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양도소득세최종 검토 2026-10-05

조합원입주권도 양도세 비과세 되나요? 두 경우 총정리

재건축에 들어간 주택이 입주권으로 바뀌었는데 양도하면 세금은 어떻게 되나. 조합원입주권 비과세는 두 갈래입니다. 입주권을 그대로 양도하는 경우⁠는 소득세법 제89⁠조 제1⁠항 제4⁠호, 입주권을 든 채 다른 주택을 양도하는 경우⁠는 시행령 제156⁠조의2⁠입니다. 두 규정은 요건이 완전히 다릅니다.

첫째, 입주권을 그대로 양도할 때 (소득세법 제89⁠조 제1⁠항 제4⁠호)

원래 살던 주택이 관리처분계획인가로 입주권이 되었다고 해서 비과세를 적용받지 못하는 것은 아닙니다. 인가일 당시 1⁠세대 1⁠주택 비과세 요건을 갖췄던 주택이라면, 입주권 상태로 양도해도 비과세됩니다. 다만 아래 다섯 가지를 모두 채워야 합니다.

요건내용
거주자양도자가 소득세법상 거주자일 것
정비사업재개발⁠·⁠재건축 또는 소규모재건축 등 법에서 정한 사업일 것
보유⁠·⁠거주관리처분계획인가일 현재 기존주택이 1⁠세대 1⁠주택 비과세 요건(보유 2⁠년, 취득 당시 조정대상지역이면 거주 2⁠년)⁠을 갖췄을 것
물건 수양도일 현재 다른 주택⁠·⁠분양권이 없거나, 1⁠주택을 취득한 날부터 3⁠년 이내에 입주권을 양도할 것
고가 제외양도가액이 12⁠억원 이하일 것

여기서 가장 많이 놓치는 지점이 세 번째입니다. 비과세 요건을 따지는 시점은 양도일이 아니라 관리처분계획인가일⁠입니다. 인가일에 이미 2⁠년 요건을 못 채운 주택이었다면, 입주권을 아무리 오래 보유하다가 양도해도 비과세가 되지 않습니다.

1⁠세대가 관리처분계획인가일 등 현재 1⁠세대 1⁠주택 비과세 요건을 충족하는 기존주택을 소유하다가 조합원입주권으로 전환된 것을 양도하는 경우로서, 양도일 현재 다른 주택이 없거나(가목) 1⁠주택을 취득한 날부터 3⁠년 이내에 양도하는 경우(나목) 비과세한다.

소득세법 제89⁠조(비과세 양도소득) 제1⁠항 제4⁠호

위 조문에서 기존주택을 소유하다가 전환된 것⁠이라고 한 대목이 비과세를 받을 사람을 정합니다. 인가일 현재 그 기존주택을 소유하던 세대, 곧 원조합원⁠만 이 비과세를 받습니다. 인가 후에 입주권을 취득해 들어온 승계조합원은 보유기간이 아무리 길어도 이 비과세를 적용받지 못합니다. 다만 동일세대원에게서 상속⁠·⁠증여로 받은 입주권은 예외여서, 피상속인이나 증여자와 동일세대원으로서 보유⁠·⁠거주한 기간⁠을 통산해 인가일 기준으로 요건을 따집니다. 상속으로 받은 경우의 판정은 상속받은 조합원입주권의 비과세⁠에 정리했습니다.

양도가액이 12⁠억원을 넘으면 어떻게 될까요. 비과세가 전부 배제되지는 않고, 12⁠억원을 넘는 부분만 고가주택처럼 과세됩니다. 1⁠세대 1⁠주택 고가주택과 같은 구조입니다.

주의할 것이 하나 더 있습니다. 현금청산을 받았다가 다시 분양계약을 맺어 취득한 입주권⁠, 주거환경개선사업으로 받은 입주권⁠은 이 비과세 대상이 아닙니다. 겉모습은 같은 입주권이라도 취득 경로에 따라 결론이 달라집니다.

둘째, 입주권을 든 채 "주택"을 양도할 때 (시행령 제156⁠조의2)

주택이 재건축에 들어가면 그동안 거주할 곳이 필요합니다. 이때 다른 주택을 취득해 거주하다가 양도하는 경우, 그 주택을 1⁠세대 1⁠주택으로 보는 특례가 있습니다. 세 가지 유형입니다.

일시적으로 1⁠주택과 1⁠입주권을 가진 경우

종전주택을 취득한 뒤 1⁠년이 지나서 입주권을 취득하고, 입주권 취득일부터 3⁠년 이내⁠에 종전주택을 양도하면 그 종전주택은 비과세됩니다. 만약 3⁠년째 되는 날에 그 종전주택을 한국자산관리공사에 매각 의뢰했거나 법원 경매⁠·⁠공매가 진행 중이라면, 기한을 넘겨도 특례가 유지됩니다.

3⁠년을 넘겨야 하는 실거주 목적

사정상 종전주택을 3⁠년 안에 양도하지 못하는 경우에도, 새로 지어진 주택에 세대 전원이 전입해 실제로 거주하는 요건을 갖추면 비과세를 받을 수 있습니다.

대체주택 특례 (실무에서 가장 많이 씁니다)

1⁠주택자가 그 주택의 재건축 기간 동안 거주하려고 다른 주택(대체주택)⁠을 취득했다가 양도하는 경우입니다. 아래 세 가지를 모두 채우면 대체주택을 1⁠세대 1⁠주택으로 봅니다. 이때는 2⁠년 보유⁠·⁠거주 요건을 따지지 않습니다⁠.

순서대체주택 요건
취득⁠·⁠거주사업시행인가일 이후 대체주택을 취득해 1⁠년 이상 거주
이사새 주택 완성 후 3⁠년 이내에 세대 전원이 이사해 1⁠년 이상 계속 거주
양도새 주택 완성 전, 또는 완성 후 3⁠년 이내에 대체주택을 양도

1⁠주택을 소유한 1⁠세대가 그 주택의 정비사업 시행기간 동안 거주하기 위하여 대체주택을 취득하고, 법정 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 1⁠세대 1⁠주택으로 보아 비과세한다.

소득세법 시행령 제156⁠조의2(주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1⁠세대 1⁠주택의 특례) 제5⁠항

이 특례는 사후관리가 따릅니다. 이사⁠·⁠거주 요건을 나중에 지키지 못하면, 그 사유가 발생한 달의 말일부터 2⁠개월 안에 안 냈던 양도세를 신고⁠·⁠납부해야 합니다. 대체주택을 먼저 양도하고 뒤에 요건을 못 지키는 경우가 실무에서 종종 발생하므로, 완공⁠·⁠이사 일정을 미리 맞춰 두어야 합니다.

이 세 가지는 모두 입주권을 매수해 보유하게 된 경우입니다. 입주권을 상속으로 받았다면 같은 조 제6⁠항과 제7⁠항이 따로 규정하고 요건이 완전히 다릅니다. 상속 입주권을 가진 세대가 일반주택을 팔 때⁠에서 다룹니다.

자주 묻는 질문

Q. 입주권 두 개를 보유하다가 하나를 팔면 비과세되나요?

A. 안 됩니다. 입주권 양도 비과세는 양도일 현재 입주권 하나만 있거나, 1⁠주택을 3⁠년 이내에 정리하는 경우에 적용됩니다. 입주권 두 개 중 하나를 양도하는 경우는 대상이 아닙니다.

Q. 비거주자인데 입주권을 팔면 비과세를 받을 수 있나요?

A. 원칙적으로 안 됩니다. 비과세 특례는 거주자에게만 적용됩니다. 다만 해외이주로 세대 전원이 출국하는 등 부득이한 사유가 있으면 예외가 인정되는 경우가 있어, 출국⁠·⁠양도 시점의 물건 상태를 따져 봐야 합니다.

Q. 대체주택은 재건축 들어가기 전에 미리 사 두면 되나요?

A. 사업시행인가일 이후에 취득해야 합니다. 인가일 전에 취득한 주택은 대체주택 특례 대상이 아닙니다. 계약⁠·⁠잔금 시점을 특히 꼼꼼히 확인해야 합니다.

Q. 입주권을 사서 취득했는데 팔 때 비과세를 받을 수 있나요?

A. 받지 못합니다. 이 비과세는 관리처분계획인가일 현재 기존주택을 소유하던 세대에게만 적용되므로, 인가 후에 승계취득한 입주권은 대상이 아닙니다. 동일세대원에게서 상속⁠·⁠증여로 받은 경우만 예외로 보아 앞사람과 함께 지낸 기간을 통산합니다.

Q. 다른 세대인 부모님 집의 부속토지 지분만 소유했는데 재개발로 입주권이 나왔습니다. 제 집을 팔 때도 비과세되나요?

A. 다른 세대 주택의 부속토지만 가진 사람은 양도세에서 주택 소유자로 보지 않으므로, 관리처분계획인가 전에는 그 토지 때문에 2⁠주택이 되지 않습니다. 인가로 그 토지가 조합원입주권이 된 뒤에는 1⁠주택과 1⁠입주권을 함께 가진 세대가 되므로, 본인 주택을 양도할 때 시행령 제156⁠조의2 제3⁠항(일시적 1⁠주택⁠·⁠1⁠입주권) 또는 제4⁠항(새 주택에 세대 전원이 이사해 거주)⁠의 요건을 모두 갖춰야 비과세됩니다(서면-2021-부동산-0616, 2023.11.17.). 이 회신 사안은 입주권을 별도 세대와 공동으로 소유하게 된 경우였습니다. 그래서 본인 주택의 양도일이 그 구역 관리처분계획인가일 전인지 후인지를 먼저 확인합니다. 땅만 가진 경우의 다른 쟁점은 부모님 땅에 지은 내 집을 팔면 땅까지 비과세되나요? 건물과 땅 주인이 다른 주택의 양도세⁠에 정리했습니다.

정리

입주권을 그대로 양도하는지, 입주권을 든 채 주택을 양도하는지부터 구분합니다. 입주권을 양도할 때는 관리처분계획인가일에 기존주택이 어떤 상태였는지를 먼저 보고, 대체주택이라면 언제 취득해 언제 이사하고 언제 양도하느냐를 따져야 합니다. 어느 특례에 해당하는지, 기한이 며칠 남았는지는 사안마다 다르므로 양도 전에 확인해야 합니다.

본 칼럼은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 작성일(2026-09-08) 기준 법령에 따른 것이며, 구체적인 판단은 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.
세무사 장민 · 와이제이 택스 라운지
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