장기보유특별공제 완전정리, 표1과 표2 계산과 2026년 개편안
장기보유특별공제는 보유기간이 3년 이상인 부동산의 양도차익에서 일정 비율을 공제하는 제도입니다. 일반 부동산과 다주택은 표1(3년 6%에서 15년 30%)을 적용하고, 1세대1주택은 표2를 적용합니다. 표2는 보유기간 공제와 거주기간 공제를 각각 계산해 더하는 방식이라, 둘 다 10년이면 40%씩 합쳐 최대 80%까지 공제합니다. 다만 표2는 그 주택에 2년 이상 거주해야 적용되고, 거주가 2년 미만이면 표2를 적용받지 못하고 표1(최대 30%)로 계산합니다. 2026년 세제개편안은 이 공제를 거주 중심으로 바꾸는 방향이며(2028년 양도분부터, 아직 확정 전), 아래에서 현행과 개편안을 함께 정리합니다.
표1과 표2, 무엇이 다른가
공제율 표는 두 가지입니다. 표1은 일반 부동산과 1세대1주택이 아닌 주택에 적용하고, 표2는 1세대1주택에만 적용합니다. 표1은 보유기간 하나로만 정해지고, 표2는 보유기간과 거주기간으로 나뉩니다.
"장기보유 특별공제액"이란 보유기간이 3년 이상인 토지·건물 등의 양도차익에 표1의 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만 대통령령으로 정하는 1세대 1주택은 그 양도차익에 표2의 보유기간별 공제율을 곱한 금액과 거주기간별 공제율을 곱한 금액을 합산한 것을 말한다. (요지)
표1 (일반 부동산·다주택, 보유기간별)
| 보유기간 | 공제율 |
|---|---|
| 3년 이상 4년 미만 | 6% |
| 5년 이상 6년 미만 | 10% |
| 10년 이상 11년 미만 | 20% |
| 15년 이상 | 30% |
3년 6%에서 시작해 1년마다 2%포인트씩 오르고, 15년 이상이면 30%로 상한입니다.
표2 (1세대1주택), 보유공제와 거주공제를 각각 계산
- 2년 이상 3년 미만: 거주공제 8%(보유기간 3년 이상인 경우만), 보유공제는 해당 없음
- 3년 이상 4년 미만: 보유공제 12%, 거주공제 12%
- 5년 이상 6년 미만: 보유공제 20%, 거주공제 20%
- 10년 이상: 보유공제 40%, 거주공제 40%
보유공제는 3년 12%에서, 거주공제는 2년 8%에서 시작해 각각 1년마다 4%포인트씩 오릅니다. 각각 10년이면 40%로 상한이고, 둘을 더하면 최대 80%입니다.
표2는 보유공제와 거주공제를 따로 더한다
표2에서 가장 자주 혼동합니다. 표2는 하나의 공제율이 아니라, 보유기간에 따른 공제와 거주기간에 따른 공제를 각각 구해서 더하는 방식입니다. 보유기간과 거주기간을 각 표에서 따로 찾아 두 숫자를 합산합니다.
- 10년 보유하고 10년 거주: 보유공제 40% + 거주공제 40% = 80%
- 10년 보유했지만 거주는 4년: 보유공제 40% + 거주공제 16% = 56%
이렇게 보유와 거주를 나눠 계산하기 때문에, 오래 보유만 했어도 실제로 거주한 기간이 짧으면 공제율이 크게 낮아집니다.
거주 2년 미만이면 표1로 계산한다
표2는 1세대1주택이면서 그 주택에 2년 이상 거주한 경우에만 적용됩니다. 거주가 2년 미만이면 표2를 적용받지 못하고, 다주택과 마찬가지로 표1(최대 30%)로 계산합니다. 예를 들어 10년 보유에 거주가 1년뿐이라면 표2의 80%가 아니라 표1이 적용되어 보유 10년의 20%만 공제됩니다.
표2가 적용되면 거주공제는 거주 2년일 때 8%부터 시작합니다. 그리고 장기보유특별공제 자체가 보유 3년 이상일 때만 적용됩니다. 보유기간이 3년 미만이면 표1이든 표2든 공제가 전혀 없습니다.
한 가지 예외가 있습니다. 상생임대주택 요건을 갖추면 그 주택에 거주하지 않아도 표2가 적용됩니다. 소득세법 시행령이 상생임대주택에는 표2 거주요건을 면제합니다. 이때도 거주공제는 실제 거주한 기간으로 계산하므로, 한 번도 거주하지 않았다면 보유공제만 받고 거주공제는 0입니다. 가령 상생임대주택으로 10년을 보유하며 임대만 했다면, 보유공제 40%에 거주공제 0을 더해 40%가 적용됩니다.
다만 이 상생임대주택 특례는 상생임대차계약 체결·임대개시 기한인 2026년 12월 31일에 연장 없이 종료됩니다. 2026년 9월 30일 공포돼 10월 1일부터 시행되는 소득세법 시행령 개정(대통령령 제36737호)은 이 기한을 개정하지 않고 양도기한을 신설했습니다. 10월 1일 이후 양도분부터는 상생임대차가 끝난 뒤 1년 이내(최대 2029년 12월 31일)에 양도해야 거주요건 면제가 인정되고, 2026년 12월 31일 이전에 상생임대 임대기간이 끝났다면 2027년 12월 31일까지 양도해야 합니다.
다주택·미등기는 공제가 배제된다
모든 부동산이 장기보유특별공제를 받는 것은 아닙니다. 다음은 공제가 전면 배제되어 표1도 적용되지 않습니다.
- 취득 등기를 하지 않고 양도하는 미등기양도자산
- 조정대상지역에 있는 다주택 중과대상 주택(1세대 2주택·3주택 이상 등)
다만 다주택 중과는 그동안 한시적으로 유예된 적이 있습니다. 중과가 유예된 기간에 양도하면 일반세율이 적용되고 장기보유특별공제도 표1로 받으니, 다주택을 양도할 때는 양도 시점의 중과 여부를 먼저 확인해야 합니다. 1세대1주택이 아닌 이상 표2(최대 80%)는 적용받지 못하고, 배제 대상이 아니라면 표1(최대 30%)을 적용합니다.
보유기간은 언제부터 기산하나
보유기간은 원칙적으로 취득일부터 양도일까지입니다. 다만 상속·증여로 받은 주택은 기산일이 다릅니다.
- 배우자·직계존비속에게 증여받은 뒤 이월과세가 적용되는 경우: 증여한 사람이 취득한 날부터 기산합니다.
- 가업상속공제를 받은 자산: 그 공제가 적용된 비율만큼은 피상속인이 취득한 날부터 기산합니다.
거주기간은 원칙적으로 주민등록표상 전입일부터 전출일까지로 봅니다(소득세법 시행령 제154조 제6항). 다만 주민등록만으로 거주가 인정되는 것은 아닙니다. 실제 거주기간이 주민등록상 기간과 다르면 실제로 거주한 기간으로 계산합니다. 주민등록만 옮겨 두고 거주하지 않았다면 그 기간은 거주로 인정되지 않고, 반대로 사정상 주민등록이 실제 거주지와 달랐더라도 실제 거주를 입증하면 인정받을 수 있습니다.
2026 세제개편안, 거주 중심으로 바뀐다 (확정 전)
정부는 2026년 8월 발표한 세제개편안에서 장기보유특별공제를 거주 중심으로 바꾸는 방안을 담았고, 2026년 9월 3일 국회에 제출했습니다. 명칭도 나뉩니다. 주택과 조합원입주권은 '장기거주소득공제', 토지와 주택 외 건물은 '장기보유소득공제'로 이름이 나뉩니다. 아직 국회를 통과하지 않았고, 지금 양도에는 적용되지 않습니다.
1세대1주택 공제율은 세 단계로 바뀝니다.
- 2027년 양도분까지(현행 유지): 보유공제 연 4% + 거주공제 연 4%, 최대 80%, 공제한도 없음
- 2028년 양도분: 보유공제 연 2% + 거주공제 연 6%, 최대 80%, 공제한도 20억원
- 2029년 이후 양도분: 보유공제 폐지, 거주공제 연 8%, 최대 80%, 공제한도 10억원
2029년 양도분부터는 10년을 실제로 거주해야 최대 80%에 이릅니다. 오래 보유만 하고 거주하지 않았다면 공제가 크게 줄어듭니다. 공제받는 금액에도 한도가 신설되어, 2028년 양도분은 20억원, 2029년 이후는 10억원까지만 공제합니다. 개인이 보유한 비사업용 토지는 2028년 양도분부터 공제 대상에서 제외되는 안이 함께 제출됐고, 다주택자(비조정대상지역)의 공제도 거주 중심으로 바뀌는 방향입니다.
거주 중심으로 바뀌는 대신, 실제로 거주하지 못한 기간을 거주기간으로 인정하는 구제 규정도 함께 제출됐습니다(2028년 양도분부터). 취학·근무상 형편·질병 등 부득이한 사유로 거주하지 못한 기간(최장 3년), 재개발·재건축 공사기간의 절반, 등록임대주택으로 임대한 기간(연 2%씩 최대 30%) 등이 거주기간으로 인정될 수 있습니다. 또 10년 이상 거주한 양도가액 30억원 이하 1세대1주택은 양도소득 기본공제를 연 250만원에서 연 2,500만원으로 확대하는 안도 함께 담겼습니다.
이 개편안은 2026년 9월 3일 국회에 제출된 정부안이고, 2026년 9월 15일 현재 국회를 통과하지 않은 심의 단계입니다. 공제한도(10억원) 신설을 철회하라는 국민동의청원이 요건을 갖추어 상임위원회에 회부되는 등 쟁점이 되고 있어, 국회 심의를 거치며 보유공제를 없애는 시기와 거주요건, 공제한도가 바뀔 여지가 남아 있습니다. 실제 양도 전에는 국가법령정보센터와 홈택스에서 시행 중인 법령을 확인해야 합니다.
자주 묻는 질문
Q. 1세대1주택인데 거주를 못 했으면 표2를 못 쓰나요?
A. 적용받지 못합니다. 표2는 그 주택에 2년 이상 거주해야 적용됩니다. 거주가 2년 미만이면 다주택과 똑같이 표1(최대 30%)로 계산하고, 표2의 보유공제 40%는 받지 못합니다.
Q. 보유 3년이 안 되면 공제가 얼마인가요?
A. 없습니다. 장기보유특별공제는 보유기간이 3년 이상일 때만 적용됩니다. 3년 미만은 표1도 표2도 공제가 0입니다.
Q. 3년만 보유하면 얼마나 공제되나요?
A. 일반 자산은 3년 보유 시 6%입니다. 1세대 1주택은 보유 3년에 12%, 거주까지 갖추면 거주분이 더해집니다.
Q. 상속받은 집은 보유기간을 언제부터 세나요?
A. 세율을 정하는 보유기간은 피상속인의 취득일부터 기산하지만, 장기보유특별공제의 보유기간은 원칙적으로 상속인이 상속으로 취득한 날부터 기산합니다. 가업상속공제가 적용된 자산은 그 비율만큼 피상속인의 취득일부터 계산합니다. 상속은 사안마다 달라 확인이 필요합니다.
Q. 다주택자도 표2로 80%를 받을 수 있나요?
A. 받지 못합니다. 표2는 1세대1주택에만 적용됩니다. 다주택자는 표1(최대 30%)만 적용받고, 조정대상지역 중과대상 주택이라면 공제 자체가 배제됩니다.
Q. 상생임대주택은 거주하지 않아도 표2를 받나요?
A. 받습니다. 상생임대주택 요건을 갖추면 표2 거주요건이 면제되어, 거주하지 않아도 표2로 보유공제를 받습니다. 다만 2026년 10월 1일 이후 양도분은 상생임대차가 끝난 뒤 1년 이내(최대 2029년 12월 31일, 2026년 12월 31일 이전에 임대기간이 끝났다면 2027년 12월 31일까지)에 양도해야 면제됩니다. 거주공제는 실제 거주한 기간으로 계산하므로, 거주하지 않았다면 거주공제는 0이고 보유공제만 적용됩니다.
근거 법령
- 소득세법 제95조 제2항(장기보유특별공제액, 표1·표2)
- 소득세법 시행령 제159조의4(표2 대상 1세대1주택: 보유기간 중 거주 2년 이상, 거주 2년 미만은 표1)
- 소득세법 시행령 제155조의3(상생임대주택 특례: 표2 거주요건 면제, 거주공제는 실제 거주기간)
- 소득세법 제95조 제4항(보유기간 기산: 취득일부터 양도일까지, 증여 이월과세·가업상속 특례)
- 소득세법 제104조 제3항(미등기양도자산)·제7항(조정대상지역 다주택 중과대상 주택), 장기보유특별공제 배제
- 2026년 세제개편안(장기보유특별공제를 '장기거주소득공제'로 거주 중심 개편, 비거주 기간의 거주 인정 신설, 공제한도 20억·10억 신설, 장기거주 1주택 기본공제 확대. 2026년 9월 국회 제출 정부안, 확정 전)
- 소득세법 시행령 일부개정령(대통령령 제36737호, 2026.9.30. 공포, 2026.10.1. 시행) 제155조의3 제1항: 상생임대차계약에 따른 임대기간이 종료된 날부터 1년이 되는 날과 2029년 12월 31일 중 빠른 날까지(2026년 12월 31일 이전 종료분은 2027년 12월 31일까지) 양도해야 거주요건 면제. 체결·임대개시 기한(2026년 12월 31일)은 개정 없음