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양도소득세최종 검토 2026-09-27

양도세 계산기가 80%를 찍어도 실제로는 30%일 수 있습니다

15⁠년 보유한 1⁠주택을 계산기에 넣으면 장기보유특별공제 80%⁠가 찍힙니다. 그런데 실제 신고에서는 30%⁠만 적용되는 경우가 있습니다. 계산기가 고장 난 것은 아닙니다. 공제율을 결정하는 요건이 입력칸에 없을 뿐입니다. 자동 산출값과 실제 신고액이 달라지는 자리는 다섯 군데입니다.

80%⁠의 문을 여는 것은 보유기간이 아니라 거주 2⁠년입니다

장기보유특별공제에는 표가 두 개 있습니다. 표1⁠은 보유기간만 보아 3⁠년 6%⁠에서 시작해 15⁠년 이상이라야 최대 30%⁠이고, 표2⁠는 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 각각 계산해 합산하므로 보유 10⁠년⁠·⁠거주 10⁠년이면 40%⁠씩 합해 최대 80%⁠가 됩니다. 표별 공제율과 계산 방법은 장기보유특별공제 완전정리, 표1⁠과 표2 계산과 2026⁠년 개편안⁠에 정리해 두었습니다.

표2⁠에는 아무나 들어가지 못합니다. 소득세법 제95⁠조 제2⁠항 단서가 "대통령령으로 정하는 1⁠세대 1⁠주택"만 표2⁠를 쓰도록 하고, 그 정의를 시행령에 맡겼습니다.

법 제95⁠조제2⁠항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5⁠항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1⁠세대 1⁠주택"이란 각각 1⁠세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다) 현재 국내에 1⁠주택(제155⁠조ㆍ제155⁠조의2ㆍ제156⁠조의2ㆍ제156⁠조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1⁠세대 1⁠주택으로 보는 주택을 포함한다)⁠을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2⁠년 이상인 것을 말한다.

소득세법 시행령 제159⁠조의4 (장기보유특별공제)

보유기간 중 거주기간이 2⁠년 이상⁠이 표2⁠의 진입 게이트입니다. 15⁠년을 보유했어도 거주가 2⁠년에 못 미치면 표2⁠를 못 쓰고 표1⁠로 내려가 30%⁠에서 끝납니다. 계산기 입력칸에 거주기간이 없거나 비워 두면 이 차이가 산출값에 반영되지 않습니다.

12⁠억원 초과 고가주택 1⁠채를 10⁠년 보유하고 거주는 1⁠년만 한 경우를 놓고 보면 차이가 선명합니다. 표2 거주공제는 거주 2⁠년 8%⁠부터 시작하므로 거주 1⁠년은 거주분이 0⁠이고, 표2⁠에 들어갔더라도 보유분 40%⁠입니다. 거주가 2⁠년에 미달해 표2 자체를 쓰지 못하므로 실제로는 표1⁠의 20%⁠입니다.

상생임대는 거주요건만 면제하고 공제율은 그대로입니다

상생임대주택 요건을 채우면 거주기간 제한을 받지 않습니다. 시행령 제155⁠조의3 제1⁠항이 제159⁠조의4⁠를 적용할 때 거주기간의 제한을 배제합니다.

그래서 "상생임대면 80%"로 넘어가는 분이 많은데, 국세청이 공식 안내서에서 이 질문을 직접 받아 답했습니다.

"상생임대주택"으로 장특공제 거주요건 2⁠년이 면제된다고 하는데, 그렇다면 전혀 거주하지 않고 10⁠년 이상 보유만 한 경우 장특공제율은 48%⁠가 적용되는 것인가요?

답은 "아닙니다"입니다. 거주요건 2⁠년이 면제될 뿐 공제율까지 인정되지 않으므로, 전혀 거주하지 않고 10⁠년 이상 보유만 했다면 40%⁠가 적용됩니다.

면제되는 것과 계산되는 것이 다릅니다. 시행령 제159⁠조의4⁠는 표2⁠에 들어갈 자격⁠만 정하고, 표2 안의 거주기간별 공제율은 소득세법 제95⁠조 제2⁠항 표2⁠가 실제 거주한 기간⁠으로 계산합니다. 상생임대는 앞의 문턱만 없애고 뒤의 계산식은 그대로 둡니다.

상생임대에는 계산기가 물어보지 않는 요건이 더 있습니다.

요건내용
직전임대차계약임대한 기간이 1⁠년 6⁠개월 이상
상생임대차계약증가율 5% 이하, 임대한 기간이 2⁠년 이상
체결⁠·⁠임대개시 시기2021⁠년 12⁠월 20⁠일부터 2026⁠년 12⁠월 31⁠일까지
계약금 증빙계약금을 지급받은 사실이 증빙서류로 확인될 것
승계 계약취득으로 임대인 지위가 승계된 계약은 직전임대차계약에서 제외
신고신고기한까지 특례적용신고서와 두 임대차계약서 제출

마지막 줄도 챙겨야 합니다. 시행령 제155⁠조의3 제5⁠항이 신고기한까지 특례적용신고서와 두 임대차계약서를 제출하도록 정했지만, 제출하지 못했어도 두 계약을 체결하고 요건을 충족한 사실이 확인되면 특례를 적용받습니다⁠(기준-2025-법규재산-0020, 2025.6.4.). 제출은 협력의무이지만, 확인 절차가 길어지니 신고 때 함께 내시는 편이 낫습니다.

2026⁠년 세제개편안에는 양도기한 요건이 하나 더 들어 있습니다. 2026⁠년 10⁠월 1⁠일 이후 양도분부터 적용될 예정이므로 2026 세제개편안 상생임대 양도기한과 유의점⁠을 함께 확인하시기 바랍니다.

공동상속주택은 내 거주기간으로 판단하지 않습니다

상속으로 여러 명이 한 주택을 나눠 가진 경우입니다. 본인이 그 집에 살지 않았으면 표1⁠로 계산하게 되는데, 시행령 제159⁠조의4 후단은 다르게 정합니다.

해당 1⁠주택이 제155⁠조제3⁠항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

형제 중 한 사람이 그 집에 2⁠년 이상 살았다면, 나머지 공동상속인은 한 번도 살지 않았어도 표2⁠로 판단⁠합니다. 계산기에 본인 거주기간 0⁠년을 넣으면 나올 수 없는 결과이고, 형제의 주민등록⁠을 확인해야 알 수 있는 값입니다.

판정 시점이 잔금일이 아닌 경우가 있습니다

보통은 양도일 현재 상태로 1⁠세대 1⁠주택 여부를 보고, 예외는 조문 괄호 안에 있습니다. 주택 매매계약을 체결한 뒤 그 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경해서 양도⁠하면 판정 시점이 매매계약일⁠로 당겨집니다. 상가로 바꿔 넘기기로 계약하고 잔금 전에 용도변경을 마치면 잔금일 기준으로는 표2⁠가 막히지만, 계약일 현재 1⁠세대 1⁠주택이었다면 표2⁠로 판단합니다.

반대로 주택이 아닌 건물을 주거용으로 쓰거나 공부상 용도를 주택으로 바꾼 경우에는 계산식이 따로 있습니다.

보유기간별 공제율: 다음 계산식에 따라 계산한 공제율. 다만, 다음 계산식에 따라 계산한 공제율이 100⁠분의 40⁠보다 큰 경우에는 100⁠분의 40⁠으로 한다. 주택이 아닌 건물로 보유한 기간에 해당하는 제2⁠항 표 1⁠에 따른 보유기간별 공제율 + 주택으로 보유한 기간에 해당하는 제2⁠항 표 2⁠에 따른 보유기간별 공제율

소득세법 제95⁠조 (양도소득금액과 장기보유 특별공제액) 제5⁠항 제1⁠호

비주택 기간은 표1 공제율, 주택 기간은 표2 공제율로 각각 계산해 더하고 40%⁠에서 자릅니다⁠. 40% 한도는 보유기간분에만 걸리고, 주택으로 보유한 기간 중 거주한 기간의 거주기간별 공제율은 같은 항 제2⁠호로 따로 계산해 더합니다. 주택으로 보유한 기간은 사실상 주거용으로 사용한 날부터, 그 날이 분명하지 않으면 공부상 용도를 주택으로 바꾼 날부터 기산합니다. 계산기 입력칸은 현재 용도 하나만 받습니다.

한 가지 더 있습니다. 배우자나 직계존비속에게 증여받은 자산을 이월과세로 계산할 때, 보유기간은 내가 증여받은 날이 아니라 증여한 사람이 취득한 날⁠부터 기산합니다(제95⁠조 제4⁠항 단서). 당겨지는 것은 보유기간뿐이어서 거주기간별 공제율은 증여받은 날 이후 실제 거주한 기간으로 계산합니다.

2026⁠년 개편안은 공제 축을 거주로 옮깁니다

계산기는 현행 규정만 반영합니다. 2026⁠년 세제개편안에는 장기보유특별공제를 주택과 주택 외로 나누고, 주택분의 이름을 장기거주소득공제⁠로 바꾸는 내용이 담겼습니다. 보유공제를 거주공제로 옮기는 설계이고, 종부세⁠·⁠다주택 중과까지 묶은 전체 그림은 2026 세제개편안 부동산세 총정리, 보유공제가 거주공제로 바뀝니다⁠에 정리해 두었습니다.

시기1⁠세대 1⁠주택자 공제
2027⁠년거주 연 4% + 보유 연 4%, 10⁠년 최대 80% (현행과 같음)
2028⁠년거주 연 6% + 보유 연 2%, 10⁠년 최대 80%
2029⁠년 이후거주 연 8%, 10⁠년 최대 80%

조정대상지역 주택을 양도하는 다주택자는 지금도 장특공제가 배제되어 거주공제도 적용되지 않습니다. 공제 한도도 2028⁠년 20⁠억원, 2029⁠년 이후 10⁠억원으로 새로 생깁니다.

아직 정부안입니다. 국회 심의에서 내용이 달라지지만 방향이 거주 쪽으로 서 있으니, 2028⁠년 이후 양도를 염두에 둔 분이라면 거주기간을 지금부터 관리할 이유가 생겼습니다.

정리하면

지점계산기 산출실제
거주 2⁠년 미달보유 15⁠년 80%표1 30%, 10⁠년이면 20%
상생임대⁠·⁠거주 0⁠년80%보유분 40%⁠만
공동상속주택본인 거주 0⁠년으로 표1다른 상속인 거주기간으로 표2
계약 후 용도변경잔금일 기준매매계약일 기준
증여받은 자산 이월과세증여일부터 보유기간증여자 취득일부터

계산기는 입력한 값만 계산하고, 거주기간⁠·⁠상생임대차계약서⁠·⁠형제의 주민등록⁠·⁠용도변경 시점은 입력칸 밖에 있습니다. 숫자가 크게 나왔다면 그 숫자를 만든 요건이 실제로 충족되는지부터 확인하시기 바랍니다.

상속세와 증여세 계산기에도 같은 어긋남이 있는 자리를 상속세 계산기의 배우자공제 30⁠억은 상한일 뿐입니다⁠와 아버지와 어머니는 증여세에서 한 사람으로 봅니다⁠에 각각 정리했습니다.

재개발⁠·⁠재건축으로 새로 지은 주택은 보유기간의 기산점이 하나가 아닙니다. 추가분담금을 낸 신축주택은 종전주택분과 분담금분으로 나뉘어 각각 종전주택 취득일과 관리처분인가일부터 기산하므로, 두 구간의 계산은 재건축 청산금은 받을 때 양도세, 추가분담금은 낼 때 세금이 없습니다⁠에 따로 정리해 두었습니다.

자주 묻는 질문

Q. 10⁠년 보유했는데 거주를 1⁠년만 했습니다. 장특공제는 몇 퍼센트인가요?

A. 시행령 제159⁠조의4⁠가 보유기간 중 거주기간 2⁠년 이상을 요구하므로 1⁠년은 미달이고 표2⁠를 쓰지 못합니다. 표1⁠이 적용되어 10⁠년 이상 11⁠년 미만 구간의 20%⁠를 공제받습니다. 거주를 1⁠년 더 채우고 양도하면 표2⁠로 올라가 보유 40%⁠에 거주 8%⁠를 더해 48%⁠가 됩니다.

Q. 상생임대주택 요건을 채웠으면 거주를 안 해도 80%⁠를 받나요?

A. 받지 못합니다. 면제되는 것은 표2⁠에 들어갈 자격의 거주요건이고, 표2 안의 거주기간별 공제율은 실제 거주한 기간으로 계산합니다. 한 번도 거주하지 않았다면 보유기간분 40%⁠만 적용됩니다.

Q. 형제와 함께 상속받은 집인데 저는 거기 산 적이 없습니다.

A. 공동상속주택이라면 본인 거주기간으로 판단하지 않습니다. 그 주택에 거주한 공동상속인 중 거주기간이 가장 긴 사람의 기간으로 봅니다. 형제 중 한 명이 2⁠년 이상 거주했다면 본인도 표2⁠로 판단합니다.

Q. 상생임대 요건을 다 채웠는데 따로 낼 서류가 있나요?

A. 양도세 과세표준 신고기한까지 특례적용신고서에 직전임대차계약서와 상생임대차계약서를 첨부해 내야 합니다. 신고기한을 놓쳤더라도 두 계약의 요건을 충족한 사실이 확인되면 특례를 적용받지만, 확인 절차가 길어지니 신고 때 함께 내시기 바랍니다.

Q. 2028⁠년에 팔 계획인데 지금 기준으로 계산하면 되나요?

A. 2026⁠년 세제개편안이 확정되면 달라집니다. 2028⁠년 양도분부터 공제의 축이 거주로 옮겨 가고 공제 한도도 새로 생기므로, 위 표의 연도별 공제율로 다시 계산해야 합니다. 아직 정부안이라 국회에서 바뀔 수 있으니 양도 시점이 다가오면 다시 확인하시기 바랍니다.

본 칼럼은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 작성일(2026-09-27) 기준 법령에 따른 것이며, 구체적인 판단은 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.
세무사 장민 · 와이제이 택스 라운지
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