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양도소득세최종 검토 2026-10-18

말소된 임대주택을 먼저 정리하고 거주주택은 나중에 양도하면, 비과세 5년은 언제부터 기산하나요?

말소된 장기임대주택을 먼저 정리하고 거주주택은 나중에 양도하려는 세대가 늘었습니다. 양도 순서는 잔금일⁠로 정합니다. 임대주택 1⁠채를 먼저 양도해도 다른 말소 임대주택이 남아 있으면 거주주택 특례(소득세법 시행령 제155⁠조 제20⁠항)⁠를 적용합니다. 비과세 기한 5⁠년은 먼저 양도한 주택이라도 최초로 말소된 임대주택의 말소일부터 기산합니다. 임대주택을 모두 양도한 뒤 거주주택을 양도하면 특례가 아니라 1⁠세대 1⁠주택 비과세⁠로 판단하므로 이 5⁠년 기한과 관계가 없습니다.

순서는 계약일이 아니라 잔금일로 정합니다

어느 주택을 먼저 양도한 것인지는 각 주택의 양도시기로 정합니다. 양도시기는 대금을 청산한 날⁠이고(소득세법 제98⁠조), 잔금을 받기 전에 소유권이전등기를 넘겨줬다면 등기접수일입니다(같은 법 시행령 제162⁠조 제1⁠항 제2⁠호). 계약을 먼저 맺었다고 먼저 양도한 주택이 되지는 않습니다.

같은 날 두 주택의 잔금을 받으면 양도하는 사람이 선택한 순서대로 양도한 것으로 봅니다(같은 영 제154⁠조 제9⁠항). 과세연도도 같은 기준이라 12⁠월 계약이라도 잔금을 다음 해 1⁠월에 받으면 다음 해 양도분이 됩니다.

말소 임대주택이 1⁠채라도 남아 있으면 특례로 판단합니다

임대주택 2⁠채 중 1⁠채를 먼저 양도하고 1⁠채가 남은 상태에서 거주주택을 양도하면 세대에는 아직 거주주택과 임대주택이 함께 있습니다. 그래서 1⁠세대 1⁠주택 본칙이 아니라 거주주택 특례⁠로 비과세를 판단합니다.

자동말소 등으로 등록이 말소된 임대주택은 말소 후 5⁠년 안에 거주주택을 양도할 때만 임대기간 요건을 갖춘 장기임대주택으로 봐 줍니다.

…다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2⁠호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5⁠년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 보아 제20⁠항을 적용한다.

소득세법 시행령 제155⁠조 제23⁠항 (본문 중 기한 부분)

임대주택이 2⁠채 이상이면 기산일은 최초로 말소된 임대주택의 말소일⁠입니다. 그 주택을 먼저 양도해 거주주택 양도일에 더는 갖고 있지 않아도 기산일은 바뀌지 않습니다⁠. 기획재정부는 최초로 말소되는 장기임대주택의 "보유 여부를 불문"한다고 해석했습니다(재산세제과-1308, 2022.10.18.). 자동말소된 임대주택 1⁠채를 먼저 양도하고 다른 임대주택을 거주주택으로 바꿔 양도한 사안에서도 국세청은 이 해석을 그대로 적용했습니다(서면-2025-부동산-3715, 2026.4.30.).

같은 해석은 임대주택이 처음 말소된 뒤에 취득한 주택은 거주주택 특례를 받을 수 없다⁠고도 밝혔습니다. 거주주택을 언제 취득했는지도 함께 확인해야 합니다.

남은 임대주택이 이번 말소 대상이 아닌 유형(폐지되지 않은 유형의 장기임대주택)⁠뿐이라면 판단이 다릅니다. 폐지된 유형의 임대주택이 말소된 뒤 양도되고 거주주택과 폐지되지 않은 유형의 장기임대주택만 남은 상태에서 거주주택을 양도하면 제23⁠항을 적용하지 않는다는 해석이 있습니다(재산세제과-1420, 2024.12.11.). 이때는 5⁠년 기한을 적용하지 않습니다⁠.

임대주택을 모두 양도한 뒤에는 1⁠세대 1⁠주택으로 판단합니다

임대주택을 다 양도하고 거주주택만 남으면 세대에는 주택이 1⁠채뿐입니다. 이때는 거주주택 특례가 아니라 1⁠세대 1⁠주택 비과세 본칙(같은 영 제154⁠조 제1⁠항)⁠이 적용되므로 최초 말소일부터 5⁠년이라는 기한을 따지지 않습니다.

보유기간도 거주주택을 취득한 날부터 계산합니다. 예전에는 다른 주택을 모두 처분하고 남은 1⁠주택의 보유기간을 마지막 주택이 된 날부터 다시 기산하는 규정이 있었지만 2022⁠년 개정으로 없어졌습니다. 개정 규정은 2022⁠년 5⁠월 10⁠일 이후 양도하는 주택부터 적용합니다(대통령령 제32654⁠호 부칙 제2⁠조).

사례로 보는 순서별 결과

가공 사례입니다. 2015⁠년에 취득해 계속 살고 있는 거주주택 C와, 자동말소된 임대주택 A·B를 가진 세대를 가정합니다.

  • A 말소: 2023⁠년 4⁠월 10⁠일(최초 말소)
  • B 말소: 2024⁠년 8⁠월 20⁠일
  • 거주주택 비과세 기한: A의 말소일인 2023⁠년 4⁠월 10⁠일부터 5⁠년

순서 1: A를 먼저 양도하고, B가 남은 상태에서 C를 2027⁠년에 양도

  • B가 남아 있으므로 거주주택 특례를 적용합니다.
  • 기한은 이미 양도한 A의 말소일부터 5⁠년이라 2028⁠년 4⁠월 전에 양도하는 C는 기한 안⁠입니다.

순서 2: A를 먼저 양도하고, B가 남은 상태에서 C를 2028⁠년 6⁠월에 양도

  • B의 말소일부터 기산하면 아직 5⁠년이 지나지 않았지만 기산일은 최초 말소일인 A의 말소일입니다.
  • 5⁠년이 지났으므로 거주주택 특례를 적용받지 못합니다⁠.

순서 3: A와 B를 모두 양도한 뒤 C를 2028⁠년 6⁠월에 양도

  • 세대에 남은 주택은 C 하나라 1⁠세대 1⁠주택 비과세 대상입니다.
  • 최초 말소일부터 5⁠년 기한과 관계가 없습니다. 보유기간은 C를 취득한 2015⁠년부터 계산합니다.

같은 2028⁠년 6⁠월 양도라도 B를 남겨 두었는지에 따라 결과가 달라집니다. 임대주택을 정리하는 계획을 세울 때는 마지막 임대주택을 언제 양도할지와 거주주택을 언제 양도할지를 함께 정해야 합니다.

정리하는 임대주택의 세금은 따로 판단합니다

임대주택을 양도할 때는 거주주택 특례의 대상이 아니므로 과세 여부와 세율을 따로 판단합니다. 다주택 중과를 피할 수 있는지는 임대주택 유형과 양도 시기에 따라 기한이 다르고 이 기한은 거주주택의 5⁠년과 별개입니다. 자세한 기한은 자동말소 후 거주주택 5⁠년 기한과 임대주택의 양도기한⁠에 정리했습니다.

임대주택 2⁠채를 같은 해에 양도하면 양도소득 과세표준을 합산합니다. 비과세로 양도한 거주주택이 합산되는지와 기본공제 적용 순서는 양도소득세 합산과세, 같은 연도에 주택 두 채를 양도하면 과세표준을 합칩니다⁠를 참고하시면 됩니다. 거주주택 특례를 받으면 임대주택 쪽 비과세에 미치는 영향은 거주주택 비과세, 적용받으면 불리한 경우도 있습니다⁠에서 다뤘습니다.

신고 전 확인할 것

  1. 양도시기⁠: 계약일이 아니라 잔금일(잔금 전 등기하면 등기접수일)⁠로 순서와 과세연도를 정합니다.
  2. 최초 말소일⁠: 임대주택마다 말소일과 말소 사유(자동말소, 임대의무기간 내 자진말소)⁠를 확인하고 가장 이른 말소일을 찾습니다. 그 주택을 이미 양도했어도 기산일은 그날입니다.
  3. 남은 임대주택의 유형⁠: 말소된 주택인지, 폐지되지 않은 유형의 장기임대주택인지에 따라 5⁠년 기한 적용 여부가 다릅니다.
  4. 거주주택 취득일⁠: 최초 말소일 뒤에 취득한 주택이면 거주주택 특례를 받을 수 없습니다.
  5. 임대주택을 모두 양도했는지⁠: 다 양도했다면 1⁠세대 1⁠주택 본칙으로 판단하고 보유기간은 거주주택 취득일부터 계산합니다.
  6. 승계한 임대주택⁠: 다른 임대사업자에게서 임대사업자 지위를 승계하며 산 주택이라면 등록 신청 시기와 말소일을 따로 확인합니다.

자주 묻는 질문

Q. 최초로 말소된 임대주택을 먼저 양도했습니다. 이제 5⁠년은 두 번째 임대주택의 말소일부터 기산하나요?

아닙니다. 임대주택이 2⁠채 이상이면 최초로 말소된 임대주택의 말소일부터 기산하며 그 주택을 거주주택 양도일에 보유하고 있는지는 묻지 않습니다(기획재정부 재산세제과-1308, 2022.10.18.).

Q. 임대주택을 다 양도하고 거주주택만 남았는데 최초 말소일부터 5⁠년이 지났습니다. 비과세가 안 되나요?

임대주택을 모두 양도했다면 거주주택 특례가 아니라 1⁠세대 1⁠주택 비과세(소득세법 시행령 제154⁠조 제1⁠항)⁠로 판단합니다. 최초 말소일부터 5⁠년 기한은 거주주택 특례에만 적용되는 요건이라 이 경우에는 적용하지 않습니다.

Q. 임대주택 매도 계약은 올해 했고 잔금은 내년에 받습니다. 거주주택을 올해 양도하면 어느 쪽이 먼저인가요?

순서는 잔금일로 정합니다. 거주주택 잔금을 올해 받으면 거주주택을 먼저 양도한 것이 되고 그때 임대주택은 아직 세대가 보유한 주택입니다(소득세법 제98⁠조).

Q. 남은 임대주택은 말소되지 않는 유형으로 등록돼 있습니다. 그래도 5⁠년 안에 거주주택을 양도해야 하나요?

말소된 임대주택을 먼저 양도하고 거주주택과 폐지되지 않은 유형의 장기임대주택만 남은 상태라면 제155⁠조 제23⁠항을 적용하지 않는다는 해석이 있습니다(기획재정부 재산세제과-1420, 2024.12.11.). 남은 주택의 등록 유형과 말소 여부를 등록증으로 먼저 확인합니다.

본 칼럼은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 작성일(2026-10-18) 기준 법령에 따른 것이며, 구체적인 판단은 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.
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