조특법 제99조의2 감면주택, 다른 주택 비과세 판정에서는 제외되고 마지막 1주택이면 비과세 후 감면합니다
2013년 4월 1일부터 12월 31일까지 신축·미분양주택이나 1세대 1주택자의 주택을 취득하고 시장·군수·구청장의 확인 날인을 받았다면 조세특례제한법 제99조의2 감면주택에 해당합니다. 이 집은 양도할 때 감면을 받고, 다른 주택을 양도할 때는 1세대 1주택 비과세 판정에서 소유주택으로 보지 않습니다. 감면주택만 남아 그 집을 양도하면 1세대 1주택 비과세 요건부터 판정하고, 12억원을 넘는 부분에만 감면을 적용합니다. 2026년 9월 18일 시행 조세특례제한법과 10월 1일 시행 소득세법 시행령 기준이고 최종확인일은 2026년 10월 15일입니다.
다른 아파트를 모두 양도하고 2013년에 산 감면주택만 남았습니다. 이 집을 양도하면 비과세인가요, 감면인가요?
1세대 1주택 비과세 요건(보유 2년, 취득 당시 조정대상지역이었다면 거주 2년)을 갖췄고 양도가액이 12억원 이하이면 전액 비과세입니다. 12억원을 넘으면 고가주택으로 과세되는 부분을 먼저 계산하고, 그 부분에 조세특례제한법 제99조의2 감면을 적용합니다(서면-2015-법령해석재산-2017, 2015.12.7.). 감면받은 세액의 20%는 농어촌특별세로 냅니다.
감면 내용과 확인 날인
① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
2013년에 취득한 집을 지금 양도하면 취득 후 5년이 지났으므로 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 공제합니다. 5년간 발생한 양도소득금액은 기준시가 비율로 계산합니다(조세특례제한법 시행령 제99조의2 제7항, 제40조 제1항).
5년간 발생한 양도소득금액 = 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 − 취득 당시 기준시가) ÷ (양도 당시 기준시가 − 취득 당시 기준시가)
감면은 감면 대상 주택임을 확인받아 제출한 경우에만 적용합니다(같은 법 제99조의2 제4항). 신축·미분양주택은 사업주체가 매매계약 즉시 시장·군수·구청장의 확인 날인을 받아 1부를 교부하고, 양도할 때 그 매매계약서 사본을 신고서와 함께 제출합니다(같은 법 시행령 제99조의2 제8항·제11항). 국세청은 계약 즉시 날인을 받지 않고 나중에 받은 경우 제99조의2를 적용할 수 없다고 회신했습니다(서면-2022-부동산-3387, 2022.8.10.). 날인이 없으면 감면을 받지 못하고 아래의 주택 수 제외도 인정되지 않으므로 날인 받은 매매계약서부터 찾아 둡니다.
다른 주택을 양도할 때는 소유주택으로 보지 않습니다
② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
일반주택 1채와 감면주택 1채를 가진 세대가 일반주택을 양도하면 일반주택만 가진 것으로 보고 1세대 1주택 비과세를 판정합니다. 이 제외는 소득세법 제89조 제1항 제3호(1세대 1주택 비과세)를 적용할 때만입니다.
다주택 중과를 판정할 때는 감면주택도 주택 수에 들어갑니다. 감면주택을 포함해 3주택을 가진 세대가 고가주택 기준(당시 9억원)을 넘는 일반주택을 양도한 사안이 있었습니다. 국세청은 비과세되지 않는 고가주택 부분에 1세대 3주택 중과세율을 매긴다고 보았습니다(서면-2018-부동산-3457, 2019.2.14.).
감면주택만 남았을 때는 비과세부터 판정합니다
다른 주택을 모두 양도하고 감면주택만 남으면 그 집은 일반적인 1세대 1주택입니다. 아래 순서로 판정합니다.
| 순서 | 판정 | 근거 |
|---|---|---|
| 1 | 1세대 1주택 비과세 요건: 보유 2년, 취득 당시 조정대상지역이었다면 거주 2년 | 소득세법 제89조 제1항 제3호 |
| 2 | 양도가액 12억원 이하 → 전액 비과세, 감면세액이 없으므로 농어촌특별세도 없음 | 같은 호 |
| 3 | 12억원 초과 → 고가주택 양도차익 계산으로 과세되는 부분을 먼저 계산 | 소득세법 제95조 제3항, 같은 법 시행령 제160조 |
| 4 | 과세되는 부분에 제99조의2 감면(5년간 소득금액 공제) 적용 | 서면-2015-법령해석재산-2017 |
| 5 | 감면받은 세액의 20%를 농어촌특별세로 납부 | 농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호 |
감면대상 주택이 1세대 1주택이면서 고가주택이면 고가주택 양도차익을 먼저 계산하고 그 과세분에 제99조의2 감면을 적용합니다(서면-2015-법령해석재산-2017, 2015.12.7.). 비과세와 감면 가운데 하나를 고르는 방식이 아닙니다. 12억원 초과분 계산은 12억원 초과 1주택, 양도세는 어떻게 계산하나요?에 정리했습니다.
비과세 요건을 갖추지 못한 상태로 양도하면 비과세 없이 양도소득금액 전체에 감면을 적용합니다. 보유·거주기간을 계산하는 방법은 1세대 1주택 비과세 요건 총정리에서 확인합니다.
감면주택을 먼저 양도해도 감면됩니다
제99조의2 감면에는 양도하는 사람이 가진 주택 수 요건이 없습니다. 다른 주택이 있는 상태에서 감면주택을 먼저 양도해도 5년간 소득금액 공제를 받고, 이 주택은 1세대 3주택 이상 중과 대상에서도 제외됩니다(소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제5호). 다만 비과세 대상이 아니므로 5년 이후 발생한 소득은 과세됩니다. 어느 집을 먼저 양도할지는 두 집의 양도차익과 감면주택의 5년간 소득 비율을 놓고 정합니다.
함께 확인할 칼럼
- 12억원 초과 1주택, 양도세는 어떻게 계산하나요?: 고가주택 과세분 계산
- 1세대 1주택 비과세 요건 총정리: 보유·거주기간 계산
- 일시적 2주택·합가·감면주택과 상생임대 특례를 함께 적용할 때: 감면주택과 상생임대 특례 중첩
- 양도세 계산기 (1세대 1주택): 비과세·고가주택 세액 확인
감면주택과 다른 주택의 양도 순서를 정하려면 날인 받은 매매계약서, 취득 당시·5년이 되는 날·양도 당시 기준시가를 함께 확인해야 합니다. 이 검토는 유료 상담으로 진행하며 신고 수수료는 수수료 안내에 공개해 두었습니다.
자주 묻는 질문
Q. 감면주택과 일반주택을 가진 상태에서 일반주택을 양도하면 비과세인가요?
A. 감면주택은 소유주택으로 보지 않으므로 일반주택이 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추면 비과세입니다(조세특례제한법 제99조의2 제2항). 일반주택이 12억원을 넘는 고가주택이면 12억원 초과분이 과세되고, 다주택 중과를 판정할 때는 감면주택도 주택 수에 넣습니다(서면-2018-부동산-3457).
Q. 확인 날인을 받은 매매계약서를 잃어버렸으면 어떻게 하나요?
A. 시장·군수·구청장과 사업주체는 날인 내용을 확인대장에 적어 관할 세무서에 제출하도록 되어 있습니다(조세특례제한법 시행령 제99조의2 제16항). 해당 구청과 사업주체에 날인 사실 확인을 먼저 요청합니다. 날인 자체를 받지 않았다면 감면과 주택 수 제외를 적용할 수 없습니다(서면-2022-부동산-3387).
근거 법령
- 조세특례제한법 제99조의2 제1항·제2항·제4항 / 같은 법 시행령 제40조 제1항, 제99조의2 제7항·제8항·제11항·제16항(2026년 9월 18일 시행본)
- 소득세법 제89조 제1항 제3호, 제95조 제3항 / 같은 법 시행령 제160조, 제167조의3 제1항 제5호(2026년 10월 1일 시행본)
- 농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호
- 서면-2015-법령해석재산-2017(2015.12.7.), 서면-2018-부동산-3457(2019.2.14.), 서면-2022-부동산-3387(2022.8.10.)