3주택 중 1채 과세 양도 뒤 일시적 2주택 비과세, 대법원 2024두55426 수정신고 안내 대응
주택 3채 중 1채를 먼저 과세로 양도하고 남은 2채 중 종전 주택을 일시적 2주택 비과세로 신고했는데, 세무서가 대법원 2024두55426을 들어 수정신고를 안내하는 사례가 있습니다. 판결의 결론은 분명하지만, 판결 사안은 보유기간 재기산 규정이 적용되던 시기의 양도였고 국세청 해석은 그 뒤에도 바뀌지 않았습니다. 2026년 10월 현행 소득세법 시행령·국세기본법과 10월 28일까지 확인한 판례·해석 기준입니다.
세무서 안내의 근거
구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호는 국내에 1주택을 소유한 1세대가 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우를 전제로 한 규정으로 보아야 한다. 따라서 국내에 2주택을 소유한 1세대가 신규 주택을 취득함으로써 3주택이 되었다가 종전의 주택 중 1주택을 처분하여 2주택이 된 경우는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호에 따른 양도소득세 비과세 대상에 해당하지 않는다.
국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 신규 주택을 취득한 날부터 다음 각 호의 구분에 따른 기간 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다.
판결은 "1주택을 소유한 1세대"라는 문언을 엄격하게 읽었습니다. 현행 본문도 문언이 같아, 세무서는 지금 양도한 주택에도 판결이 미친다고 봅니다.
판결이 나온 사건들의 양도 시기
| 판결 | 비과세 주장 주택 양도일 |
|---|---|
| 대법원 2024두55426 | 2021.11.26. |
| 부산고법(울산) 2024누10849(2025.8.20.) | 2022.4.1. |
| 수원지법 2025구단10400(2025.10.28.) | 2022.1.3. |
세 사건 모두 결론은 과세였고, 양도일은 모두 구 소득세법 시행령 제154조 제5항이 적용되던 기간(2021.1.1.~2022.5.9.)에 걸립니다. 이 규정은 다주택 세대가 1주택만 남기고 처분하면 처분일부터 보유기간을 새로 기산하게 하면서 일시적 2주택은 예외로 둡니다. 3주택 세대가 남은 2채를 일시적 2주택이라고 주장한 사건들은 재기산 여부와 함께 다퉈졌습니다.
부산고법 판결은 재기산 규정이 다주택자의 비과세 요건을 강화하려고 신설된 점과, 3주택에서 1채를 처분한 2주택까지 특례를 주면 2주택자가 저가 주택을 추가로 사서 특례를 받을 수 있다는 점을 판단 이유로 듭니다. 2022년 5월 10일 이후 양도분은 해당 주택 취득일부터 보유기간을 기산하므로(서면-2022-법규재산-1611, 2022.6.21.) 재기산을 피하려는 우회 자체가 생기지 않습니다.
이 날 이후 양도분에 같은 판결을 적용해 비과세를 부인한 판결이나 조세심판원 결정은 이번 조사에서 찾지 못했습니다. 다만 대법원은 재기산 규정이 아니라 조문 문언을 판단 이유로 들었으므로, 양도 시기가 다르다는 점만으로 결론이 달라진다고 볼 수는 없습니다.
판결 뒤에도 남아 있는 국세청 해석
- 서면-2016-부동산-5402(2016.11.9.): 2주택(A·B) 세대가 C를 취득해 3주택이 되고 B를 먼저 양도한 뒤 C 취득 후 3년 안에 A를 양도하려는 질의에, "1세대가 3주택을 소유한 상태에서 먼저 1주택을 양도한 후에 양도하는 두 번째 주택"이 일시적 2주택 요건을 충족하면 1세대 1주택으로 본다고 회신했습니다. 신규 주택(C)을 취득할 때 이미 2주택이었다는 점이 대법원 사안과 같습니다.
- 기획재정부 재산세제과-953(2021.11.2.): A·B 보유 중 C를 취득해 3주택이 되고 A를 과세 양도한 뒤 B를 양도하는 사례를 "일시적 2주택에 해당하는 경우"로 전제하고 보유기간 기산일을 답했습니다.
- 서면-2023-부동산-2276(2023.8.10.): 2주택(A·C) 세대가 D를 취득한 뒤 A를 증여하고 남은 C·D가 일시적 2주택이면 C를 비과세한다고 회신했습니다.
- 사전-2025-법규재산-0638(2025.10.14.): 판결 이후에도 "일시적 2주택 비과세 특례 여부는 양도 시점을 기준으로 판정"한다고 답했습니다. 3주택을 거친 사안은 아닙니다.
- 국세청 적용 사례: 국세청은 3주택 세대가 1채를 먼저 과세로 양도하고 남은 종전 주택을 신규 주택 취득일부터 처분기한 안에 양도하면 비과세라는 적용 사례를 2026년 안내 자료에도 그대로 싣고 있습니다.
국세청은 2002년 회신(서일46014-11752)부터 같은 취지로 회신해 왔습니다. 이 해석을 따라 신고한 납세자는 소급과세 금지 조항을 들어 다툴 수 있습니다.
세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
기획재정부는 재개발·재건축 대체주택 특례(소득세법 시행령 제156조의2 제5항)에서 1주택 여부를 대체주택 취득일 기준으로 판단하도록 정하면서 "회신일 이후 결정·경정하는 분부터" 적용한다고 밝혔습니다(기획재정부 재산세제과-1270, 2023.10.23.). 일시적 2주택 특례와는 다른 조항이지만, 판단 기준을 정하면서 적용 시기를 회신일 이후로 둔 예입니다.
법원은 신뢰보호를 좁게 인정하고, 부산고법도 재기산 시기 사안에서 이 주장을 배척했습니다. 비과세가 끝내 받아들여지지 않더라도 국세청 해석에 따라 신고한 사정은 가산세를 부과하지 않는 정당한 사유(국세기본법 제48조 제1항 제2호)에 해당할 여지가 있습니다.
다퉈 볼 만한 사안의 기준
| 확인 항목 | 다툴 여지가 큰 경우 | 다투기 어려운 경우 |
|---|---|---|
| 비과세 신고 주택 양도일 | 2022.5.10. 이후 | 2021.1.1.~2022.5.9. |
| 신규 주택 취득일 주택 수 | 1주택(세 번째 주택은 그 뒤) | 이미 2주택 |
| 일시적 2주택 일반 요건 | 모두 충족 | 하나라도 미충족 |
양도일이 재기산 시기 뒤이고 1년 요건·처분기한·종전 주택 보유(거주) 요건을 모두 갖췄다면, 국세청 해석과 적용 사례를 그대로 근거로 삼을 수 있는 사안입니다.
신규 주택을 1주택 상태에서 취득하고 세 번째 주택이 그 뒤에 생겼다면 대법원 사안과 사실관계가 다릅니다. 부산고법 사건도 이 구조였지만 재기산 시기 양도라 과세됐습니다. 양도일이 재기산 시기에 들어 있으면 판결과 같은 시기여서, 이때는 가산세 감면 쪽을 먼저 검토합니다.
신규 주택 취득일에 이미 2주택이었다면 대법원 사안과 사실관계가 같아 다투기 어렵습니다. 그래도 국세청은 이 구조의 두 번째 주택을 비과세한다고 회신했으므로(서면-2016-부동산-5402), 신고 당시 이 해석을 따랐는지 함께 확인합니다.
수정신고 안내나 과세예고통지를 받았을 때
수정신고서를 내면 그 세액은 납세자가 스스로 확정한 것이 됩니다. 비과세를 주장할 수 있는데도 수정신고서를 먼저 내면, 다툴 때 그 신고부터 경정청구로 되돌려야 합니다. 안내를 받고 낸 수정신고는 "경정할 것을 미리 알고" 제출한 것으로 보아 과소신고가산세 감면도 받지 못할 수 있습니다(국세기본법 제48조 제2항 제1호).
과세예고통지서가 왔다면 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구해야 고지 전에 다툴 수 있습니다(국세기본법 제81조의15 제2항). 검토에는 안내문이나 통지서, 비과세로 낸 신고서, 세 주택의 매매계약서와 등기사항증명서, 세대 구성 자료가 필요합니다.
관련 글: 신규 주택을 계약할 때는 3주택이었는데 잔금 전에 1채를 양도했다면, 일시적 2주택 비과세가 되나요?
근거 법령·판례
- 소득세법 시행령 제155조 제1항, 구 소득세법 시행령 제154조 제5항(2021.1.1.~2022.5.9. 양도분)
- 국세기본법 제18조 제3항, 제48조 제1항 제2호·제2항 제1호, 제81조의15 제2항
- 대법원 2024두55426(2025.2.13.), 대법원 2024두65645(2025.3.13., 심리불속행)
- 부산고법(울산) 2024누10849(2025.8.20.), 수원지법 2025구단10400(2025.10.28.)
- 서면-2016-부동산-5402(2016.11.9.), 서일46014-11752(2002.12.), 기획재정부 재산세제과-953(2021.11.2.), 서면-2023-부동산-2276(2023.8.10.), 서면-2022-법규재산-1611(2022.6.21.), 사전-2025-법규재산-0638(2025.10.14.)
- 기획재정부 재산세제과-1270(2023.10.23.)