기산해 단기 세율이 적용될 수 있습니다. 2026년 10월 현행 소득세법과 시행령 기준입니다.
세율의 보유기간 원칙
제1항제2호ㆍ제3호 및 제11호가목의 보유기간은 해당 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.
주택은 보유기간이 1년 미만이면 100분의 70, 1년 이상 2년 미만이면 100분의 60의 세율을 적용합니다(소득세법 제104조 제1항 제3호·제2호). 같은 조 제2항 단서는 상속·증여 이월과세·합병분할의 취득일만 따로 정하고, 재건축 신축주택의 취득일은 정하지 않습니다.
원조합원: 종전 주택 취득일 기산의 근거
입주권 상태에서 양도할 때 국세청은 세율 적용 보유기간을 "종전 토지 및 건물의 취득일부터 양도일까지"로 보았습니다(서면인터넷방문상담4팀-1423, 2004.9.14.). 청산금을 납부해 부수토지가 늘어난 신축주택을 양도한 사안에서는 늘어난 부수토지만 세율 보유기간을 사용검사필증 교부일 등부터 기산한다고 회신했습니다(부동산거래관리과-102, 2012.2.14.). 늘어난 부분만 따로 정했으므로 나머지 부분은 종전 주택 취득일부터 기산하는 것으로 읽힙니다.
다만 이는 해석의 구조에서 읽어 낸 결론이고, 관리처분 전부터 주택을 보유한 원조합원이 완공된 신축주택을 양도할 때의 세율 보유기간을 정면으로 다룬 예규·심판례는 확인되지 않았습니다(2026년 10월 29일 기준). 양도 전에 이 부분을 따로 검토합니다.
사용승인일 등부터 기산하는 경우
| 구분 | 세율 보유기간 기산 | 근거 |
|---|---|---|
| 청산금을 납부해 늘어난 부수토지 | 사용검사필증 교부일 등 | 부동산거래관리과-102(2012.2.14.) |
| 토지만 보유한 원조합원의 건물분 | 신축주택 보유기간으로 판정 | 재산세과-624(2009.11.3.) |
| 관리처분 뒤 승계한 조합원 | 사용검사필증 교부일 등 | 재산세과-1634(2009.8.7.) |
| 사업시행인가 뒤 종전 주택 취득 | 사용승인일(입주권 취득으로 봄) | 조심 2008구3358(2009.11.30.) |
| 정비사업이 아닌 멸실 후 신축 | 신축주택 완공 뒤 | 서면법규과-1222(2014.11.19.) |
청산금을 추가로 납부해 새 아파트의 부수토지가 종전보다 늘었다면, 국세청은 늘어난 부수토지의 세율 보유기간을 사용검사필증 교부일(그 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 받으면 그날)부터 기산한다고 회신했습니다. 등기 직후 양도하면 늘어난 부수토지 부분만 단기 세율이 적용될 수 있습니다.
종전에 건물 없이 토지만 보유하다가 신축주택을 분양받았다면, 보유기간 1년 미만인 신축주택의 건물부분에는 단기 세율을 적용한다는 회신이 있습니다. 관리처분계획인가일 뒤에 조합원 지위를 승계해 취득했다면 신축주택의 취득시기를 사용검사필증 교부일 등으로 봅니다. 조세심판원은 사업시행인가일 뒤에 종전 주택을 취득해 실제로 거주한 사람도 조합원입주권을 취득한 것으로 보아 사용승인일부터 기산하고 단기 세율을 적용한 처분을 유지했습니다(조심 2008구3358, 2009.11.30.). 당시 시행령 기준의 사안이라 현행 기준과 그대로 같지는 않지만, 종전 주택을 언제 취득했는지가 기산일을 가른다는 점을 보여 줍니다.
청산금(추가 분담금)을 낸 몫 자체에 대해 세율 보유기간을 따로 기산하는지 정한 조문이나 해석은 확인되지 않았습니다(2026년 10월 29일 기준).
장기보유특별공제는 나눠 기산합니다
제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간 나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
청산금을 낸 원조합원의 양도차익은 청산금납부분과 기존건물분으로 나뉘고, 장기보유특별공제의 보유기간도 각각 다르게 기산합니다. 장기보유특별공제는 보유기간 3년 이상부터 적용하고 다주택 중과 대상이면 적용하지 않으므로, 등기 직후 양도라면 청산금납부분은 관리처분계획 인가일부터 3년이 지났는지를 따로 확인합니다.
1세대 1주택 비과세의 보유기간은 멸실된 종전주택 보유기간, 재건축 기간, 신축주택 보유기간을 합산합니다(부동산거래관리과-102, 2010.1.20.). 조세특례제한법 제99조의2 감면주택이 재건축된 사안에서도 국세청은 비과세 보유기간과 장기보유특별공제 보유기간을 멸실 전 주택의 당초 취득일부터 기산한다고 회신했습니다(서면-2022-법규재산-3103, 2023.8.9.). 청산금을 납부했다면 장기보유특별공제는 위 시행령에 따라 청산금납부분과 기존건물분을 나눠 기산합니다. 비과세 쪽 정리는 재개발·재건축 조합원입주권 양도세 정리에서 다뤘습니다.
양도 전에 확인할 것
- 종전 주택(건물과 토지)의 취득일, 종전에 토지만 있었는지
- 종전 주택 취득일이 사업시행인가일·관리처분계획 인가일보다 앞서는지(원조합원인지 승계조합원인지)
- 신축주택 사용승인일(임시사용승인·사실상 사용일)
- 청산금 납부 여부와 부수토지 면적이 늘었는지
- 다른 주택이 있어 비과세가 안 되는지, 다주택 중과 대상인지
등기 직후 양도라도 원조합원인지, 무엇을 제공했는지에 따라 세율이 달라질 수 있습니다. 개별 일정 검토는 유료 상담으로 진행하며, 신고 수수료는 수수료 안내에 공개해 두었습니다.
근거 법령·해석
- 소득세법 제104조 제1항 제2호·제3호, 제2항
- 소득세법 시행령 제166조 제5항
- 서면인터넷방문상담4팀-1423(2004.9.14.), 부동산거래관리과-102(2012.2.14.), 재산세과-624(2009.11.3.), 재산세과-1634(2009.8.7.), 서면법규과-1222(2014.11.19.)
- 조심 2008구3358(2009.11.30.)
- 부동산거래관리과-102(2010.1.20.), 서면-2022-법규재산-3103(2023.8.9.)
자주 묻는 질문
Q. 재건축 아파트를 등기하고 3개월 만에 양도하면 100분의 70 세율인가요?
기산일은 등기일이 아닙니다. 종전 주택(건물과 그 부수토지)을 관리처분계획 인가 전부터 보유한 원조합원이라면 국세청 해석의 구조상 종전 주택 취득일부터 기산하는 것으로 읽히지만, 완공 신축주택의 세율을 정면으로 다룬 해석은 확인되지 않습니다. 청산금을 납부해 늘어난 부수토지는 사용검사필증 교부일 등부터 기산하므로 그 부분은 단기 세율이 적용될 수 있습니다.
Q. 관리처분 뒤 입주권을 매수해 취득한 아파트라면요?
관리처분계획인가일 뒤에 조합원 지위를 승계해 취득한 재건축 주택은 사용검사필증 교부일(그 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 받으면 그날)을 취득시기로 보아 보유기간을 계산합니다. 그날부터 1년이 지나기 전에 양도하면 100분의 70, 2년이 지나기 전이면 100분의 60 세율이 적용됩니다.