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양도소득세최종 검토 2026-11-01

양도세 계산기의 장기보유특별공제 80%, 거주 2년 요건을 갖추지 못하면 최대 30%입니다

장기보유특별공제는 최대 80%⁠입니다. 그런데 15⁠년을 보유하고도 30%⁠에 그치는 경우가 있습니다. 최대 80%⁠인 표2⁠에는 보유기간 중 거주 2⁠년 요건이 붙기 때문입니다. 거주기간을 넣지 않으면 계산기는 이 차이를 보여 주지 않습니다. 거주요건을 포함해 자동 산출값과 실제 공제가 달라지는 지점은 다섯 군데입니다.

최대 80%⁠인 표2⁠의 진입 요건은 보유기간 중 거주 2⁠년입니다

장기보유특별공제에는 표가 두 개 있습니다. 표1⁠은 보유기간만 보아 3⁠년 6%⁠에서 시작해 15⁠년 이상이라야 최대 30%⁠이고, 표2⁠는 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 각각 계산해 합산하므로 보유 10⁠년⁠·⁠거주 10⁠년이면 40%⁠씩 합산해 최대 80%⁠가 됩니다. 표별 공제율과 계산 방법은 장기보유특별공제 완전정리, 표1⁠과 표2 계산과 2026⁠년 개편안⁠에 정리해 두었습니다.

표2⁠는 요건을 갖춘 1⁠세대 1⁠주택에만 적용됩니다. 소득세법 제95⁠조 제2⁠항 단서가 "대통령령으로 정하는 1⁠세대 1⁠주택"만 표2⁠를 적용하도록 하고, 그 정의를 시행령에 위임했습니다.

법 제95⁠조제2⁠항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5⁠항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1⁠세대 1⁠주택"이란 각각 1⁠세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다) 현재 국내에 1⁠주택(제155⁠조ㆍ제155⁠조의2ㆍ제156⁠조의2ㆍ제156⁠조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1⁠세대 1⁠주택으로 보는 주택을 포함한다)⁠을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2⁠년 이상인 것을 말한다.

소득세법 시행령 제159⁠조의4 (장기보유특별공제)

보유기간 중 거주기간이 2⁠년 이상⁠이 표2⁠의 진입 요건입니다. 15⁠년을 보유했어도 거주기간이 2⁠년에 미달하면 표2⁠를 적용하지 못하고 표1⁠이 적용되어 30%⁠에 그칩니다. 계산기에 거주기간을 넣지 않으면 이 차이가 산출값에 반영되지 않습니다.

12⁠억원 초과 고가주택 1⁠채를 10⁠년 보유하고 거주는 1⁠년만 했다면 표1⁠의 10⁠년 이상 11⁠년 미만 구간인 20%⁠가 적용됩니다. 거주기간이 2⁠년에 미달해 표2⁠를 적용하지 못하기 때문입니다.

상생임대는 거주요건만 면제하고 공제율은 실제 거주기간대로 계산합니다

상생임대주택 요건을 갖추면 표2⁠를 판단할 때도 거주기간 제한을 받지 않습니다(시행령 제155⁠조의3 제1⁠항).

그래서 "상생임대면 80%"로 읽기 쉽습니다. 국세청도 공식 안내서에서 이 질문을 직접 받아 답했습니다.

"상생임대주택"으로 장특공제 거주요건 2⁠년이 면제된다고 하는데, 그렇다면 전혀 거주하지 않고 10⁠년 이상 보유만 한 경우 장특공제율은 48%⁠가 적용되는 것인가요?

국세청은 그렇지 않다고 답합니다. 거주요건 2⁠년이 면제될 뿐 거주기간 공제율까지 인정되지 않으므로, 전혀 거주하지 않고 10⁠년 이상 보유만 했다면 40%⁠가 적용됩니다.

시행령 제159⁠조의4⁠는 표2 적용 자격⁠만 정하고, 표2 안의 거주기간별 공제율은 소득세법 제95⁠조 제2⁠항 표2⁠가 실제 거주한 기간⁠으로 계산합니다.

상생임대에는 계산기 입력칸에 없는 요건이 더 있습니다.

요건내용
직전임대차계약임대한 기간이 1⁠년 6⁠개월 이상
상생임대차계약직전임대차계약 대비 임대보증금⁠·⁠임대료 증가율 5% 이하, 임대한 기간이 2⁠년 이상
체결⁠·⁠임대개시 시기2021⁠년 12⁠월 20⁠일부터 2026⁠년 12⁠월 31⁠일까지
계약금 증빙계약금을 지급받은 사실이 증빙서류로 확인될 것
승계 계약취득으로 임대인 지위가 승계된 계약은 직전임대차계약에서 제외
신고신고기한까지 특례적용신고서와 두 임대차계약서 제출

마지막 줄도 확인해야 합니다. 시행령 제155⁠조의3 제5⁠항이 신고기한까지 특례적용신고서와 두 임대차계약서를 제출하도록 정했지만, 제출하지 못했어도 두 계약을 체결하고 요건을 충족한 사실이 확인되면 특례를 적용받습니다⁠(기준-2025-법규재산-0020, 2025.6.4.). 다만 제출하지 않으면 요건을 충족한 사실을 따로 확인받아야 하므로 신고 때 함께 제출하는 것이 좋습니다.

2026⁠년 10⁠월 1⁠일 시행되는 소득세법 시행령 개정으로 양도기한 요건이 하나 추가됐습니다. 상생임대차계약에 따라 임대한 기간이 끝난 날부터 1⁠년이 되는 날과 2029⁠년 12⁠월 31⁠일 중 빠른 날까지 양도해야 하고, 그 기간이 2026⁠년 12⁠월 31⁠일 이전에 끝나면 2027⁠년 12⁠월 31⁠일까지입니다. 자세한 내용은 2026 세제개편안 상생임대 양도기한과 유의점⁠에 정리했습니다.

공동상속주택은 내 거주기간으로 판단하지 않습니다

상속으로 여러 명이 공동 소유한 주택은 본인이 거주하지 않았어도 표1⁠로 단정할 수 없습니다. 시행령 제159⁠조의4 후단이 거주기간을 따로 정합니다.

이 경우 해당 1⁠주택이 제155⁠조제3⁠항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

형제 중 한 사람이 그 주택에 2⁠년 이상 거주했다면, 나머지 공동상속인은 한 번도 거주하지 않았어도 표2 적용 대상⁠이 됩니다. 계산기에 본인 거주기간 0⁠년을 넣으면 이 결과가 나오지 않으므로 형제의 주민등록⁠으로 거주기간을 확인합니다.

판정 시점과 보유기간 계산이 달라지는 경우

보통은 양도일 현재 상태로 1⁠세대 1⁠주택 여부를 보고, 예외는 시행령 제159⁠조의4 괄호에 있습니다. 주택 매매계약을 체결한 뒤 그 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경해서 양도⁠하면 판정 시점이 매매계약일⁠로 당겨집니다. 상가로 용도변경해 양도하기로 계약하고 잔금 전에 용도변경을 마치면 잔금일 기준으로는 표2⁠를 적용할 수 없지만, 계약일 현재 1⁠세대 1⁠주택이었다면 표2 적용 대상이 됩니다.

제159⁠조의4⁠의 이 괄호는 2025⁠년 2⁠월 28⁠일 시행령 개정으로 들어갔고, 그날 이후 매매계약을 체결한 경우부터 적용합니다(대통령령 제35349⁠호 부칙 제13⁠조). 2022⁠년 10⁠월 21⁠일부터 2025⁠년 2⁠월 27⁠일까지 계약한 경우는 양도일(잔금청산일) 현황으로 판정한다는 기획재정부 해석(재산세제과-1322)⁠에 따라 잔금일 기준이고, 2022⁠년 10⁠월 20⁠일 이전 계약은 종전 해석에 따라 매매계약일 기준입니다. 다주택 중과 조문에는 이 괄호가 없고, 비과세와 표2 판정 조문에만 있습니다. 계약일 구간별 판정기준일은 잔금 전 멸실⁠·⁠용도변경 특약, 양도물건 판정기준일은 매매계약일에 따라 다릅니다⁠에 정리했습니다.

반대로 주택이 아닌 건물을 주거용으로 사용하거나 공부상 용도를 주택으로 변경한 경우에는 계산식이 따로 있습니다.

보유기간별 공제율: 다음 계산식에 따라 계산한 공제율. 다만, 다음 계산식에 따라 계산한 공제율이 100⁠분의 40⁠보다 큰 경우에는 100⁠분의 40⁠으로 한다. 주택이 아닌 건물로 보유한 기간에 해당하는 제2⁠항 표 1⁠에 따른 보유기간별 공제율 + 주택으로 보유한 기간에 해당하는 제2⁠항 표 2⁠에 따른 보유기간별 공제율

소득세법 제95⁠조 (양도소득금액과 장기보유 특별공제액) 제5⁠항 제1⁠호

비주택 기간은 표1 공제율, 주택 기간은 표2 공제율로 각각 계산해 합산하고 40%⁠를 한도로 합니다⁠. 40% 한도는 보유기간 공제율에만 적용됩니다. 거주기간 공제율은 주택으로 보유한 기간 중 거주한 기간으로 따로 계산해 합산합니다(같은 항 제2⁠호). 주택으로 보유한 기간은 사실상 주거용으로 사용한 날부터, 그 날이 분명하지 않으면 공부상 용도를 주택으로 변경한 날부터 기산합니다.

한 가지 더 있습니다. 배우자나 직계존비속에게 증여받은 자산을 이월과세로 계산할 때, 보유기간은 내가 증여받은 날이 아니라 증여한 사람이 취득한 날⁠부터 기산합니다(제95⁠조 제4⁠항 단서). 기산일이 앞당겨지는 것은 보유기간뿐이어서 거주기간별 공제율은 증여받은 날 이후 실제 거주한 기간으로 계산합니다. 표2 적용 자격을 판단할 때는 증여자와 동일세대로서 거주한 기간을 통산하지만, 공제율을 계산할 때는 통산하지 않습니다.

2026⁠년 개편안은 공제 축을 거주로 옮깁니다

계산기는 현행 규정만 반영합니다. 2026⁠년 세제개편안에는 장기보유특별공제를 주택과 주택 외로 나누고, 주택분의 이름을 장기거주소득공제⁠로 바꾸는 내용이 포함됐습니다. 보유공제를 거주공제로 옮기는 설계이고, 종부세⁠·⁠다주택 중과까지 묶은 전체 그림은 2026 세제개편안 부동산세 총정리, 보유공제가 거주공제로 바뀝니다⁠에 정리해 두었습니다.

시기1⁠세대 1⁠주택자 공제
2027⁠년거주 연 4% + 보유 연 4%, 10⁠년 최대 80% (현행과 같음)
2028⁠년거주 연 6% + 보유 연 2%, 10⁠년 최대 80%
2029⁠년 이후거주 연 8%, 10⁠년 최대 80%

조정대상지역 주택이 다주택 중과 대상이면 지금도 장특공제가 배제되어 거주공제도 적용되지 않습니다. 개편안은 공제 한도도 2028⁠년 20⁠억원, 2029⁠년 이후 10⁠억원으로 새로 둡니다.

아직 정부안입니다. 국회 심의에서 내용이 달라질 수 있지만 개편 방향이 거주기간 중심이므로, 2028⁠년 이후 양도를 계획한 분이라면 거주기간을 지금부터 관리해야 합니다.

정리하면

지점계산기 산출실제
거주 2⁠년 미달보유 15⁠년 80%표1 30%, 10⁠년이면 20%
상생임대⁠·⁠거주 0⁠년80%보유기간 공제율 40%⁠만
공동상속주택본인 거주 0⁠년으로 표1다른 상속인 거주기간으로 표2
계약 후 용도변경잔금일 기준매매계약일 기준(2025.2.28. 이후 계약분)
증여받은 자산 이월과세증여일부터 보유기간증여자 취득일부터

계산기는 입력한 값만 계산하므로 상생임대차계약서, 형제의 주민등록, 용도변경 시점은 따로 확인해야 합니다. 저는 산출값을 보기 전에 거주기간부터 확인합니다. 공제율이 높게 산출됐다면 그 공제율의 근거 요건을 실제로 갖췄는지 보시기 바랍니다.

증여세 계산기에서 산출값과 실제 신고액이 달라지는 지점은 아버지와 어머니는 증여세에서 한 사람으로 봅니다⁠에 정리했습니다.

재개발⁠·⁠재건축으로 신축된 주택은 보유기간의 기산점이 하나가 아닙니다. 추가분담금을 납부한 신축주택은 종전주택분과 분담금분으로 나뉘어 각각 종전주택 취득일과 관리처분인가일부터 기산하므로, 두 구간의 계산은 재건축 청산금은 받을 때 양도세, 추가분담금은 낼 때 세금이 없습니다⁠에 따로 정리해 두었습니다.

자주 묻는 질문

Q. 10⁠년 보유했는데 거주를 1⁠년만 했습니다. 장특공제는 몇 퍼센트인가요?

A. 시행령 제159⁠조의4⁠가 보유기간 중 거주기간 2⁠년 이상을 요구하므로 1⁠년은 미달이고 표2⁠를 적용하지 못합니다. 표1⁠이 적용되어 10⁠년 이상 11⁠년 미만 구간의 20%⁠를 공제받습니다. 1⁠년 더 거주하고 양도하면 표2⁠가 적용되어 보유 40%⁠에 거주 8%⁠를 합산해 48%⁠가 됩니다.

본 칼럼은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 작성일(2026-09-27) 기준 법령에 따른 것이며, 구체적인 판단은 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.
세무사 장민 · 와이제이 택스 라운지
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