와이제이 택스 라운지와이제이 택스 라운지 YJ TAX LOUNGE
보유세·종부세최종 검토 2026-09-13

미분양 종부세 합산배제 7년 연장, 2024년 종부세에도 소급될까?

세법이 납세자에게 유리하게 바뀌면 "작년 것도 되돌려 받을 수 있나?"라는 질문이 나옵니다. 답은 개정 본문이 아니라 부칙⁠에 있습니다. 주택을 건설해 판매하는 사업자의 미분양주택⁠에 적용되는 종부세 합산배제를 5⁠년에서 7⁠년으로 늘린 2025⁠년 개정을, 2024⁠년귀속 종부세에 소급 적용해 달라는 청구를 조세심판원은 받아들이지 않았습니다⁠(조심 2026⁠부1006). 개정 부칙이 적용 시점을 정해 두었기 때문입니다.

사건은 간단합니다

주택을 건설해 판매하는 법인이 신축한 아파트 중 상당수가 미분양으로 남았습니다. 개인이 분양받아 보유하는 아파트는 이 합산배제 대상이 아닙니다. 재산세 납세의무가 처음 성립한 날은 2019⁠년 6⁠월 1⁠일입니다. 당시 시행규칙상 종부세 합산배제 기간은 5⁠년(2019⁠년~2023⁠년)⁠이었고, 5⁠년이 지난 2024⁠년귀속분에 종부세가 과세됐습니다.

그런데 2025⁠년 3⁠월 21⁠일 시행규칙이 개정되어 합산배제 기간이 7⁠년으로 늘었습니다. 법인은 "7⁠년이면 2024⁠년도 대상이니 그 해 종부세를 돌려 달라"고 다퉜습니다.

개정이 유리해도, 시작 시점은 부칙이 정합니다

조세법률주의상 세법은 문언대로 해석합니다. 그래서 개정이 언제부터 적용되는지도 개정 본문이 아니라 부칙이 정합니다. 부칙은 두 가지를 담습니다. 하나는 규정이 효력을 갖는 시행일⁠, 다른 하나는 어느 시점부터 발생한 것에 적용하는지를 정하는 적용례⁠입니다.

제4⁠조 제1⁠호 및 제2⁠호의 개정규정은 부칙 제1⁠조 단서에 따른 시행일 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.

종합부동산세법 시행규칙 부칙(2025.3.21.) 제3⁠조

이 개정에서 미분양 조문은 부칙 제1⁠조 단서에 따라 공포일인 2025⁠년 3⁠월 21⁠일에 시행됐습니다. 그런데 적용례가 "시행일 이후 납세의무가 성립하는 경우부터"로 정했습니다. 2024⁠년귀속 종부세의 납세의무는 2024⁠년 6⁠월 1⁠일에 이미 성립⁠했으니, 개정 규정이 적용될 여지가 없습니다.

'유리하니까 소급'은 성립하지 않습니다

청구인은 소급 법리를 들어 다퉜습니다. 소급에는 두 종류가 있습니다. 이미 끝난 사실에 새 법을 적용하면 진정소급⁠, 아직 진행 중인 사실에 적용하면 부진정소급입니다. 진정소급은 원칙적으로 금지되고, 부진정소급은 원칙적으로 허용됩니다. 청구인은 "미분양 보유가 계속 진행 중이니 부진정소급으로 2024⁠년에도 적용된다"고 주장했습니다.

결국 심판원이 든 근거는 부진정소급 여부가 아니라 부칙 문언입니다. 부칙이 성립분 기준 장래효로 정한 이상, '허용될 수 있다'는 것은 입법자가 그렇게 정할 수 있다⁠는 뜻이지 납세자가 소급을 요구할 수 있다는 뜻이 아닙니다. 유리한 개정이라는 이유만으로 그 선을 넘겨 적용하지는 않습니다. 기획재정부도 개정을 안내하며 합산배제 7⁠년은 2025⁠년과 2026⁠년 성립분에 적용한다고 밝혔습니다.

실무에서 새겨둘 점

  • 개정이 유리해 보여도, 언제부터 적용되는지는 부칙⁠입니다. 본문의 세율⁠·⁠기간만 보지 말고 부칙의 시행일과 적용례를 함께 확인합니다.
  • 특히 적용례가 어느 시점을 기준으로 삼는지 확인해야 합니다. 기준이 '시행일'인지 '납세의무 성립일'인지, '양도일⁠·⁠취득일'인지에 따라 내 사안이 개정 대상인지 정해집니다.
  • 종부세는 납세의무가 해마다 6⁠월 1⁠일에만 성립하므로 개정 적용이 연도마다 달라집니다. 이 사건에서 2024⁠년 성립분에는 5⁠년, 2025⁠·⁠2026⁠년 성립분에는 7⁠년이 적용됩니다.
본 칼럼은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 작성일(2026-09-13) 기준 법령에 따른 것이며, 구체적인 판단은 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.
세무사 장민 · 와이제이 택스 라운지
양도·상속·증여세·취득세 전문 · 서울 강남구 학동로28길 5, 401호
TEL 02-433-3727 · tax_jang@naver.com
평일 09:30~18:00 (주말·휴일 예약 상담)
← 칼럼 목록으로