임대주택이 재개발·재건축으로 입주권이 됐다면, 거주주택은 등록 말소 전에 양도합니다

기준일은 인가일이 아니라 등록 말소일입니다

거주주택 비과세 특례는 거주주택을 양도하는 날 현재 임대주택이 등록돼 있고 임대 중일 것을 요건으로 합니다. 관리처분계획인가가 났다는 사실만으로 등록이 없어지지는 않습니다. 등록이 말소되기 전이라면 거주주택을 양도하는 날에는 아직 등록된 임대주택이 있는 상태입니다.

국세청 해석도 같습니다. 장기임대주택이 재개발로 조합원입주권 두 개로 전환된 경우에도, 임대주택의 사업자등록등이 말소되기 전에 거주주택을 양도하면 특례를 적용합니다(서면-2023-법규재산-3394, 2025.3.28.). 입주권으로 바뀐 뒤 거주주택을 양도한 경우에도 특례를 적용한다는 해석이 있습니다(서면-2017-부동산-0313, 2017.7.19.).

이주가 시작돼 임차인이 나간 경우도 같습니다. 임대의무기간의 2⁠분의 1⁠을 채우지 못한 장기임대주택이 재개발로 멸실돼 같은 조 제22⁠항 제2⁠호 마목(새로 받는 주택이 아파트 등이어서 다시 등록하지 않는 경우)⁠에 해당하면, 시⁠·⁠군⁠·⁠구청의 등록 말소 전⁠에 거주주택을 양도해도 특례를 적용합니다(서면-2021-법규재산-6402, 2022.3.28.; 서면-2024-부동산-1331, 2024.5.3.). 임대기간 요건을 채우기 전에 양도했다면 이 마목에 해당하는지가 나중에 추징 여부를 정합니다(아래 '이미 비과세를 받은 뒤' 참고).

가로주택정비사업도 등록 말소일을 봅니다

가로주택정비사업⁠·⁠소규모재건축사업은 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29⁠조에 따른 사업시행계획인가를 받을 때 조합원입주권이 됩니다(소득세법 제88⁠조 제9⁠호). 거주주택 특례 요건은 사업의 종류가 아니라 거주주택 양도일 현재 임대주택이 등록⁠·⁠임대 중인지입니다. 임대주택이 헐린 뒤의 사후관리 특례(같은 조 제22⁠항 제2⁠호 마목)⁠도 가로주택정비사업을 대상으로 합니다. 그래서 가로주택정비사업으로 입주권이 되는 경우에도 등록 말소 전에 거주주택을 양도하는 것이 기준이 됩니다. 다만 가로주택정비사업에서 말소 전 양도를 직접 다룬 해석은 아직 찾지 못했으므로, 날짜를 정하기 전에 사실관계를 대조합니다.

말소된 뒤라면 임대주택 유형에 따라 결과가 다릅니다

등록이 이미 말소됐다면 말소일부터 5⁠년 안에 거주주택을 양도해도 특례를 주는 규정이 있습니다(소득세법 시행령 제155⁠조 제23⁠항). 그런데 이 규정은 2020⁠년 민간임대주택법 개정으로 폐지된 유형의 임대주택에만 적용합니다. 단기민간임대주택과 아파트를 임대하는 장기일반 매입임대주택이 여기에 해당합니다. 자진말소는 임대의무기간의 2⁠분의 1 이상을 임대한 경우에만 이 규정을 적용합니다. 다세대⁠·⁠다가구처럼 폐지되지 않은 유형을 장기일반으로 등록했다면, 정비사업으로 말소된 뒤 거주주택을 양도할 때 이 5⁠년 규정을 쓸 수 없습니다(다세대라도 단기로 등록했다면 폐지 유형입니다).

말소된 뒤 거주주택을 양도했다가 비과세가 부인된 사례도 있습니다. 재건축 관리처분계획인가 뒤 2017⁠년, 민간임대주택법 개정 전에 등록을 자진말소하고, 재건축된 아파트는 다시 등록하지 못한 상태에서 거주주택을 양도한 사안입니다. 조세심판원은 양도일 현재 등록된 임대주택이 없고, 개정법에 따른 말소도 아니어서 5⁠년 규정도 적용할 수 없다고 보았습니다(조심 2025⁠중2003, 2026.2.10., 기각). 이 사건은 국세법령정보시스템에 '진행중'으로 표시돼 있어 상급심 결과는 확인하지 못했습니다.

임대주택이 여러 채라면 조건이 겹칩니다

5⁠년 규정은 장기임대주택을 두 채 이상 임대하면 최초로 등록이 말소된 날⁠부터 5⁠년을 기산합니다(같은 조 제23⁠항). 그리고 거주주택 양도일 현재 남아 있는 다른 임대주택은 여전히 등록⁠·⁠임대 중이어야 하고 임대료 증액 5% 제한을 지켜야 합니다(같은 조 제20⁠항 제2⁠호). 폐지 유형 아파트가 먼저 자동말소되고, 폐지되지 않은 유형의 다세대가 재개발로 곧 말소될 예정이라면 두 조건을 함께 맞춥니다.

이 예시에서 다세대 등록 말소가 거주주택 잔금보다 먼저 이뤄지면, 다세대는 폐지되지 않은 유형이라 5⁠년 규정을 쓸 수 없습니다. 이 경우 특례를 받기 어렵습니다. 또 다세대는 임대기간 요건을 채우기 전에 거주주택을 양도한 경우라, 재개발로 새로 받는 주택이 아파트여서 다시 등록하지 않는 등 같은 조 제22⁠항 제2⁠호 마목에 해당해야 나중에 추징을 피합니다.

이미 비과세를 받은 뒤 임대주택이 헐리는 경우

임대기간 요건을 채우기 전에 거주주택 비과세를 먼저 받았다면, 나중에 임대기간 요건을 채우지 못하면 세금을 다시 계산해 납부해야 합니다(같은 조 제22⁠항). 정비사업으로 임대주택이 헐린 경우에는 예외가 있습니다. 재개발⁠·⁠재건축⁠·⁠소규모재건축 등으로 멸실된 뒤 새로 취득한 주택이 아파트 등이어서 임대사업자로 다시 등록할 수 없게 됐다면, 당초 주택의 등록이 말소된 날 임대기간 요건을 갖춘 것으로 봅니다(같은 항 제2⁠호 마목). 다만 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6⁠개월을 넘으면 이 예외를 적용하지 않습니다.

재개발⁠·⁠재건축으로 헐린 경우는 2020⁠년 10⁠월 7⁠일 개정 시행령부터 이 예외가 있었고, 가로주택정비사업 등은 2022⁠년 2⁠월 15⁠일 이후 거주주택을 양도한 분부터 적용합니다. 그 전에 거주주택을 양도한 가로주택 사안은 종전 임대기간 요건을 채웠는지로 봅니다. 요건을 채운 뒤 가로주택정비사업으로 멸실됐다면 추징하지 않고(서면-2024-부동산-0800, 2024.10.8.), 요건을 채우기 전에 멸실돼 등록이 말소됐다면 요건을 갖추지 못한 것으로 봅니다(서면-2020-법규재산-6120, 2022.6.29.).

실무에서 주의할 점

• 말소 신청은 거주주택 잔금 뒤로 잡습니다. 철거가 예정되면 의무임대기간 중이라도 등록말소를 신청할 수 있습니다(민간임대주택법 제43⁠조 제4⁠항 제1⁠호). 하지만 말소가 먼저 되면 폐지되지 않은 유형은 특례를 받지 못합니다.
• 말소일을 확인합니다. 폐지 유형은 임대의무기간이 끝나는 날 신청 없이 등록이 말소됩니다(민간임대주택법 제6⁠조 제5⁠항). 거주주택 잔금일 전에 말소됐는지는 임대사업자 등록 말소 통지서나 등록사항으로 확인합니다.
• 거주주택 요건도 따로 봅니다. 거주주택은 보유기간 중 2⁠년 이상 거주해야 합니다(같은 조 제20⁠항 제1⁠호).
• 신고 서류를 갖춥니다. 「주택임대사업자의 거주주택 1⁠세대 1⁠주택 특례 적용신고서」⁠에 임대사업자등록증, 임대차계약서, 임차인의 주민등록표등본(주민등록 전입세대 열람내역으로 갈음 가능)⁠을 함께 관할 세무서에 제출합니다.

어느 순서로 정리하는 쪽이 세부담이 작은지는 임대주택의 등록 유형과 등록일, 임대한 기간, 관리처분계획인가일⁠·⁠이주⁠·⁠철거 일정, 예상 말소일로 비교해야 합니다. 이 비교는 유료 상담으로 진행합니다.

정리하면

자주 묻는 질문