장기일반 임대주택 양도세 100% 감면, 세금 0원이 아니라 감면세액의 20%를 농어촌특별세로 납부합니다
장기일반 임대주택을 10년 이상 임대하면 양도소득세를 100% 감면받는다는 말은 맞지만 세금이 0원이 된다는 뜻은 아닙니다. 조세특례제한법 제97조의5 감면은 비과세가 아니라 양도소득세를 신고하면서 신청하는 세액감면입니다. 감면받은 세액의 20%는 농어촌특별세로 납부합니다. 2026년 세제개편안은 오래된 임대주택 감면에 양도기한을 신설하면서 제97조의5는 대상에 포함하지 않았습니다. 다만 장기보유특별공제가 바뀌면 감면세액과 농어촌특별세도 함께 달라집니다.
비과세가 아니라 신고하는 감면입니다
조세특례제한법 제97조의5는 요건을 모두 갖춘 장기일반민간임대주택 등을 양도하면 "임대기간 중 발생한 양도소득에 대한 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면"한다고 정합니다.
거주자가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생한 양도소득에 대한 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
감면은 세액을 계산한 뒤 그 세액을 감면하므로 양도소득세를 신고하면서 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용을 신청해야 합니다(같은 조 제3항).
감면 대상은 임대기간 중 발생한 양도소득으로 계산합니다. 양도소득금액에 (임대기간 마지막 날 기준시가 − 취득 당시 기준시가)를 (양도 당시 기준시가 − 취득 당시 기준시가)로 나눈 비율을 곱합니다(같은 법 시행령 제97조의5 제2항). 분자가 취득 당시부터 시작하므로 임대 전에 오른 부분도 감면 대상에 들어가고, 임대를 끝낸 뒤 양도할 때까지 오른 부분이 과세됩니다.
감면세액의 20%는 농어촌특별세입니다
조세특례제한법에 따라 소득세를 감면받으면 그 감면세액의 20%를 농어촌특별세로 납부합니다(농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호). 8년 자경농지 감면처럼 농어촌특별세를 비과세하는 감면도 있지만, 제97조의5 감면은 비과세 목록에 들어 있지 않습니다.
대신 감면 종합한도는 적용하지 않습니다. 종합한도는 열거된 감면의 양도소득세 감면액 합계가 과세기간별로 1억원을 넘으면 그 초과분을 감면하지 않는 제도입니다. 그 열거 대상(조세특례제한법 제133조 제1항 제1호)에 제97조의5가 없습니다. 감면액이 아무리 커도 전액 감면하고 그 20%를 농어촌특별세로 납부합니다.
양도소득분 개인지방소득세도 감면됩니다. 제97조의5에 따라 양도소득세를 감면받으면 그 감면금액의 100분의 10을 개인지방소득세에서 감면합니다(지방세특례제한법 제140조의2).
가정 사례로 계산하면
수도권 다세대주택(전용 59㎡)을 2017년 6월 10일 2억 5천만원에 취득하고, 8월 1일 장기일반(당시 명칭 준공공임대주택, 8년)으로 등록해 임대를 시작한 A씨를 가정합니다. 의무기간이 지난 뒤에도 등록을 유지하며 임대료 증액 제한을 지켰고, 2027년 11월 20일 4억 5천만원에 양도합니다. 필요경비는 계산을 단순하게 하려고 0으로 둡니다. 등록을 양도 때까지 유지했으므로 임대기간 마지막 날과 양도일의 기준시가가 같다고 보고, 감면 비율은 100%로 계산합니다. 다주택자 중과배제 요건도 갖췄다고 가정합니다.
제97조의5 100% 감면
- 양도차익: 4억 5천만원 − 2억 5천만원 = 2억원
- 장기보유특별공제: 보유 10년 5개월이라 20%, 4천만원(소득세법 제95조 제2항 표1)
- 양도소득금액 1억 6천만원, 기본공제 250만원 뺀 과세표준 1억 5,750만원
- 산출세액: 3,706만원 + 750만원 × 38% = 3,991만원
- 감면세액 3,991만원, 납부할 양도소득세 0원
- 농어촌특별세: 3,991만원 × 20% = 798만 2천원
- 개인지방소득세 399만 1천원은 감면
제97조의3 장기보유특별공제 70%를 선택하면
- 장기보유특별공제 1억 4천만원(70%), 양도소득금액 6천만원, 과세표준 5,750만원
- 산출세액: 624만원 + 750만원 × 24% = 804만원, 개인지방소득세 80만 4천원
- 두 특례는 함께 받을 수 없어 둘 중 하나를 선택합니다(조세특례제한법 제97조의5 제2항).
이 가정에서는 100% 감면 쪽이 농어촌특별세를 납부해도 조금 적습니다. 제97조의3 장기보유특별공제 특례분에는 농어촌특별세가 없어 비교에서도 계산하지 않았습니다. 차이가 크지 않고 임대기간 비중이 작아 감면 비율이 낮아지면 제97조의3이 더 유리해질 수 있습니다. 장기보유특별공제 특례의 요건과 공제율은 장기일반 임대주택 장기보유특별공제 50%·70%, 자동말소 아파트는 50%가 상한입니다를 참고하시면 됩니다.
농어촌특별세 신고를 누락하면
납부할 양도소득세가 0원이어도 농어촌특별세는 양도소득세 신고와 함께 신고·납부합니다. 농어촌특별세 신고는 무신고가산세와 과소신고가산세 대상에서 제외됩니다(국세기본법 제47조의2 제1항, 제47조의3 제1항). 그러나 납부지연가산세에는 이런 제외 규정이 없어 기한까지 납부하지 않으면 납부지연가산세가 부과됩니다(같은 법 제47조의4 제1항).
중과가 걸리면 농어촌특별세도 커집니다
감면은 산출세액을 기준으로 계산하므로 산출세액이 커지면 감면세액도 그 20%인 농어촌특별세도 함께 커집니다. 다주택 중과배제(소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호)와 제97조의5 감면은 요건이 다른 별개 제도입니다. 감면 요건은 갖췄지만 중과배제 요건을 갖추지 못한 조정대상지역 주택이 있을 수 있습니다.
양도차익 3억원으로 가정해 계산하면 다음과 같습니다. 3주택 중과(기본세율 + 30%p, 장기보유특별공제 배제)로 계산한 산출세액 1억 8,236만원을 전액 감면받아도 농어촌특별세는 3,647만 2천원입니다. 같은 주택이 중과배제되어 장기보유특별공제 20%를 받으면 산출세액 7,031만원, 농어촌특별세 1,406만 2천원입니다.
감면 요건에서 놓치기 쉬운 것
요건은 2018년 12월 31일까지 민간매입임대주택을 취득(그때까지 매매계약을 맺고 계약금을 납부한 경우 포함)하고 취득일부터 3개월 안에 장기일반으로 등록할 것, 등록 후 10년 이상 계속 임대한 뒤 양도할 것(임대기간은 임대를 시작한 날부터 기산, 같은 법 시행령 제97조의5 제3항), 임대기간 중 임대보증금·임대료 증액 제한 등을 지킬 것입니다(조세특례제한법 제97조의5 제1항). 이 감면은 2015년 1월 1일 이후 취득분부터 적용합니다(법률 제12853호 부칙 제34조). 2018년 9월 14일 이후 취득분은 임대개시일 당시 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하 요건도 갖춰야 합니다(같은 법 시행령 제97조의3 제3항 제4호, 대통령령 제29241호 부칙 제2조). 공실 기간 등 세부 내용은 장기일반 임대주택 10년 임대하면 양도세 100% 감면, 2015~2018년에 취득해 3개월 안에 등록한 주택만 대상입니다에 정리했습니다.
아파트(도시형 생활주택 제외)는 대상에서 제외됩니다. 2020년 민간임대주택법 개정으로 아파트 장기일반 매입임대는 임대의무기간(8년)이 끝나면 등록이 자동으로 말소되어 10년 계속 임대 요건을 채울 수 없습니다. 국세청도 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 이렇게 말소되면 제97조의5를 적용받을 수 없다고 회신했습니다(서면-2021-법령해석재산-2824, 2021.12.20.). 다세대·연립 같은 비아파트는 등록을 유지하면 10년을 채울 수 있습니다.
2026년 세제개편안은 무엇을 바꾸나
세제개편안은 국회에서 확정되기 전이라 아래는 개정안 기준입니다.
- 양도기한은 다른 감면에만 신설: 개정안은 같은 임대주택 감면이라도 오래된 장기임대주택(조세특례제한법 제97조)과 신축임대주택(제97조의2) 감면에 양도기한을 신설합니다. 제97조의5는 이 정비 대상에 들어 있지 않습니다.
- 장기보유특별공제 개편: 2028년 1월 1일 이후 양도분부터 다주택자의 장기보유특별공제는 2028년에는 거주공제율과 보유공제율 중 높은 것, 2029년부터는 거주공제율만 적용합니다. 등록임대주택(중과배제 임대주택, 조정대상지역 매입임대 아파트 제외)은 임대기간을 거주기간으로 보아 연 2%, 최대 30%를 적용합니다.
- 농어촌특별세는 그대로: 개정안이 농어촌특별세 비과세를 새로 추가하는 것은 생산적금융 ISA와 사업승계 과세특례뿐입니다.
장기보유특별공제가 바뀌면 양도소득금액과 산출세액이 달라집니다. 위 가정의 주택을 2029년 이후 양도하면서 거주공제와 등록임대 임대기간 공제를 모두 받지 못한다고 가정하면 장기보유특별공제가 0이 되어 산출세액은 5,511만원, 농어촌특별세는 1,102만 2천원이 됩니다. 제97조의5 주택에 개정안의 등록임대 임대기간 공제가 어떻게 적용되는지는 시행령이 나와야 확정됩니다.
신고 전 확인할 것
- 등록 시기: 취득일(잔금일, 잔금 전에 등기했으면 등기접수일)부터 3개월 안에 장기일반으로 등록했는지 확인합니다.
- 10년 계속 임대: 임대를 시작한 날부터 10년이 되는 날을 계산하고, 그 전에 자진말소하지 않았는지 확인합니다.
- 임대료 증액 이력: 임대차계약마다 증액 제한을 지켰는지 표준임대차계약서와 신고 내역으로 확인합니다.
- 기준시가 세 가지: 취득 당시, 임대기간 마지막 날, 양도 당시 기준시가로 감면 비율을 계산합니다.
- 선택 비교: 제97조의5 감면(농어촌특별세 포함)과 제97조의3 장기보유특별공제 특례 중 세액이 적은 쪽을 계산해 봅니다.
- 함께 신고: 감면 신청과 농어촌특별세를 양도소득세 신고와 함께 신고·납부합니다.
자주 묻는 질문
Q. 100% 감면이면 양도소득세 신고를 하지 않아도 되나요?
신고해야 합니다. 제97조의5는 비과세가 아니라 세액감면이라, 양도소득세를 신고하면서 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용을 신청합니다(조세특례제한법 제97조의5 제3항). 감면세액의 20%인 농어촌특별세도 함께 신고·납부합니다.
Q. 감면액이 커도 한도 없이 감면되나요?
제97조의5는 양도소득세 감면 종합한도 열거 대상(조세특례제한법 제133조 제1항 제1호)에 없어 한도 없이 감면됩니다. 다만 감면세액의 20%는 농어촌특별세로 납부합니다.
Q. 아파트를 장기일반으로 등록해 계속 임대하고 있습니다. 100% 감면을 받을 수 있나요?
아파트 장기일반 매입임대는 임대의무기간이 끝나면 등록이 자동으로 말소되어 10년 계속 임대 요건을 채울 수 없습니다. 이렇게 말소된 아파트는 제97조의5를 적용받을 수 없다는 회신이 있습니다(서면-2021-법령해석재산-2824).
Q. 2026년 세제개편안이 통과되면 이 감면이 없어지나요?
개정안은 제97조·제97조의2 감면에 양도기한을 신설하지만 제97조의5는 그 대상에 포함하지 않았습니다. 다만 2028년 이후 양도분부터 장기보유특별공제가 바뀌면 감면세액과 농어촌특별세 크기가 달라질 수 있습니다.