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양도소득세2026-09-09

재건축 임대주택 자진말소, 거주주택 비과세 되는 경우와 안 되는 경우

재건축 예정인 임대주택을 자진말소했는데, 제가 사는 집을 팔 때 1⁠세대 1⁠주택 비과세를 받을 수 있나요?

재건축이나 재개발로 임대주택을 정리할 때, 거주주택 비과세가 되는지는 어느 조문으로 말소했는지에 달려 있습니다. 국세청은 등록증에 적힌 말소 사유를 기준으로 판단합니다. 예규 네 건을 비교하면 그 차이가 분명합니다.

임대주택이 말소되면 5⁠년 규정을 봅니다

거주주택 비과세 특례는 장기임대주택과 거주주택을 함께 가진 세대가 거주주택을 팔 때 그 집을 1⁠세대 1⁠주택으로 봐주는 규정입니다⁠(소득세법 시행령 제155⁠조 제20⁠항). 조건이 하나 있습니다. 양도일 현재 장기임대주택이 등록되어 임대 중이어야 합니다.

임대주택 등록이 말소되면 임대 중이 아닙니다. 이 공백을 메우는 규정이 같은 조 제23⁠항입니다. 아래 두 경우로 말소됐다면, 말소일부터 5⁠년 안에 거주주택을 팔 때 임대기간 요건을 갖춘 것으로 봅니다.

  • 자진말소 — 임대의무기간의 1/2 이상 임대한 뒤 의무기간 안에 자진하여 등록말소 신청. 민간임대주택법 제6⁠조제1⁠항제11⁠호, 소득세법 시행령 제155⁠조 제23⁠항 제1⁠호.
  • 자동말소 — 의무임대기간이 끝나 등록이 자동으로 말소. 민간임대주택법 제6⁠조제5⁠항, 소득세법 시행령 제155⁠조 제23⁠항 제2⁠호.

폐지 유형의 장기임대주택이 민간임대주택법 제6⁠조제1⁠항제11⁠호 자진말소⁠(임대의무기간 1/2 이상 임대) 또는 제6⁠조제5⁠항 자동말소로 등록이 말소된 경우, 말소일부터 5⁠년 이내에 거주주택을 양도하면 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 제155⁠조 제20⁠항을 적용합니다.

소득세법 시행령 제155⁠조 제23⁠항

제23⁠항은 이 두 가지만 적습니다. 여기에 없는 사유로 말소되면 5⁠년 규정을 쓸 수 없습니다.

어느 조문으로 말소했느냐가 관건입니다

2020⁠년 8⁠월 18⁠일부터 아파트 장기일반임대주택과 단기임대주택은 신규 등록이 폐지됐습니다. 이 유형은 의무기간이 끝나기 전에도 자진말소할 수 있고, 그 근거가 제6⁠조제1⁠항제11⁠호입니다.

재건축 철거는 근거 조문이 다릅니다. 재개발⁠·⁠재건축으로 철거가 예정됐거나 철거된 경우는 제43⁠조제4⁠항제1⁠호⁠(시행령 제34⁠조제3⁠항제4⁠호)⁠입니다. 두 경로 모두 과태료는 없습니다. 그래서 현장에서는 둘 다 자진말소라고 부릅니다. 세법의 취급은 다릅니다.

  • 자진말소⁠(제6⁠조제1⁠항제11⁠호) — 임차인 동의가 필요하고, 거주주택 특례 대상입니다.
  • 재건축 철거⁠(제43⁠조제4⁠항제1⁠호) — 임차인 동의는 필요 없고, 제155⁠조 제23⁠항 열거에 들어 있지 않습니다.

예규 네 건으로 본 결론

같은 폐지 유형에, 같은 1/2 이상 임대인데 결론이 달라진 국세청 회신이 네 건입니다.

  • 서면⁠-⁠2022⁠-⁠법규재산⁠-⁠3819 (2023.4.11) — 제6⁠조제1⁠항제11⁠호 자진말소 후 재개발로 멸실⁠·⁠신축된 상태에서 양도. 적용
  • 서면⁠-⁠2022⁠-⁠법규재산⁠-⁠1283 (2023.8.8) — 제6⁠조제1⁠항제11⁠호 자진말소 후 재건축으로 멸실⁠·⁠신축된 상태에서 양도. 적용
  • 서면⁠-⁠2021⁠-⁠법규재산⁠-⁠3659 (2023.11.22) — 멸실된 뒤 철거된 사유로 자진말소. 적용
  • 사전⁠-⁠2025⁠-⁠법규재산⁠-⁠1053 (2026.3.16) — 멸실 전 철거 예정 사유로 말소. 적용 불가

두 가지를 보면 됩니다. 말소를 제6⁠조제1⁠항제11⁠호 자진말소로 했다면, 그 뒤 재건축으로 멸실되든 새 집이 지어지든 5⁠년 안에 거주주택을 팔면 적용됩니다. 재건축 철거를 사유로 말소한 경우에는 멸실이 말소보다 먼저면 자진말소로 인정돼 적용되고, 멸실 전 철거 예정 상태에서 말소하면 부인됩니다⁠.

실무에서 놓치는 지점

가장 많이 걸리는 곳이 등록증 말소 사유입니다. 재건축으로 임대주택을 정리하면서 철거 예정을 사유로, 그것도 멸실 전에 말소하면 최근 예규 기준으로는 거주주택 특례를 적용받지 못합니다⁠. 실질이 자진말소였더라도 서류에 찍힌 사유로 판단합니다. 말소를 신청할 때 어떤 조문으로 접수되는지, 등록증에 사유가 어떻게 기재되는지 확인해 두어야 합니다.

'재건축이면 안 된다'는 오해가 많습니다. 그렇지 않습니다. 제6⁠조제1⁠항제11⁠호로 자진말소했다면 임대주택이 헐려 입주권이 되거나 새 집으로 준공된 뒤에 팔아도, 말소일부터 5⁠년 안이면 적용됩니다.

'과태료가 안 나왔으니 자진말소'라는 생각도 위험합니다. 과태료가 없는 것은 자진말소와 재건축 철거 말소가 같습니다. 세법이 보는 것은 등록증에 적힌 근거 조문입니다.

정리하면

거주주택 비과세는 말소 근거에 따라 달라집니다. 제6⁠조제1⁠항제11⁠호 자진말소로 임대의무기간 1/2 이상을 채우고 말소했다면, 이후 멸실⁠·⁠신축과 관계없이 말소일부터 5⁠년 안에 거주주택을 팔면 됩니다. 재건축 철거를 사유로 멸실 전에 말소한 사안에서는 최근 사전답변이 적용을 부인했습니다. 등록증에 적힌 말소 사유와 멸실 시점을 양도 전에 확인해야 합니다.

본 칼럼은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 작성일(2026-09-09) 기준 법령에 따른 것이며, 구체적인 판단은 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.
세무사 장민 · 와이제이 택스 라운지
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